DE19646720C2 - Verfahren zum Vergleich von Peak-Darstellungen, insbesondere von Westernblot- oder Dot Blot-Streifen - Google Patents
Verfahren zum Vergleich von Peak-Darstellungen, insbesondere von Westernblot- oder Dot Blot-StreifenInfo
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Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Vergleich von Peak-Darstellungen,
insbesondere von Westernblot- oder Dot Blot-Streifen.
Bei vielen technischen Anwendungen, insbesondere analytischen Verfahren
müssen Peakdarstellungen miteinander verglichen werden, um aus dem Vergleich
der Darstellungen auf ein bestimmtes Ergebnis zu schließen. Dies ist ein
besonders aufwendiges Verfahren, da bei Peakdarstellungen Position, Höhe und
Fläche beider zur vergleichender Peakdarstellungen ermittelt werden müssen, um
eine Aussage über deren Ähnlichkeit abgeben zu können.
Derartige Peakdarstellungen entstehen bspw. bei der Gaschromatographie. Ein
häufiges Anwendungsgebiet des Vergleichs von Peakdarstellungen liegt aber im
Vergleich von chromatographischen oder elektrophoretisch eingefärbten Streifen,
deren Streifenmuster über einen optischen Sensor erfaßt wird. Diese Streifen
werden als Blots und insbesondere als Westernblots oder Dot Blots bezeichnet,
wenn Antikörperreaktionen auf dem Streifen durch unterschiedliche Banden
angezeigt werden.
Ein besonderes Problem beim Vergleich von Peakdarstellungen liegt darin, daß
die Grundlinie, auf die die Peakdarstellungen aufbauen, häufig Schwankungen
unterliegt, wenn bspw. ein Wester Blot-Streifen, dessen Streifenmuster
eingescannt wurde, eine gewisse Grundfärbung aufweist. Derartige Unterschiede
in der Grundfarbe des Streifens treten bspw. bei Streifen unterschiedlicher
Hersteller auf. Sie können jedoch auch auf unterschiedliche Behandlungschargen
oder durch unterschiedliche Lagerung der Streifen entstehen.
Aus der EP 0172 969 A2 sind verschiedene Verfahren zur Beschreibung von
Peak-Darstellungen bekannt. Diese Verfahren betreffen verschiedenartige
Darstellungen einer Spannung über der Zeit. Diese Darstellungen sind jedoch
nicht dazu geeignet, die oben beschriebene Grundfärbung zu eliminieren.
Der Erfindung liegt daher die Aufgabe zugrunde, ein Verfahren zum Vergleich
von Peak-Darstellungen vorzuschlagen, bei dem die beschriebenen
Ungenauigkeiten eliminiert werden.
Diese Aufgabe wird mit einem gattungsgemäßen Verfahren mit den Merkmalen
des Patentanspruchs 1 gelöst.
Der Erfindung liegt die Erkenntnis zugrunde, daß ein Vergleich der Peakflächen
zu erheblichen Ungenauigkeiten führen kann und dieses Problem wird dadurch
gelöst, daß jeweils die Ableitung der Peaklinien gebildet wird und die ermittelten
Schwingungen der Steigungslinien miteinander verglichen werden. Diese
Schwingungen sind unabhängig vom Hintergrund und geben somit einen
verläßlichen Wert, selbst wenn die beiden zu vergleichenden Peakdarstellungen
unterschiedliche Hintergrundfärbungen aufweisen.
Ein besonders günstiger Einsatzbereich des erfindungsgemäßen Verfahrens liegt,
darin, daß die erste Probe einer Referenzprobe und die zweite Probe eine
Untersuchungsprobe ist. Die Unabhängigkeit vom Hintergrund erlaubt es,
einmalig eine Referenzprobe zu ermitteln und diese Referenzprobe mit
unterschiedlichen Untersuchungsproben zu vergleichen. Selbst wenn die
Untersuchungsproben im Laufe längerer Untersuchungszeiträume von
Untersuchungsstreifen mit unterschiedlicher Grundfärbung stammen, muß nicht
zu jeder Grundfärbung eine extra Referenzprobe angefertigt werden, sondern eine
einmal ermittelte Referenzprobe kann mit allen Untersuchungsproben verglichen
werden, ohne daß unterschiedliche Hintergrundsfärbungen zu Fehlern im Befund
führen.
Die zu untersuchenden Peaklinien werden vorzugsweise durch das Scannen eines
Untersuchungsstreifens ermittelt. Dabei werden die Untersuchungsstreifen bspw.
durch einen optischen Sensor erfaßt und digitalisiert. Ein Beispiel für einen
solchen Detektor bildet ein Flachbettscanner.
Um aus der Peaklinie die Steigungslinie zu ermitteln, wird vorgeschlagen, daß
die Steigung als Kontraständerung mit einer Bildverarbeitungseinrichtung ermittelt
wird. Derartige Programme zur Ermittlung des Kontrastes sind bekannt und
können für das erfindungsgem. Verfahren eingesetzt werden.
Um übliche, unrelevante Kontraständerungen, die auf Unsauberkeiten oder
Systemfehler zurückzuführen sind, zu eliminieren, können Schwingungen der
Steigungslinie, deren Amplitude unter einem bestimmten Wert liegt, beim
Vergleich der Steigungslinien unberücksichtigt bleiben. Der Minimalwert einer
zu berücksichtigenden Amplitdude der Steigungslinie kann einmalig festgelegt
oder variabel eingestellt werden.
Um diesen minimalen Amplitudenwert festzulegen, wird vorgeschlagen, daß für
eine Schwellenprobe die Steigungslinie der Peaklinie und die Amplitude der
Steigungslinie ermittelt wird und auf der zweiten Probe alle Schwingungen mit
einer geringeren Amplitude der Steigungslinie unberücksichtigt bleiben. Dies
erlaubt es, den Grenzwert der Amplitude auf einfache Art und Weise mittels
einer Schwellenprobe festzulegen.
Eine Möglichkeit der Auswertung des erfindunsgem. Vergleichs, besteht darin,
aus Position und Art der Schwingungen der Steigungslinien einen Datensatz zu
ermitteln. Diese Werte können durch Filtersysteme ermittelt werden, wobei die
Position, die Amplitude und vorzugsweise auch die Frequenz der untersuchten
Schwingungen im Datensatz festgehalten werden.
Ein alternatives Verfahren zur Ermittlung eines Datensatzes liegt darin, daß die
Schwingungen der Steigungslinien durch einen Mustervergleich miteinander
verglichen werden und ein Datensatz zur Übereinstimmung ermittelt wird. Ein
Mustervergleich, der bspw. durch Filter-, Neuronale oder Fuzzysysteme
bestimmt werden kann, erlaubt es, einen Datensatz mit sehr genauen Werten zur
Übereinstimmung zwischen den verglichenen Proben zu ermitteln.
Die Erfindung sieht weiter vor, daß dem so ermittelten Datensatz ein
Befundvorschlag zugeordnet wird. Der Befundvorschlag führt zu einer
Beurteilung des durch das erfindungsgem. Verfahren ermittelten Datensatzes, die
direkt in der Praxis verwendet werden kann.
Um das Verfahren besonders anwenderfreundlich zu gestalten, wird letztlich
vorgeschlagen, daß der Datensatz mit einem Parser in einen Befundtext,
vorzugsweise mit Grafik, übertragen wird. Dies führt dazu, daß der Anwender
des erfindungsgem. Verfahrens einen automatisch erstellten Text erhält, in dem
der Vergleich der Peakdarstellungen beschrieben und vorzugsweise das ermittelte
Ergebnis auch bewertet wird.
Ein Ausführungsbeispiel des erfindungsgem. Verfahrens ist in der Zeichnung
dargestellt und wird im folgenden näher beschrieben.
Es zeigt
Fig. 1 einen Untersuchungsstreifen, eine Peakdarstellung und eine
Steigungslinie einer Referenzprobe,
Fig. 2 einen Untersuchungsstreifen, eine Peakdarstellung und eine
Steigungslinie einer Schwellenprobe,
Fig. 3 einen Untersuchungsstreifen, eine Peakdarstellung und eine
Steigungslinie einer Untersuchungsprobe und
Fig. 4 eine schematische Darstellung des Verfahrens.
Die in Fig. 1a gezeigte erste Probe 1 ist eine Referenzprobe, bei der auf einem
Referenzstreifen 2 durch Antikörperreaktionen farblich sich vom Untergrund
abhebende Banden 3, 4, 5, 6 erzeugt wurden.
Wenn diese Referenzprobe 1 mit einem Scanner 7 (vgl. Fig. 4) analysiert wird,
ermittelt dieser eine Peaklinie 8, die in Fig. 1b dargestellt ist. Dabei ist jeder
Bande 3, 4, 5, 6 ein Peak 3', 4', 5', 6' zugeordnet.
Aus der Peaklinie 8 wird mittels eines Rechners 9 (vgl. Fig. 4) eine
Steigungslinie 10 berechnet, die in Fig. 1c dargestellt ist. Auf der Steigungslinie
10 entspricht jeder Bande 3, 4, 5, 6 auf der Referenzprobe 1 eine Schwingung
3'', 4'', 5'', 6''.
Zur Festlegung eines Schwellenwertes dient eine Schwellenprobe 11, die in Fig.
2a gezeigt ist. Diese Probe hat eine irgendwo auf dem Schwellenstreifen 12
angeordnete Bande 13, deren Kontraständerung zum Hintergrund so festgelegt ist,
daß sie die minimale Kontraständerung angibt, die notwendig ist, um mit
Sicherheit auf eine Immunreaktion schließen zu können. Diese Schwellenprobe
11 kann ebenfalls durch den Scanner 7 hindurchgeführt werden, um eine
Peaklinie 14 zu ermitteln, die in Fig. 2b gezeigt ist. Auf dieser Peaklinie 14
entspricht der Bande 13 ein Peak 13'. Mittels des Rechners 9 (vgl. Fig. 4) wird
auch diese Peaklinie 14 in eine Steigungslinie 15 umgerechnet. Diese
Steigungslinie 15 ist in Fig. 2c dargestellt und auf ihr entspricht der Bande 13
eine Schwingung 13'' mit einer Amplitude 16.
Die ermittelte Steigungslinie 10 der Referenzprobe 1 und die ermittelte Amplitude
16 der Schwellenprobe 11 werden im Rechner 9 gespeichert und später zur
Bewertung einer zweiten Probe 17, der Untersuchungsprobe, verwendet.
Als Untersuchungsprobe 17 ist in Fig. 3a ein Untersuchungsstreifen 18
abgebildet, der drei durch Immunkörperrekationen entstandene Banden 19, 20,
21 aufweist. Auch der Untersuchungsstreifen 19 wird als Untersuchungsprobe 17
durch den Scanner 7 geführt, um die Peaklinie 22, die in Fig. 3b dargestellt ist,
zu ermitteln. Die Peaklinie 22 weist drei Peaks 19', 20' und 21' auf, die den
Banden 19, 20 und 21 auf dem Untersuchungsstreifen entsprechen.
Aus der Peaklinie 22 wird mit dem Rechner 9 eine Steigungslinie 23 berechnet,
die in Fig. 3c abgebildet ist. Auf der Steigungslinie 23 entspricht der Bande 19
eine Schwingung 19'', der Bande 20 eine Schwingung 20'' und der Bande 21
eine Schwingung 21''. Entsprechend der in Fig. 2c angegebenen Amplitude 16
ist in Fig. 3c ein Schwingungsbereich 24 durch strichpunktierte Linien begrenzt.
Schwingungen, wie die Schwingung 20'', die innerhalb des
Schwingungsbereiches 24 liegen, liegen unterhalb der durch die Schwellenprobe
11 festgelegten Schwelle und werden beim Vergleich der Steigungslinie 23 der
Untersuchungsprobe 17 mit der Steigungslinie 10 der Referenzprobe 1 nicht
berücksichtigt.
Nach Ermittlung der Steigungslinie 23 der Untersuchungsprobe 17 wird die
Steigungslinie 23 mit der Steigungslinie 10 der Referenzprobe 1 durch einen im
Rechner 9 vorgenommenen Mustervergleich verglichen. Schwingungen 20'', die
innerhalb des Schwingungsbereiches 24 liegen, werden nicht berücksichtigt und
Schwingungen 19'', 21'', die einer Schwingung 3'', 6'' auf der Steigungslinie 10
der Referenzprobe 1 entsprechen, werden als Datensatz einem Parser 25
übermittelt, der den Datensatz in einen Befundtext überträgt. Dieser Befundtext
kann entweder über einen Bildschirm 26 angezeigt werden, mittels eines
Druckers 27 als Protokoll 28 ausgegeben werden oder auf einem Speicher 32,
wie z. B. einer Festplatte gespeichert werden.
Zur besseren Zuordnung und zur Übertragung weiterer Informationen sind auf
den Streifen 1, 11 und 17 Markierungen, wie Zeichen und Beschriftungen 29, 30,
31 vorgesehen, die mit dem Scanner 7 eingelesen und in den Datensatz
aufgenommen werden. Diese Markierungen können entweder zur Erstellung des
Befundtextes verwendet werden oder der Erkennung der unterschiedlichen
Streifenarten dienen.
Claims (10)
1. Verfahren zum Vergleich von Peak-Darstellungen, insbesondere von
Westernblot- oder Dot Blot-Streifen (2, 18),
- 1. bei dem für eine erste Probe (1) eine Intensitätsortskurve (8) ermittelt wird und durch Ableiten dieser Intensitätsortskurve (8) eine Steigungslinie (10) ermittelt wird,
- 2. für eine zweite Probe (17) eine Intensitätsortskurve (22) ermittelt wird und durch Ableiten dieser Intensitätsortskurve (22) eine Steigungslinie (23) ermittelt wird
- 3. und die Steigungslinien (10, 23) der Proben (1, 17) miteinander verglichen werden.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die erste
Probe (1) eine Referenzprobe und die zweite Probe (17) eine
Untersuchungsprobe ist.
3. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch
gekennzeichnet, daß die Peaklinien (8, 22) durch das Scannen eines
Streifens (2, 18) ermittelt werden.
4. Verfahren nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, daß
Markierungen (29, 30, 31), wie Beschriftungen oder Zeichen, durch
Scannen vom Streifen ermittelt werden.
5. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch
gekennzeichnet, daß die Steigungslinien (10, 15, 23) als
Kontraständerung mit einer Bildverarbeitungseinrichtung (7, 9) ermittelt
werden.
6. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch
gekennzeichnet, daß für eine Schwellenprobe (11) die Steigungslinie
(15) der Peaklinie (14) und die Amplitude (16) der Steigungslinie (15)
ermittelt wird und auf der zweiten Probe (17) alle Schwingungen (20'')
mit einer geringeren Amplitude der Steigungslinie (23) unberücksichtigt
bleiben.
7. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch
gekennzeichnet, daß aus Position und Art der Schwingungen (3'', 4'',
5'', 6''; 19'', 20'', 21'') der Steigungslinien (10; 23) ein Datensatz
ermittelt wird.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet,
daß die Schwingungen (3'', 4'', 5'', 6''; 19'', 20'', 21'') der
Steigungslinien (10; 23) durch einen Mustervergleich miteinander
verglichen werden und ein Datensatz zur Übereinstimmung ermittelt
wird.
9. Verfahren nach Anspruch 7 oder 8 dadurch gekennzeichnet, daß dem
Datensatz ein Befundvorschlag zugeordnet wird.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 7 bis 9, dadurch gekennzeichnet,
daß der Datensatz mit einem Parser (25) in einen Befundtext,
vorzugsweise mit Grafik übertragen wird.
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