DE69636843T2 - Nachweis von Nukleinsäure-Änderungen - Google Patents

Nachweis von Nukleinsäure-Änderungen Download PDF

Info

Publication number
DE69636843T2
DE69636843T2 DE69636843T DE69636843T DE69636843T2 DE 69636843 T2 DE69636843 T2 DE 69636843T2 DE 69636843 T DE69636843 T DE 69636843T DE 69636843 T DE69636843 T DE 69636843T DE 69636843 T2 DE69636843 T2 DE 69636843T2
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
oligonucleotides
bound
oligonucleotide
dna
phosphorylated
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Lifetime
Application number
DE69636843T
Other languages
English (en)
Other versions
DE69636843D1 (de
Inventor
Oxford Gene Technology Stephen C. Yarnton Case-Green
Oxford Gene Technology Clare E. Yarnton Pritchard
Oxford Gene Technology Edwin M. Yarnton Southern
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Oxford Gene Technology IP Ltd
Original Assignee
Oxford Gene Technology IP Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=10772698&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=DE69636843(T2) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Oxford Gene Technology IP Ltd filed Critical Oxford Gene Technology IP Ltd
Publication of DE69636843D1 publication Critical patent/DE69636843D1/de
Application granted granted Critical
Publication of DE69636843T2 publication Critical patent/DE69636843T2/de
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6862—Ligase chain reaction [LCR]
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00608—DNA chips
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/0061—The surface being organic
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00623—Immobilisation or binding
    • B01J2219/00626—Covalent
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Description

  • Ein Nachweis von Variation in DNA-Sequenzen bildet die Grundlage für viele Anwendungen in der modernen genetischen Analyse: er wird in der Linkage-Analyse verwendet, um Krankheitsgene in menschlichen Stammbäumen oder ökonomisch wichtige Merkmale in Tier- und Pflanzenzuchtprogrammen zurück zu verfolgen; er bildet die Grundlage von Fingerprinting Verfahren, die in forensischen und Vaterschaftsuntersuchungen verwendet werden [Krawczak und Schmidtke, 1994], er wird verwendet, um Mutationen in biologisch und klinisch wichtigen Genen zu entdecken [Cooper und Krawczak, 1989]. Die Wichtigkeit des DNA-Polymorphismus wird durch die große Anzahl von Verfahren unterstrichen, die entwickelt wurden, um ihn nachzuweisen und zu messen [Cotton, 1993]. Die meisten dieser Verfahren beruhen auf einer der zwei analytischen Verfahren Gelelektrophorese oder molekulare Reassoziation, um eine Sequenzvariation nachzuweisen. Jedes dieser leistungsfähigen Verfahren weist seine Nachteile auf. Eine Gelelektrophorese weist eine sehr hohe Auflösungsfähigkeit auf und ist insbesondere für den Nachweis von Variation in den Mini- und Mikrosatelliten Markern geeignet, die in der Linkage-Analyse und im Fingerprinting verwendet werden, sie stellt ebenfalls das Verfahren dar, welches verwendet wird, um die Variation zu analysieren, die in den Triplet Wiederholungen gefunden wird, welche eine Zahl von Mutationen verursachen, von denen nun bekannt ist, dass sie die Ursache für ungefähr zehn genetische Störungen in Menschen sind [Willems, 1994]. Trotz ihres großen Erfolges und ihrer weit verbreiteten Verwendung hat sich die Gelelektrophorese als schwierig zu automatisieren erwiesen: selbst die Systeme mit automatischer Datenerfassung benötigen eine manuelle Gelherstellung, und wenn Proben per Hand geladen werden, ist es leicht, Proben zu vertauschen. Die durchgehend lesenden Elektrophoresemaschinen sind teuer, und eine manuelle Analyse ist technisch an spruchsvoll, so dass ihre Verwendung auf spezialisierte Labore beschränkt ist, welche einen hohen Durchsatz aufweisen. Weiterhin schließen Schwierigkeiten beim Messen der Fragmentgröße eine harte statistische Analyse der Ergebnisse aus.
  • Im Gegensatz dazu eignet sich eine Oligonukleotid-Hybridisierung zur Automatisierung und zur quantitativen Analyse [Southern et al., 1992], aber sie ist nicht gut für die Analyse der Variation in der Anzahl der Wiederholungen in den Mikro- und Minisatelliten geeignet, da die geringe teilweise Änderung in der Anzahl der Wiederholungen eine kaum nachweisbare Änderung in der Signalstärke erzeugt, und natürlich würde es nicht möglich sein, zwischen zwei Allelen in der gleichen Probe zu unterscheiden, da jedes eine einzelne Intensitätsmessung beisteuern würde. Daher würden viele verschiedene Kombinationen von Allelen das gleiche Signal erzeugen. Derzeitige Hybridisationsverfahren sind viel besser geeignet, um eine Variation in der DNA aufgrund von Punktmutation – Basensubstitution, Deletionen und Insertionen, zu analysieren, für welche es möglich ist, Allel spezifische Oligonukleotide (ASOs) zu entwerfen, die sowohl den Wildtyp als auch die Mutantensequenzen erkennen [Conner et al., 1983]. Daher ist es grundsätzlich möglich, in einem relativ einfachen Test alle möglichen Genotypen nachzuweisen. Ein Problem, das jedoch in der Praxis bei der Verwendung der Oligonukleotid-Hybridisierung auftritt ist, dass in einigen Fällen das Ausmaß der Reassoziation kaum durch ein fehlgepaartes Basenpaar beeinflusst wird.
  • DIE ERFINDUNG
  • Die Erfindung stellt ein Verfahren zur Herstellung eines Arrays von Oligonukleotid-Sonden bereit, in welchem unterschiedliche Oligonukleotide unterschiedliche Stellen besetzen und jedes Oligonukleotid einen 3'-Nukleotidrest, durch den es kovalent an einen Träger gebunden wird, und einen 5'-Nukleotidrest, welcher phosphoryliert wird, aufweist, wobei die Oligonukleotide vorsynthetisiert und anschließend an den Träger gebunden werden.
  • Die Erfindung stellt ebenfalls ein Verfahren zur Herstellung eines Arrays von Oligonukleotid-Sonden bereit, in welchem unterschiedliche Oligonukleotide unterschiedliche Stellen besetzen und jedes Oligonukleotid einen 3'-Nukleotidrest, durch den es kovalent an einen Träger gebunden wird, und einen 5'-Nukleotidrest, welcher phosphoryliert wird, aufweist, wobei das 5'-Nukleotid chemisch phosphoryliert wird.
  • Es wird hier ein allgemeiner Ansatz offenbart, welcher auf alle Formender Variation angewendet werden kann, die allgemein als DNA-Marker für eine genetische Analyse verwendet werden. Er verbindet eine sequenzspezifische Hybridisierung an Oligonukleotide, welche an einen festen Träger gebunden sind, mit enzymatischen Reaktionen, welche die Unterscheidung zwischen passenden und nicht passenden Paarungen verstärken, und stellen zur gleichen Zeit einen Weg des Anheftens einer Markierung bereit, um anzuzeigen, wann eine oder welche Reaktion stattgefunden hat. Eine DNA-Strangverbindung durch DNA-Ligasen ist von einer perfekten Paarung der Sequenzen am und um den Punkt der Verbindung abhängig. Es bestehen verschiedene Wege, in denen diese Enzyme mit Sequenz spezifischen Oligonukleotiden verwendet werden können, um eine Variation in Zielsequenzen nachzuweisen.
  • In allen Fällen wird die zu analysierende Sequenz, die Zielsequenz, als ein Nukleinsäuremolekül verfügbar sein und kann ein DNA-Molekül sein, welches zum Beispiel durch die Polymerase Kettenreaktion hergestellt wurde. Die Verfahren sind jedoch nicht auf eine Analyse von DNA, die auf diese Weise hergestellt wurde, beschränkt. In allen Anwendungen wird die Zielsequenz als erstes durch eine Hybridisierung an Oligonukleotide, welche an einen festen Träger gebunden sind, gefangen, zum Beispiel können die Oligonukleotide wie beschrieben [Maskos und Southern, 1992] in situ synthetisiert werden, oder sie können vorsynthetisiert werden und anschließend an die Oberfläche gekoppelt werden [Khrapko et al., 1991].
  • In einem Aspekt des allgemeinen Ansatzes ergibt sich die Neuheit aus der Nutzung von Enzymen in Kombination mit Substraten oder Primern, die an feste Trä ger gebunden sind. Eine weitere Neuheit nutzt die Beobachtung, dass DNA-Ligasen verwendet werden können, um Sequenzvarianten zu unterscheiden, welche sich in der Anzahl der Einheiten einer Tandemsequenz unterscheiden. Diese Beobachtung ist überraschend, da Tandemsequenzen in jedem Register Paarungen bilden können, daher können Längenvarianten grundsätzlich Paarungen bilden, die an den Enden passen, selbst wenn die zwei Stränge verschiedene Anzahlen von Wiederholungseinheiten enthalten. Obwohl die beanspruchte Erfindung gebundene Oligonukleotide umfasst, sollte es offensichtlich sein, dass diese Reaktion verwendet werden könnte, um VNTR (Tandemwiederholung mit variabler Anzahl, engl.: variable number tandem repeat) Sequenzen in der flüssigen Phase zu analysieren, gefolgt durch irgendein anderes Verfahren der Analyse, wie einer Gelelektrophorese.
  • Ein Polynukleotidziel wird in Lösung bereitgestellt und kann eine DNA oder RNA sein. Dieses Polynukleotidziel wird veranlasst, mit einer Oligonukleotid-Sonde zu hybridisieren. Der Begriff Oligonukleotid wird hier als eine allgemeine Bezeichnung für die Primer und Substrate verwendet, welche allgemein von Ligase-Enzymen verwendet werden. Der Begriff wird jedoch in einem breiten Sinn verwendet, um jede Substanz abzudecken, die als ein Substrat für die Enzyme dient, einschließlich einzelsträngiger Ketten von kurzer oder mittlerer Länge, die aus den Resten von Nukleotiden oder von Nukleotidanalogen zusammengesetzt wurden und ebenfalls längerer Ketten, die gewöhnlich als Polynukleotide bezeichnet werden würden.
  • Sonden werden an einen Träger durch eine kovalente Bindung und über einen terminalen 3'-Nukleotidrest gebunden. Ein Array von Oligonukleotid-Sonden kann an auseinander liegende Stellen gebunden werden, zum Beispiel auf einer derivatisierten Glasoberfläche oder der Oberfläche eines Silikonmikrochips oder alternativ auf einzelnen Perlen.
  • Die Erfindung stellt Verfahren zum Herstellen eines Arrays von Oligonukleotiden bereit, in welchem, wie in den Ansprüchen definiert, unterschiedliche Oligonukleo tide unterschiedliche Stellen besetzen und jedes Oligonukleotid einen 3'-Nukleotidrest, durch den es kovalent an einen Träger gebunden wird, und einen 5'-Nukleotidrest, welcher phosphoryliert ist, aufweist.
  • Träger gebundene Oligonukleotide
  • Zwei unterschiedliche Verfahren wurden zur Herstellung von Oligonukleotiden, die an einen festen Träger gebunden sind, entwickelt: sie können in situ synthetisiert oder vorsynthetisiert werden und an den Träger gebunden werden. In jedem Fall ist es möglich, die Träger gebundenen Oligonukleotide in einer Hybridisierungsreaktion mit Oligonukleotiden in der flüssigen Phase zu verwenden, um Paarungen zu bilden; der Oligonukleotid-Überschuss in Lösung kann anschließend ausgewaschen werden. Die Hybridisierung kann unter stringenten Bedingungen ausgeführt werden, so dass nur gut passende Paarungen stabil sind. Wenn Enzyme verwendet werden, ist die chemische Ausrichtung des Oligonukleotids wichtig, Ligasen verbinden Oligonukleotide, welche am 5'-Ende phosphoryliert sind mit jenen, mit einer 3'-OH-Gruppe. Oligonukleotide, die über eines von beiden Enden an das feste Substrat gebunden sind, können in situ unter Verwendung der geeigneten Phosphoramidit Vorläufer hergestellt werden [Referenzen in Beaucage and lyer, 1992], oder vorsynthetisierte Oligonukleotide können über geeignete Gruppen an eines von beiden Enden befestigt werden. Wir werden zeigen, dass Oligonukleotide am 5'-Ende in situ unter Verwendung von ATP und Polynukleotidkinase phosphoryliert werden können, oder sie können chemisch phosphoryliert werden [Horn und Urdea, 1986].
  • Gebundene Oligonukleotide als Substrate für DNA modifizierende Enzyme
  • Die hier in Betracht gezogenen Anwendungen erfordern, dass die an das feste Substrat gebundenen Oligonukleotide an Reaktionen, welche durch DNA-Ligasen katalysiert werden, teilnehmen können.
  • Die unten beschriebenen Experimente zeigen, dass sowohl Polynukleotidkinase als auch DNA-Ligase verwendet werden können, um an einen festen Träger gebundene Oligonukleotide zu modifizieren. Es gibt verschiedene Wege, in denen phosphorylierte Oligonukleotide und die Ligasereaktion verwendet werden können, um eine Sequenzvariation nachzuweisen.
  • Verfahren zur Herstellung von Arrays von Sequenzvarianten
  • 1. Allel spezifische Oligonukleotide für Punktmutationen
  • Es wird nötig sein, an einen festen Träger gebundene Oligonukleotide zu verwenden. Der Träger kann die Form von Teilchen, zum Beispiel Glaskügelchen oder magnetischen Perlen, annehmen. In diesem Fall könnten die Reaktionen in Röhrchen oder in den Vertiefungen einer Mikrotiterplatte durchgeführt werden. Verfahren für sowohl das Synthetisieren von Oligonukleotiden als auch für das Verbinden vorsynthetisierter Oligonukleotide mit diesen Materialien sind bekannt [Stahl et al., 1988]. Verfahren zum Herstellen von Arrays von ASOs, welche Punktmutationen darstellen, wurden in der Patentanmeldung PCT/GB89/00460 und in Maskos und Southern (1993) beschrieben. Wir haben ebenfalls gezeigt, wie an einen festen Träger gebundene Oligonukleotide in einem Array Mutanten von Wildtyp-Allelen durch molekulares Hybridisieren unterscheiden könnten.
  • Für die vorliegende Erfindung könnten die gleichen Verfahren verwendet werden, um Oligonukleotid Arrays von ASOs zu erzeugen, aber sie müssen modifiziert werden, damit sie als Substrate für die Enzyme verwendet werden können; für eine Ligation kann es nötig sein, das 5'-Ende zu phosphorylieren.
  • 2. Arrays zum Scannen von Regionen auf Mutationen
  • Es ist häufig wünschenswert, eine relativ kurze Region eines Gens oder Genoms auf Punktmutationen zu scannen: zum Beispiel sind viele unterschiedliche Stellen in dem CFTR-Gen mutiert, um Mukoviszidose hervorzurufen: ähnlich kann das p53-Tumorsuppressor-Gen an vielen Stellen mutiert sein. Die großen Anzahlen von Oligonukleotiden, die benötigt werden, um alle möglichen Stellen in der Sequenz zu untersuchen, können durch wirksame kombinatorische Verfahren hergestellt werden [Southern et al., 1994]. Eine Modifikation des Protokolls könnte zulassen, dass solche Arrays in Verbindung mit Enzymen verwendet werden, um nach Mutationen an allen Stellen in der Zielsequenz zu suchen.
  • 3. VNTRs
  • Die am verbreitetsten verwendeten VNTRs stellen Wiederholungen von sehr kurzen Einheiten dar, typischerweise Mono- bis Tetranukleotide. Es gibt jedoch eine andere Klasse, die Minisatelliten, in denen die Wiederholungseinheit etwas länger, bis zu 20 oder mehr Nukleotide, ist. Die kurzen Wiederholungen können unter Verwendung einer chemischen Synthese hergestellt werden; im Fall von Einfügungen mit großen Anzahlen von Wiederholungseinheiten würde es ökonomischer sein, einen synthetischen Weg zu verwenden, welcher die Wiederholungseinheit als einen Reaktanten verwenden, eher als sie Base für Base aufzubauen; solche Verfahren wurden verwendet, um Polynukleotide durch eine chemische Synthese herzustellen. Eine attraktive Alternative würde sein, die Wiederholungseinheiten durch Ligieren der monomeren Einheiten aufzubauen; sie könnten schrittweise hinzugefügt werden, Einheit für Einheit, vorausgesetzt ein Verfahren zum Blockieren eines Endes könnte gefunden werden, um eine Polymerisation zu verhindern; zum Beispiel kann der Oligonukleotid aufbauende Bereich mit einer Hydroxylgruppe beendet werden, welche anschließend nach einer Ligation phosphoryliert wird, so dass die Einheit ein Empfänger für die nächste wird; das Monomer kann eine Phosphatgruppe aufweisen, welche mit einer spaltbaren Gruppe geschützt ist, wie einer fotospaltbaren Gruppe, welche nach einer Ligation entfernt werden kann, um eine folgende Ligation zu erlauben [Pillai, 1980]. Eine zweite Alternative, welche insbesondere für längere Einheiten, wie die Minisatelliten, günstig wäre, würde sein, die entweder klonierten oder enzymatisch vervielfältigten Moleküle mit dem festen Träger zu verbinden.
  • BEISPIEL 1
  • Ein Array von VNTRs
  • Es wurde ein Array von VNTRs hergestellt, in dem die Anker-Sequenz 5'-tgtagtggtgtgatcaaggc-3' war. Die Wiederholungseinheit war 5'-cttt-3'; Streifen, ca. 3 mm breit, der Sequenzvarianten der Form: Anker-WiederholungN, mit N = 4 – 10, wurden als Streifen auf der Oberfläche eines Polypropylenblattes hergestellt. Die Synthese wurde unter Verwendung von 3'-Desoxyribophosphoramiditen durchgeführt, diese chemische Ausrichtung stellt Oligonukleotide, welche über ihr 3'-Ende an das Polypropylen gebunden sind und eine freie 5'-Hydroxylgruppe her. Um ein Substrat für eine Ligation zu erzeugen, wurde diese OH-Gruppe durch Eintauchen eines Streifens des Polypropylens (3 mm × 18 mm), welcher den Array von Oligonukleotiden trug, in 0,5 ml einer Lösung, welche 4 mM ATP und 77,6 Einheiten Polynukleotidkinase mit Puffer und Mg++ gemäß den Anleitungen des Herstellers enthielt, phosphoryliert. Die Reaktion wurde für 6 Stunden bei 37°C stehen gelassen; der Streifen wurde entfernt und in kochendes Wasser eingetaucht, um die Polynukleotidkinase zu zerstören.
  • BEISPIEL 2
  • In einem Experiment, welches dem einen in Beispiel 1 beschriebenen ähnlich ist, wurde ein Array erzeugt, welcher die humane fes/fps Locus-Sequenz als ein Ziel verwendet. Die Anker-Sequenz 5'-agagatgtagtctcattctttcgccaggctgg-3' war die tatsächlich flankierende Sequenz der attt-Wiederholungen des fes/fps-Mikrosatelliten (EMBL Zugangs-Nr. X06292 M14209 M14589), wie sie in der menschlichen genomischen DNA vorkommt.
  • BEISPIEL 3
  • Ein Primer Oligodesoxynukleotid, 5'-PO4-gta aaa cga cgg cca gt-3', welches über sein 3'-Ende mit aminiertem Polypropylen verbunden war, wurde wie beschrieben synthetisiert und phosphoryliert.
  • BEISPIEL 4
  • Vier gebundene ASOs, 5'-(gca oder t)ag aga gga-3', die sich nur in ihrer 5'-Base unterschieden, wurden wie oben beschrieben, mit dem 3'-Ende mit aminiertem Polypropylen verbunden, synthetisiert. Die Phosphorylierung wurde wie beschrieben durchgeführt.
  • REFERENZEN
    • 1. Beaucage, S. L. lyer, R. P. (1992). Advances in the synthesis of oligonucleotides by the phosphoramidite approach. Tetrahedron 48: 2223-2311.
    • 2. Conner, B. J., Reyes, A. A., Morin, C., Itakura, K., Teplitz, L., and Wallace, R. B. (1983). Detection of sickle cell ß3 globin allele by hybridization with synthetic oligonucleotides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80: 278-282.
    • 3. Cooper, D. N., and Krawczak, M. (1989). The mutational spectrum of single base-pair substitutions causing human genetic disease: patterns and predictions. Hum. Genet. 85: 55-74.
    • 4. Cotton, RG, (1993) Current methods of mutation detection Mutation Research 285: 125-144.
    • 5. Horn, T., and Urdea, M. (1986) Chemical phosphorylation of oligonucleotides. Tetrahedron Letters 27: 4705.
    • 6. Khrapko, K. R., Lysow, Yu. P., Khorlyn, A. A., Shick, V. V., Florentiev, V. L., and Mirzabekov, (1989). An oligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing. FEBS Lett. 256: 118-122.
    • 7. Krawczak M. and Schmidtke, J. (1994). DNA fingerprinting. BIOS Scientific Publishers.
    • 8. Maskos, U., and Southern, E. M., (1993) A novel method for the analysis of multiple sequence variants by hybridisation to oligonucleotides. Nucleic Acids Research, 21: 2267-2268.
    • 9. Pillai, V. N. R. (1980). Photoremovable protecting groups in organic chemistry Synthesis 39: 1-26.
    • 10. Southern, E. M. (1988). Analyzing Polynucleotide Sequences. International Patent Application PCT/GB89/00460 (WO89/10977).
    • 11. Southern, E. M., Maskos, U. and Elder, J. K. (1992) Analysing and Comparing Nucleic Acid Sequences by Hybridization to Arrays of Oligonucleotides: Evaluation using Experimental Models. Genomics 12: 1008-1017.
    • 12. Southern, E. M., Case-Green, Elder, J. K. Johnson, M., Mir, K. U., Wang, L., and Williams, J. C. (1994). Arrays of complementary oligonucleotides for analysing the hybridisation bahaviour of nucleic acids. Nucleic Acids Res. 22:, 1368-1373.
    • 13. Stahl, S., Hultman, T., Olsson, A., Moks, T. D and, Uhlen, M. (1988) Solid phase DNA sequencing using the biotin-avidin system. Nucleic Acids Res, 16: 2025-38.
    • 14. Veerle, A. M. C. S., Moerkerk, P. T. M. M., Murtagh, J. J., Jr., Thunnissen, F. B. J. M (1994) A rapid reliable method for detection of known point mutations: Point-EXACCT. Nucleic Acids Research 22: 4840-4841.
    • 15. Virnekas, B., Liring, G., Pluckthon, K., Schneider, C., Wellhofer, G. and Moroney, S. E. (1994) Trinucleotide phosphoramidites: ideal reagents for the synthesis of mixed oligonucleotides for random mutagenesis. Nucleic Acids Research 22: 5600-5607.
    • 16. Willems, P. J. (1994) Dynamic mutations hit double figures. Nature Genetics 8: 213-216.

Claims (2)

  1. Verfahren zur Herstellung eines Arrays von Oligonukleotid-Sonden, in welchem unterschiedliche Oligonukleotide unterschiedliche Stellen besetzen und jedes Oligonukleotid einen 3'-Nukleotidrest, durch den es kovalent an einen Träger gebunden wird, und einen 5'-Nukleotidrest, welcher phosphoryliert wird, aufweist, wobei die Oligonukleotide vorsynthetisiert und anschließend an den Träger gebunden werden.
  2. Verfahren zur Herstellung eines Arrays von Oligonukleotid-Sonden, in welchem unterschiedliche Oligonukleotide unterschiedliche Stellen besetzen und jedes Oligonukleotid einen 3'-Nukleotidrest, durch den es kovalent an einen Träger gebunden wird, und einen 5'-Nukleotidrest, welcher phosphoryliert wird, aufweist, wobei das 5'-Nukleotid chemisch phosphoryliert wird.
DE69636843T 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von Nukleinsäure-Änderungen Expired - Lifetime DE69636843T2 (de)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB9507238.5A GB9507238D0 (en) 1995-04-07 1995-04-07 Detecting dna sequence variations
GB9507238 1996-04-09

Publications (2)

Publication Number Publication Date
DE69636843D1 DE69636843D1 (de) 2007-02-22
DE69636843T2 true DE69636843T2 (de) 2007-10-18

Family

ID=10772698

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE69633974T Expired - Lifetime DE69633974T2 (de) 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von nukleinsäure-variationen
DE69638248T Expired - Lifetime DE69638248D1 (de) 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von DNS-Sequenz Variationen
DE69636843T Expired - Lifetime DE69636843T2 (de) 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von Nukleinsäure-Änderungen

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE69633974T Expired - Lifetime DE69633974T2 (de) 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von nukleinsäure-variationen
DE69638248T Expired - Lifetime DE69638248D1 (de) 1995-04-07 1996-04-09 Nachweis von DNS-Sequenz Variationen

Country Status (6)

Country Link
US (5) US6150095A (de)
EP (3) EP0820524B1 (de)
JP (3) JP3908784B2 (de)
DE (3) DE69633974T2 (de)
GB (1) GB9507238D0 (de)
WO (1) WO1996031622A1 (de)

Families Citing this family (198)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6270961B1 (en) * 1987-04-01 2001-08-07 Hyseq, Inc. Methods and apparatus for DNA sequencing and DNA identification
US6401267B1 (en) 1993-09-27 2002-06-11 Radoje Drmanac Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing
US6207373B1 (en) 1998-02-25 2001-03-27 Nanogen, Inc. Methods for determining nature of repeat units in DNA
US7582421B2 (en) * 1993-11-01 2009-09-01 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using a bioelectronic microchip
US6468742B2 (en) 1993-11-01 2002-10-22 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using bioelectronic microchip
AU1428097A (en) * 1996-01-12 1997-08-01 Hybridon, Inc. Method of monitoring pharmacokinetics of oligonucleotide pharmaceuticals
DE69737883T2 (de) 1996-04-25 2008-03-06 Bioarray Solutions Ltd. Licht-regulierte, elektrokinetische zusammensetzung von partikeln an oberflächen
GB9624165D0 (en) 1996-11-19 1997-01-08 Amdex A S Use of nucleic acids bound to carrier macromolecules
EP0896634A1 (de) * 1996-11-29 1999-02-17 Amersham Pharmacia Biotech UK Limited Verfahren zur bestimmung der länge von tandem-repeat-sequenzen
AUPO427996A0 (en) * 1996-12-20 1997-01-23 Co-Operative Research Centre For Diagnostic Technologies Method for detecting a nucleotide at a specific location within a polynucleotide sequence and apparatus therefor
US6309824B1 (en) * 1997-01-16 2001-10-30 Hyseq, Inc. Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes
US6297006B1 (en) * 1997-01-16 2001-10-02 Hyseq, Inc. Methods for sequencing repetitive sequences and for determining the order of sequence subfragments
US6309829B1 (en) * 1997-05-27 2001-10-30 Pe Corporation (Ny) Length determination of nucleic acid repeat sequences by discontinuous primer extension
AU742599B2 (en) * 1997-07-22 2002-01-10 Qiagen Genomics, Inc. Multiple functionalities within an array element and uses thereof
CN1265156A (zh) * 1997-07-22 2000-08-30 拉普吉恩公司 核酸阵列上进行的扩增及其它酶反应
EP0996500A1 (de) 1997-07-22 2000-05-03 Rapigene, Inc. Vorrichtung und verfahren zur gruppierung von einer lösung auf einem festen träger
EP1600512B1 (de) * 1997-12-22 2008-05-28 Hitachi Chemical Co., Ltd. Reinigung von mRNA auf Mikroplatten
US6844158B1 (en) 1997-12-22 2005-01-18 Hitachi Chemical Co., Ltd. Direct RT-PCR on oligonucleotide-immobilized PCR microplates
US6087102A (en) 1998-01-07 2000-07-11 Clontech Laboratories, Inc. Polymeric arrays and methods for their use in binding assays
US6289229B1 (en) 1998-01-20 2001-09-11 Scimed Life Systems, Inc. Readable probe array for in vivo use
US6355419B1 (en) 1998-04-27 2002-03-12 Hyseq, Inc. Preparation of pools of nucleic acids based on representation in a sample
ES2393056T3 (es) 1998-11-09 2012-12-18 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha Procedimiento de síntesis de ácido nucleico
US6410231B1 (en) 1999-02-26 2002-06-25 Incyte Genomics, Inc. SNP detection
AU3174600A (en) * 1999-03-10 2000-09-28 Asm Scientific, Inc. A method for direct nucleic acid sequencing
EP1088101A4 (de) * 1999-03-30 2004-10-20 Nanogen Inc Unterscheidung von einzelnukleotidpolymorphismen durch elektronische dot-blot versuche auf halbleitermikrochips
DE60038109T2 (de) * 1999-04-09 2008-11-27 Keygene N.V. Verfahren zur Analyse von AFLP Reaktionsmischungen unter Verwendung von Primer Verlängerungstechniken
CA2370976C (en) * 1999-04-20 2009-10-20 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
EP1171637A2 (de) * 1999-04-27 2002-01-16 The University Of Chicago Nukleotidverlängerung auf einem aus gel-immobolisierten primern bestehenden mikroarray
AU773447B2 (en) * 1999-09-01 2004-05-27 Nuace Technologies Ltd. Template-dependent nucleic acid polymerization using oligonucleotide triphosphates building blocks
US7211390B2 (en) 1999-09-16 2007-05-01 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6297016B1 (en) * 1999-10-08 2001-10-02 Applera Corporation Template-dependent ligation with PNA-DNA chimeric probes
EP1255860A2 (de) 1999-12-29 2002-11-13 Mergen Ltd. Festphasen multiplex amplifizierung von polynukleotiden
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US6376191B1 (en) * 2000-03-22 2002-04-23 Mergen, Ltd. Microarray-based analysis of polynucleotide sequence variations
US7875442B2 (en) 2000-03-24 2011-01-25 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
US7829313B2 (en) 2000-03-24 2010-11-09 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
EP1349954B1 (de) 2000-05-19 2011-01-26 Eragen Biosciences, Inc. Materialien und methoden zum nachweis von nukleinsäuren
JP4744778B2 (ja) 2000-06-21 2011-08-10 バイオアレイ ソルーションズ リミテッド 特定のランダム粒子アレイを適用した複数の被検体分子の分析方法
US9709559B2 (en) 2000-06-21 2017-07-18 Bioarray Solutions, Ltd. Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays
JP4310599B2 (ja) * 2000-07-05 2009-08-12 東洋紡績株式会社 塩基多型を検出する方法
EP1598432A3 (de) * 2000-07-31 2006-06-07 Agilent Technologies, Inc. Array-basierende Methoden zur Synthese von Nukleinsäuregemischen
ATE316581T1 (de) 2000-09-05 2006-02-15 Zeltz Patrick Dr Verfahren zur spezifischen bestimmung von dna- sequenzen mittels paralleler amplifikation
CN100385013C (zh) * 2000-10-14 2008-04-30 伊拉根生物科学公司 使用非标准碱基的固相支持体分析系统和方法
WO2002033126A2 (en) 2000-10-14 2002-04-25 Eragen Biosciences, Inc. Solid support assay systems and methods utilizing non-standard bases
US20030093819A1 (en) 2000-11-03 2003-05-15 D'andrea Alan D. Methods and compositions for the diagnosis of cancer susceptibilities and defective DNA repair mechanisms and treatment thereof
US6489115B2 (en) * 2000-12-21 2002-12-03 The Board Of Regents Of The University Of Nebraska Genetic assays for trinucleotide repeat mutations in eukaryotic cells
EP1356117A2 (de) * 2001-01-25 2003-10-29 TM Bioscience Corporation Polynukleotide zur verwendung als tags und tagkomplemente, herstellung und verwendung
US7226737B2 (en) * 2001-01-25 2007-06-05 Luminex Molecular Diagnostics, Inc. Polynucleotides for use as tags and tag complements, manufacture and use thereof
US20030165865A1 (en) * 2001-01-29 2003-09-04 Hinkel Christopher A. Methods of analysis of nucleic acids
WO2002079518A1 (en) * 2001-03-29 2002-10-10 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha A method for genotyping individuals for multiple snps
JP2004532026A (ja) * 2001-03-30 2004-10-21 アメルシャム・バイオサイエンシーズ・アクチボラグ Ｐ４５０単一ヌクレオチド多型バイオチップ分析
EP1256632A3 (de) * 2001-05-07 2004-01-02 Smithkline Beecham Corporation Hochdurchsatz-Screening von Polymorphismen
EP1423530A2 (de) * 2001-05-18 2004-06-02 Azign Bioscience A/S G-protein-gekoppelte rezeptoren-arrays
JP2002372533A (ja) * 2001-06-13 2002-12-26 Kiwamu Akagi 血液の検査方法、検査用チップ、並びに検査装置
US7262063B2 (en) 2001-06-21 2007-08-28 Bio Array Solutions, Ltd. Directed assembly of functional heterostructures
WO2003002765A2 (en) 2001-06-27 2003-01-09 Cancer Research Technology Limited Methods for the diagnosis of cancer based on the obcam and ntm genes
US20030082584A1 (en) * 2001-06-29 2003-05-01 Liang Shi Enzymatic ligation-based identification of transcript expression
US20030170695A1 (en) * 2001-06-29 2003-09-11 Liang Shi Enzymatic ligation-based identification of nucleotide sequences
US20050009022A1 (en) * 2001-07-06 2005-01-13 Weiner Michael P. Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US20030054396A1 (en) * 2001-09-07 2003-03-20 Weiner Michael P. Enzymatic light amplification
US20080138800A1 (en) * 2001-10-15 2008-06-12 Alice Xiang Li Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection
JP4377689B2 (ja) 2001-10-15 2009-12-02 バイオアレイ ソリューションズ リミテッド 同時尋問及び酵素仲介検出による多型遺伝子座の複合分析
US20050124022A1 (en) * 2001-10-30 2005-06-09 Maithreyan Srinivasan Novel sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6902921B2 (en) * 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US7294504B1 (en) * 2001-12-27 2007-11-13 Allele Biotechnology & Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for DNA mediated gene silencing
JP4274948B2 (ja) 2002-03-13 2009-06-10 シンジェンタ・パティシペーションズ・アクチェンゲゼルシャフト 核酸検出方法
US9126165B1 (en) 2002-04-24 2015-09-08 The University Of North Carolina At Greensboro Nucleic acid arrays to monitor water and other ecosystems
US7214492B1 (en) 2002-04-24 2007-05-08 The University Of North Carolina At Greensboro Nucleic acid arrays to monitor water and other ecosystems
US8048623B1 (en) 2002-04-24 2011-11-01 The University Of North Carolina At Greensboro Compositions, products, methods and systems to monitor water and other ecosystems
US8383342B2 (en) 2002-04-24 2013-02-26 The University Of North Carolina At Greensboro Compositions, products, methods and systems to monitor water and other ecosystems
US7601493B2 (en) * 2002-07-26 2009-10-13 Nanogen, Inc. Methods and apparatus for screening and detecting multiple genetic mutations
ATE513924T1 (de) * 2002-07-30 2011-07-15 Toppan Printing Co Ltd Verfahren zum nachweis einer basenmutation
US20040137468A1 (en) * 2002-08-30 2004-07-15 Brian Warner Solid phase based nucleic acid assays combining high affinity and high specificity
US7157228B2 (en) * 2002-09-09 2007-01-02 Bioarray Solutions Ltd. Genetic analysis and authentication
AU2003298655A1 (en) 2002-11-15 2004-06-15 Bioarray Solutions, Ltd. Analysis, secure access to, and transmission of array images
WO2004065550A2 (en) 2003-01-17 2004-08-05 Eragen Biosciences, Inc. Nucleic acid amplification using non-standard bases
US7575865B2 (en) * 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
ES2342665T3 (es) 2003-01-29 2010-07-12 454 Corporation Secuenciacion desde dos extremos.
CA2458085A1 (en) 2003-03-21 2004-09-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Transcriptional activity assay
JP4567673B2 (ja) 2003-04-01 2010-10-20 エラジェン バイオサイエンシズ インコーポレイテッド ポリメラーゼ阻害剤およびその使用方法
US20050233390A1 (en) * 2003-04-09 2005-10-20 Allen John W Device including a proteinaceous factor, a recombinant proteinaceous factor, and a nucleotide sequence encoding the proteinaceous factor
AU2003902299A0 (en) * 2003-05-13 2003-05-29 Flinders Medical Centre A method of analysing a marker nucleic acid molecule
DE10325098B3 (de) * 2003-06-03 2004-12-02 IPK-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung Verfahren zur SNP-Analyse auf Biochips mit Oligonukleotid-Arealen
US20050181394A1 (en) * 2003-06-20 2005-08-18 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20040259100A1 (en) * 2003-06-20 2004-12-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20050053980A1 (en) 2003-06-20 2005-03-10 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
WO2005003318A2 (en) * 2003-07-02 2005-01-13 Perkinelmer Las, Inc. Assay and process for labeling and detection of micro rna and small interfering rna sequences
WO2005029705A2 (en) 2003-09-18 2005-03-31 Bioarray Solutions, Ltd. Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers
NZ546072A (en) 2003-09-22 2009-08-28 Bioarray Solutions Ltd Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules
WO2005042763A2 (en) 2003-10-28 2005-05-12 Bioarray Solutions Ltd. Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes
EP1694859B1 (de) 2003-10-29 2015-01-07 Bioarray Solutions Ltd Multiplex-nukleinsäureanalyse mittels fragmentierung doppelsträngiger dna
WO2005118862A2 (en) * 2004-04-30 2005-12-15 Applera Corporation Compositions, methods, and kits for (mis)ligating oligonucleotides
US20060008823A1 (en) * 2004-05-12 2006-01-12 Kemp Jennifer T DNA profiling and SNP detection utilizing microarrays
EP2471922A1 (de) 2004-05-28 2012-07-04 Asuragen, Inc. Verfahren und Zusammensetzungen mit microRNA
US7848889B2 (en) 2004-08-02 2010-12-07 Bioarray Solutions, Ltd. Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification
US7501253B2 (en) * 2004-09-21 2009-03-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University DNA fingerprinting using a branch migration assay
US7238486B2 (en) * 2004-09-21 2007-07-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University DNA fingerprinting using a branch migration assay
EP2322616A1 (de) 2004-11-12 2011-05-18 Asuragen, Inc. Verfahren und Zusammensetzungen, die miRNAs und miRNA-inhibitorischen Molekülen verbunden sind
US7977119B2 (en) * 2004-12-08 2011-07-12 Agilent Technologies, Inc. Chemical arrays and methods of using the same
WO2006099421A2 (en) 2005-03-14 2006-09-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for evaluating graft survival in a solid organ transplant recipient
WO2006101913A2 (en) 2005-03-18 2006-09-28 Eragen Biosciences, Inc. Methods for detecting multiple species and subspecies of neiserria
US20060240443A1 (en) * 2005-04-20 2006-10-26 Combimatrix Corporation Microarray-based single nucleotide polymorphism, sequencing, and gene expression assay method
US8486629B2 (en) 2005-06-01 2013-07-16 Bioarray Solutions, Ltd. Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation
US8293472B2 (en) 2005-06-07 2012-10-23 Luminex Corporation Methods for detection and typing of nucleic acids
EP1731620A1 (de) 2005-06-07 2006-12-13 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methode zur Diagnose von Immun-Transplantatstoleranz
US8507197B2 (en) 2005-08-10 2013-08-13 Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. Quality control methods for arrayed oligonucleotides
US7359222B2 (en) * 2005-09-15 2008-04-15 Power Integrations, Inc. Method and apparatus to improve regulation of a power supply
WO2007035836A2 (en) * 2005-09-20 2007-03-29 The Board Of Regents Of The University Of Oklahoma Accelerated class i and class ii hla dna sequence-based typing
US9023597B2 (en) 2005-12-29 2015-05-05 Korea Materials & Analysis Corp. One step diagnosis by dendron-mediated DNA chip
US8841069B2 (en) 2005-12-29 2014-09-23 Korea Materials & Analysis Corporation Dendron-mediated DNA virus detection
US20070196832A1 (en) * 2006-02-22 2007-08-23 Efcavitch J William Methods for mutation detection
JP2007267644A (ja) * 2006-03-30 2007-10-18 Toshiba Corp 単位塩基の繰り返し回数の測定方法
WO2008008284A2 (en) 2006-07-14 2008-01-17 The Regents Of The University Of California Cancer biomarkers and methods of use threof
WO2008036776A2 (en) 2006-09-19 2008-03-27 Asuragen, Inc. Mir-15, mir-26, mir -31,mir -145, mir-147, mir-188, mir-215, mir-216 mir-331, mmu-mir-292-3p regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US20090131348A1 (en) 2006-09-19 2009-05-21 Emmanuel Labourier Micrornas differentially expressed in pancreatic diseases and uses thereof
US9845494B2 (en) * 2006-10-18 2017-12-19 Affymetrix, Inc. Enzymatic methods for genotyping on arrays
EP2993473A1 (de) 2007-01-30 2016-03-09 Pharmacyclics, Inc. Verfahren zur bestimmung der krebsresistenz gegen histondeacetylasehemmer
US20080194416A1 (en) * 2007-02-08 2008-08-14 Sigma Aldrich Detection of mature small rna molecules
JP5266646B2 (ja) * 2007-02-15 2013-08-21 東レ株式会社 繰り返し塩基配列の配列数測定方法および繰り返し塩基配列の配列数測定キット
EP1961825A1 (de) 2007-02-26 2008-08-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Medicale) Verfahren zur Vorhersage des Auftretens von Metastasen bei Brustkrebspatienten
US7635566B2 (en) 2007-06-29 2009-12-22 Population Genetics Technologies Ltd. Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants
JP2009011247A (ja) * 2007-07-05 2009-01-22 Sumitomo Bakelite Co Ltd 遺伝子の検出方法
US20090061424A1 (en) * 2007-08-30 2009-03-05 Sigma-Aldrich Company Universal ligation array for analyzing gene expression or genomic variations
US8211652B2 (en) 2008-01-29 2012-07-03 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education FSTL-1 as a biomaker of inflammation
US8658379B2 (en) 2008-01-29 2014-02-25 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education Follistatin-like protein-1 as a biomarker for sepsis
EP2113574A1 (de) 2008-04-28 2009-11-04 Biotype AG Stoffe und Verfahren für Profilierungstest auf DNA-Basis
US8258111B2 (en) 2008-05-08 2012-09-04 The Johns Hopkins University Compositions and methods related to miRNA modulation of neovascularization or angiogenesis
EP2324129A4 (de) 2008-08-18 2012-06-20 Univ Leland Stanford Junior Verfahren und zusammensetzungen zur bestimmung eines transplantattoleranten phänotyps bei einer person
EP3805762B1 (de) 2009-08-22 2024-02-07 Ares Trading S.A. Abbildung und evaluierung von embryos, oozyten und stammzellen
US8975019B2 (en) * 2009-10-19 2015-03-10 University Of Massachusetts Deducing exon connectivity by RNA-templated DNA ligation/sequencing
EP2491137B1 (de) 2009-10-22 2018-07-25 Universiteit Leiden Mit Depression assozierte Biomarker
EP2314714A1 (de) 2009-10-22 2011-04-27 Universiteit Leiden Empfänglichkeit für eine Krankheit
WO2011050278A1 (en) 2009-10-23 2011-04-28 Eragen Biosciences, Inc. Amplification primers with non-standard bases for increased reaction specificity
US9290813B2 (en) 2009-12-02 2016-03-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biomarkers for determining an allograft tolerant phenotype
GB0922085D0 (en) 2009-12-17 2010-02-03 Cambridge Entpr Ltd Cancer diagnosis and treatment
WO2011109398A2 (en) 2010-03-02 2011-09-09 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for treatment of angelman syndrome and autism spectrum disorders
WO2011108930A1 (en) 2010-03-04 2011-09-09 Interna Technologies Bv A MiRNA MOLECULE DEFINED BY ITS SOURCE AND ITS DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC USES IN DISEASES OR CONDITIONS ASSOCIATED WITH EMT
JP2013524946A (ja) 2010-04-19 2013-06-20 ザ プロクター アンド ギャンブル カンパニー 哺乳類の皮膚の状態を調節するための、エネルギー及び局所適用組成物の併用
KR20120137407A (ko) 2010-04-19 2012-12-20 더 프록터 앤드 갬블 캄파니 유전자 시그너쳐 및 전기 전도 고주파 전류의 피부에의 투입과 관련된 유전자 칩과 그에 관련된 방법 및 처리
US20120003639A1 (en) 2010-04-27 2012-01-05 Prelude, Inc. Cancer biomarkers and methods of use thereof
CA2804599C (en) 2010-07-06 2023-01-31 Interna Technologies Bv Mirna and its diagnostic and therapeutic uses in diseases or conditions associated with melanoma, or in diseases or conditions associated with activated braf pathway
WO2012019099A2 (en) 2010-08-05 2012-02-09 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Follistatin-like-protein-1 as a biomarker for inflammatory disorders
KR20130115250A (ko) 2010-09-15 2013-10-21 알막 다이아그노스틱스 리미티드 암에 대한 분자적 진단 테스트
WO2012068400A2 (en) 2010-11-17 2012-05-24 Asuragen, Inc. Mirnas as biomarkers for distinguishing benign from malignant thyroid neoplasms
EP2474617A1 (de) 2011-01-11 2012-07-11 InteRNA Technologies BV MIR zur Behandlung von Neoangiogenese
CN103460038A (zh) 2011-02-23 2013-12-18 里兰斯坦福初级大学理事会 检测人类胚胎中的非整倍性的方法
US20140057295A1 (en) 2011-02-28 2014-02-27 Barbara J. Stegmann Anti-mullerian hormone changes in pregnancy and prediction of adverse pregnancy outcomes and gender
BR112013031019A2 (pt) 2011-06-02 2017-03-21 Almac Diagnostics Ltd teste diagnóstico molecular para câncer
EP2724156B1 (de) 2011-06-27 2017-08-16 The Jackson Laboratory Verfahren und zusammensetzungen zur behandlung von krebs und autoimmunerkrankungen
WO2013009705A2 (en) 2011-07-09 2013-01-17 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Biomarkers, methods, and compositions for inhibiting a multi-cancer mesenchymal transition mechanism
US9644241B2 (en) 2011-09-13 2017-05-09 Interpace Diagnostics, Llc Methods and compositions involving miR-135B for distinguishing pancreatic cancer from benign pancreatic disease
WO2013063519A1 (en) 2011-10-26 2013-05-02 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving mirna expression levels for distinguishing pancreatic cysts
WO2013063544A1 (en) 2011-10-27 2013-05-02 Asuragen, Inc. Mirnas as diagnostic biomarkers to distinguish benign from malignant thyroid tumors
WO2013087789A1 (en) 2011-12-13 2013-06-20 Glykos Finland Ltd. Antibody isoform arrays and methods thereof
CN104136611B (zh) * 2012-02-27 2018-03-27 东丽株式会社 核酸的检测方法
EP2870263A1 (de) 2012-07-03 2015-05-13 InteRNA Technologies B.V. Diagnoseportfolio und dessen verwendungen
US20140100124A1 (en) 2012-10-04 2014-04-10 Asuragen, Inc. Diagnostic mirnas for differential diagnosis of incidental pancreatic cystic lesions
US11091809B2 (en) 2012-12-03 2021-08-17 Almac Diagnostic Services Limited Molecular diagnostic test for cancer
US9868992B2 (en) 2013-03-15 2018-01-16 Baylor Research Institute Tissue and blood-based miRNA biomarkers for the diagnosis, prognosis and metastasis-predictive potential in colorectal cancer
EP2971149B1 (de) 2013-03-15 2018-05-09 Baylor Research Institute Marker für mit colitis ulcerosa (uc) assoziierten kolorektalen neoplasien
EP4163387A1 (de) 2013-03-15 2023-04-12 The University of Chicago Verfahren und zusammensetzungen in zusammenhang mit t-zell-aktivität
JP6427883B2 (ja) * 2014-01-27 2018-11-28 株式会社大林組 セメント組成体の仕上げ方法
GB201409479D0 (en) 2014-05-28 2014-07-09 Almac Diagnostics Ltd Molecular diagnostic test for cancer
US20180363070A9 (en) 2014-08-12 2018-12-20 Univ Wayne State Systems and methods to detect stem cell stress and uses thereof
WO2016090323A1 (en) 2014-12-05 2016-06-09 Prelude, Inc. Dcis recurrence and invasive breast cancer
TW201702218A (zh) 2014-12-12 2017-01-16 美國杰克森實驗室 關於治療癌症、自體免疫疾病及神經退化性疾病之組合物及方法
GB201512869D0 (en) 2015-07-21 2015-09-02 Almac Diagnostics Ltd Gene signature for minute therapies
JP6904910B2 (ja) * 2016-02-10 2021-07-21 日本電気株式会社 Ｄｎａ検査用チップ、ｄｎａ検査方法、ｄｎａ検査システム、及びｄｎａ検査チップ制御装置
US20190128895A1 (en) 2016-04-20 2019-05-02 Ldx Prognostics Limited Co. Methods and compositions for prognosing preterm birth
JP6691617B2 (ja) 2016-05-17 2020-04-28 エルディエックス・プログノスティクス・リミテッド・カンパニーＬｄｘ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ Ｃｏ． 子癇前症の評価を提供するための方法及び組成物
US9932631B1 (en) 2017-09-11 2018-04-03 Omniome, Inc. Genotyping by polymerase binding
SG11201906567YA (en) 2017-01-20 2019-08-27 Omniome Inc Allele-specific capture of nucleic acids
IL293332B2 (en) 2017-09-11 2024-02-01 Cyteir Therapeutics Inc RAD51 inhibitors
CA3079524A1 (en) 2017-11-03 2019-05-09 Interna Technologies B.V. Mirna molecule, equivalent, antagomir, or source thereof for treating and/or diagnosing a condition and/or a disease associated with neuronal deficiency or for neuronal (re)generation
US11957695B2 (en) 2018-04-26 2024-04-16 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions targeting glucocorticoid signaling for modulating immune responses
US20210386829A1 (en) 2018-05-04 2021-12-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate innate lymphoid cell inflammatory responses
WO2020036926A1 (en) 2018-08-17 2020-02-20 Cellecta, Inc. Multiplex preparation of barcoded gene specific dna fragments
CA3112792A1 (en) 2018-09-14 2020-03-19 Prelude Corporation Method of selection for treatment of subjects at risk of invasive breast cancer
WO2020077135A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Modulating resistance to bcl-2 inhibitors
CN113795251A (zh) 2019-02-27 2021-12-14 马德拉治疗公司 酪蛋白水解蛋白酶p功能作为药物对imipridone样试剂响应的生物标志物的用途
WO2020186101A1 (en) 2019-03-12 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Detection means, compositions and methods for modulating synovial sarcoma cells
KR20210127790A (ko) 2019-03-12 2021-10-22 사이티어 테라퓨틱스, 인크. Rad51 억제제
WO2020186235A1 (en) 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate intestinal innate lymphoid cells
EP3942023A1 (de) 2019-03-18 2022-01-26 The Broad Institute, Inc. Zusammensetzungen und verfahren zur modulation metabolischer regulatoren der t-zell-pathogenität
WO2020191069A1 (en) 2019-03-18 2020-09-24 The Broad Institute, Inc. Modulation of type 2 immunity by targeting clec-2 signaling
CN114173781A (zh) 2019-03-25 2022-03-11 赛泰尔治疗公司 Rad51和parp抑制剂的组合
JP2022526844A (ja) 2019-04-12 2022-05-26 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア 筋肉量及び酸化的代謝を増加させるための組成物及び方法
KR20220024857A (ko) 2019-06-21 2022-03-03 사이티어 테라퓨틱스, 인크. 췌장암의 치료를 위한 rad51 억제제의 사용 방법
US20220282333A1 (en) 2019-08-13 2022-09-08 The General Hospital Corporation Methods for predicting outcomes of checkpoint inhibition and treatment thereof
US11793787B2 (en) 2019-10-07 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for enhancing anti-tumor immunity by targeting steroidogenesis
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
US20230044602A1 (en) 2019-12-20 2023-02-09 EDWARD Via COLLEGE OF OSTEOPATHIC MEDICINE Cancer signatures, methods of generating cancer signatures, and uses thereof
MX2022010963A (es) 2020-03-03 2022-12-08 Cyteir Therapeutics Inc El compuesto 67a (2301085-06-1) inhibidor de rad51 en una dosificación específica para el tratamiento de cáncer.
WO2022192419A2 (en) 2021-03-09 2022-09-15 Massachusetts Institute Of Technology Methods of treating inflammatory bowel disease (ibd) with anti- tnf-blockade
WO2024028794A1 (en) 2022-08-02 2024-02-08 Temple Therapeutics BV Methods for treating endometrial and ovarian hyperproliferative disorders

Family Cites Families (30)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4883750A (en) * 1984-12-13 1989-11-28 Applied Biosystems, Inc. Detection of specific sequences in nucleic acids
US4797355A (en) * 1985-06-13 1989-01-10 Amgen Inc. Methods for attaching polynucleotides to supports
US4851331A (en) * 1986-05-16 1989-07-25 Allied Corporation Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase
GB8612087D0 (en) * 1986-05-19 1986-06-25 Ici Plc Hybridisation probes
US5403711A (en) * 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5700637A (en) * 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US5856092A (en) * 1989-02-13 1999-01-05 Geneco Pty Ltd Detection of a nucleic acid sequence or a change therein
IE66572B1 (en) 1989-02-13 1996-01-24 Geneco Pty Ltd Detection of a nucleic acid sequence or a change therein
IL97222A (en) 1990-02-16 1995-08-31 Orion Yhtymae Oy Method and Responder for Determining Special Changes to Nucleotide
US6013431A (en) 1990-02-16 2000-01-11 Molecular Tool, Inc. Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators
US6004744A (en) 1991-03-05 1999-12-21 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer
US5888819A (en) * 1991-03-05 1999-03-30 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through primer extension
US5348853A (en) * 1991-12-16 1994-09-20 Biotronics Corporation Method for reducing non-specific priming in DNA amplification
NZ245242A (en) * 1992-01-17 1994-12-22 Pioneer Hi Bred Int Identifying variations between organisms by detecting polymorphisms in single sequence repeats
US5981176A (en) * 1992-06-17 1999-11-09 City Of Hope Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences
WO1993025563A1 (en) * 1992-06-17 1993-12-23 City Of Hope A method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences
US5795714A (en) * 1992-11-06 1998-08-18 Trustees Of Boston University Method for replicating an array of nucleic acid probes
SE501439C2 (sv) 1993-06-22 1995-02-13 Pharmacia Lkb Biotech Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser
US5858659A (en) * 1995-11-29 1999-01-12 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
GB9315847D0 (en) * 1993-07-30 1993-09-15 Isis Innovation Tag reagent and assay method
AU694146B2 (en) * 1993-09-27 1998-07-16 Arch Development Corporation Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing
US6156501A (en) * 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
AU694187B2 (en) 1994-02-07 1998-07-16 Beckman Coulter, Inc. Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysis TM of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis
JP3738910B2 (ja) * 1994-04-04 2006-01-25 バイエル コーポレーション 特定の核酸配列を検出するためのハイブリダイゼーション−ライゲーション分析
US6974666B1 (en) * 1994-10-21 2005-12-13 Appymetric, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US5759779A (en) * 1995-08-29 1998-06-02 Dehlinger; Peter J. Polynucleotide-array assay and methods
US5723320A (en) * 1995-08-29 1998-03-03 Dehlinger; Peter J. Position-addressable polynucleotide arrays
US6023540A (en) * 1997-03-14 2000-02-08 Trustees Of Tufts College Fiber optic sensor with encoded microspheres
US6355431B1 (en) * 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays

Also Published As

Publication number Publication date
EP1308523A2 (de) 2003-05-07
US8084211B2 (en) 2011-12-27
JP2006246897A (ja) 2006-09-21
JP2007306940A (ja) 2007-11-29
GB9507238D0 (en) 1995-05-31
JPH11503019A (ja) 1999-03-23
DE69638248D1 (de) 2010-10-07
DE69636843D1 (de) 2007-02-22
DE69633974T2 (de) 2005-12-01
EP1308523A3 (de) 2003-12-10
DE69633974D1 (de) 2005-01-05
US7192707B2 (en) 2007-03-20
US20020106665A1 (en) 2002-08-08
JP3908784B2 (ja) 2007-04-25
EP1693469B1 (de) 2010-08-25
EP1693469A2 (de) 2006-08-23
WO1996031622A1 (en) 1996-10-10
US6150095A (en) 2000-11-21
US20050266408A1 (en) 2005-12-01
US6307039B1 (en) 2001-10-23
EP0820524B1 (de) 2004-12-01
EP0820524A1 (de) 1998-01-28
US6770751B2 (en) 2004-08-03
US20070111235A1 (en) 2007-05-17
EP1693469A3 (de) 2007-07-04
EP1308523B1 (de) 2007-01-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE69636843T2 (de) Nachweis von Nukleinsäure-Änderungen
DE10015797B4 (de) Multiplex-Analyse von DNA-Gemischen mittels photolytisch ablesbarer DNA-Chips
DE60208278T2 (de) System und Verfahren zum Testen von Nukleinsäuremolekülen
EP1204765B1 (de) Verfahren zur relativen quantifizierung der methylierung von cytosin basen in dna-proben
DE69830395T2 (de) Iterative resequenzierung
WO1997022720A1 (en) Arbitrary sequence oligonucleotide fingerprinting
WO2001038565A2 (de) Oligomer-array mit pna- und/oder dna-oligomeren auf einer oberfläche
WO1990004040A1 (de) Verfahren zur analyse von längenpolymorphismen in dna-bereichen
DE102008013715B4 (de) Verfahren zur DNA-Analyse
EP1234056B1 (de) Dynamische bestimmung von analyten durch arrays auf inneren oberflächen
WO1994026928A2 (de) Mittel zur komplexen diagnostik der genexpression und verfahren zur anwendung für die medizinische diagnostik und die genisolierung
WO2001056691A2 (de) Verfahren und vorrichtung zur synthese und analyse von trägergebundenen arrays von oligomeren, insbesondere von primerpaaren für die pcr, sowie träger mit oligomeren
DE102004043870B4 (de) Verfahren zur Erweiterung des dynamischen Erfassungsbereich bei Mikroarrays
DE102004023439B4 (de) Nachweis von RNA über Micro-Arrays
DE10033091A1 (de) Polymer-Chip
EP1266027A2 (de) Dynamische sequenzierung durch hybridisierung
DE10152925A1 (de) Asymmetrische Sonden
DE102005011350A1 (de) CDNA Microarrays mit Zufallsspacern

Legal Events

Date Code Title Description
8364 No opposition during term of opposition