CN104661677A - 抗Jagged 1/Jagged 2交叉反应抗体、可活化的抗Jagged抗体及其使用方法 - Google Patents

抗Jagged 1/Jagged 2交叉反应抗体、可活化的抗Jagged抗体及其使用方法 Download PDF

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Abstract

本发明一般涉及识别Jagged 1和/或Jagged 2的抗体例如单克隆抗体包括全人单克隆抗体的生成，识别Jagged 1和/或Jagged 2的抗体例如单克隆抗体包括全人抗体，以及编码抗体的核酸分子例如编码识别Jagged 1和Jagged 2的单克隆抗体包括全人交叉反应抗体的核酸分子，以及制备抗Jagged抗体的方法和使用抗Jagged抗体作为治疗剂、预防剂和诊断剂的方法。本发明一般还涉及可活化抗体，其包括掩蔽部分（MM）、可切割部分（CM）和与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体（AB），以及制备和在多种治疗、诊断和预防适应症中使用这些可活化的抗Jagged抗体的方法。

Description

抗Jagged 1/Jagged 2交叉反应抗体、可活化的抗Jagged抗体及其使用方法
相关申请
本申请要求于2012年6月22日提交的美国临时申请号61/663,307；于2013年1月4日提交的美国临时申请号61/749,212；于2013年1月7日提交的美国临时申请号61/749,486；和于2013年1月23日提交的美国临时申请号61/755,810的利益，所述美国临时申请各自通过引用整体并入本文。
发明领域
本发明一般涉及识别Jagged 1和/或Jagged 2的抗体例如单克隆抗体包括全人单克隆抗体的生成，识别Jagged 1和/或Jagged 2的抗体例如单克隆抗体包括全人抗体，以及编码抗体的核酸分子例如编码识别Jagged 1和Jagged 2的单克隆抗体包括全人交叉反应抗体的核酸分子，以及制备抗Jagged抗体的方法和使用抗Jagged抗体作为治疗剂、预防剂和诊断剂的方法。本发明一般还涉及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的可活化抗体，以及制备且在多种治疗、诊断和预防适应症中使用这些可活化抗Jagged抗体的方法。
发明背景
Notch信号传递途径调节广泛多样的细胞类型和细胞过程。Notch信号传递途径通过配体结合包括配体例如Jagged 1和Jagged 2调节。相应地，存在对靶向Notch信号传递途径包括Jagged 1和/或Jagged 2的治疗剂和诊断剂的需要。
发明概述
本发明描述了用于诊断和/或治疗癌症或纤维化疾病的组合物。具体地，本发明提供了结合Jagged 1和Jagged 2且抑制其与Notch受体的结合和通过Notch受体的信号传递的抗体。本发明提供了与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的单克隆抗体。本发明的抗体调节例如阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1与Notch受体的结合，Jagged 2与Notch受体的结合，Jagged 1和Jagged 2与Notch受体的结合，通过Jagged 1和Notch受体之间的相互作用的信号传递，通过Jagged 2和Notch受体之间的相互作用的信号传递，和/或通过在Jagged 1、Jagged 2和Notch受体中的相互作用的信号传递。这些抗体在本文中被称为“抗Jagged抗体”。本发明的抗Jagged抗体包括单克隆抗体，例如全人单克隆抗体，以及人源化单克隆抗体和嵌合抗体。在一些实施方案中，抗体是IgG同种型。在一些实施方案中，抗体是IgG1同种型。在一些实施方案中，抗体具有本文公开的任何同种型之一。
Jagged 1，最初鉴定为Jagged并且也称为JAG1、JAGL1和/或HJ1，已显示为Notch的跨膜配体。Jagged 2是与Jagged 1相关的另一种Notch配体。Jagged 1和Jagged 2均为Notch-1、Notch-2、Notch-3和Notch-4受体的配体。（参见例如Shimizu K等人，“Binding of Delta1，Jagged 1，and Jagged 2 to Notch2 rapidly induces cleavage，nuclear translocation，and hyperphosphorylation of Notch2.” Molecular Cellular Biology 20（18）：6913-6922（2000）；Shimizu K等人，“Physical interaction of Delta1，Jagged 1，and Jagged 2 with Notch1 and Notch3 receptors. Biochemical and Biophysical Research Communications 276（1）：385-389（2000）；Microvasc Res. 60（2）:91-103（2000））。Jagged蛋白质最初被称为缺刻（Serrate）蛋白质。
本发明的示例性单克隆抗体包括例如4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体。其他合适的抗体包括结合与4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和/或6F8抗体相同的表位的抗体。
这些抗体显示对于人Jagged 1和人Jagged 2的特异性，并且它们已显示抑制或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递。这些抗体还显示对于小鼠和大鼠Jagged 1的特异性。在一些实施方案中，这些抗体还显示对于小鼠和/或大鼠Jagged 2的特异性。
在一些实施方案中，公开内容的抗Jagged抗体可以在与患病细胞上表达的Jagged 1和/或Jagged 2结合后内在化，所述患病细胞例如癌细胞或涉及纤维化病症的细胞。
本发明的抗Jagged抗体包括含有选自表2中所示组合的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体。本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其与表2中所示的序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，所述序列与选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的各自CDR序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括含有选自表4中列出的组合的可变重链区和可变轻链区组合的抗体。本发明的抗Jagged抗体包括含有可变重链区和可变轻链区组合的抗体，所述组合与表4中列出的组合至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：74的轻链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的轻链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：74的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：76的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的重链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：76的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：74的轻链序列和含有SEQ ID NO：76的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：74的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的轻链序列和含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：76的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的重链序列。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：54的轻链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的轻链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：54的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：56的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的重链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：56的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：54的轻链序列和含有SEQ ID NO：56的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：54的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的轻链序列和含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：56的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的重链序列。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，该试剂是治疗试剂。在一些实施方案中，该试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，该试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，该试剂经由接头与抗Jagged抗体缀合。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，该试剂是选自表30中列出的组的试剂。在一些实施方案中，该试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀（auristatin）或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是美登素类(maytansinoid)或美登素类衍生物。在一些实施方案中，该试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，该试剂是倍癌霉素(duocarmycin)或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是卡里奇霉素或其衍生物。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断试剂。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中，抗Jagged抗体可以被改造为包括一个或多个二硫键。
本发明还提供了编码本文描述的抗Jagged抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致抗Jagged抗体表达的条件下培养细胞来产生抗Jagged抗体的方法，其中所述细胞包含此类核酸分子。在一些实施方案中，该细胞包含此类载体。
本发明还提供了包括抗体或其抗原结合片段的可活化抗体和可活化抗体组合物，所述抗体或其抗原结合片段特异性结合与掩蔽部分（MM）偶联或以其他方式连接的Jagged 1和Jagged 2，使得MM的偶联降低抗体或其抗原结合片段结合Jagged 1和Jagged 2的能力。这些可活化抗体在本文中统称为可活化抗Jagged抗体，在本文中也称为抗Jagged可活化抗体或Jagged可活化抗体。在一些实施方案中，MM经由包括蛋白酶底物的序列偶联，所述蛋白酶例如在主体中的治疗部位或诊断部位处与Jagged 1和/或Jagged 2共定位的蛋白酶。本文提供的可活化抗Jagged抗体在循环中稳定，在预期治疗和/或诊断部位处活化，但在正常即健康组织中不活化，并且当活化时，显示出至少与相应未经修饰的抗体可比较的与Jagged 1和Jagged 2的结合。
本发明的可活化抗Jagged抗体包括含有选自表2中所示组合的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体。本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其与表2中所示的序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的可活化抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，所述序列与选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的各自CDR序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的可活化抗Jagged抗体包括含有选自表4中列出的组合的可变重链区和可变轻链区组合的抗体。本发明的抗Jagged抗体包括含有可变重链区和可变轻链区组合的抗体，所述组合与表4中列出的组合至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
在一些实施方案中，可活化抗体的抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：74的轻链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的轻链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：74的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：76的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的重链序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO：76的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：74的轻链序列和含有SEQ ID NO：76的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：74的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的轻链序列和含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：76的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的重链序列。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体包括轻链序列，所述轻链序列包括选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144和146的氨基酸序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的轻链序列，所述氨基酸序列与选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144和146的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有SEQ ID NO：76或SEQ ID NO：148的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列的重链序列，所述氨基酸序列与选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144和146的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144和146的氨基酸序列的轻链序列和含有SEQ ID NO：76或SEQ ID NO：148的重链序列。在一些实施方案中，抗Jagged抗体包含含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144和146的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的轻链序列和含有氨基酸序列（所述氨基酸序列与SEQ ID NO：76或SEQ ID NO：148的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同）的重链序列。
在活化状态的本文描述的可活化抗体结合Jagged 1和Jagged 2，并且包括（i）抗体或其抗原结合片段（AB），其与Jagged 1和Jagged 2特异性结合；（ii）掩蔽部分（MM），当可活化抗体处于未切割状态时，其抑制AB与Jagged 1和Jagged 2的结合；和（c）与AB偶联的可切割部分（CM），其中所述CM是充当蛋白酶底物的多肽。在一些实施方案中，MM经由CM与AB偶联。
在一些实施方案中，可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM。
在一些实施方案中，可活化抗体包含在MM和CM之间的连接肽。
在一些实施方案中，可活化抗体包含在CM和AB之间的连接肽。
在一些实施方案中，可活化抗体包含第一连接肽（LP1）和第二连接肽（LP2），并且其中可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-LP1-CM-LP2-AB或AB-LP2-CM-LP1-MM。在一些实施方案中，两个连接肽无需彼此相同。
在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一个包括选自(GS)n、（GGS）n、(GSGGS)n（SEQ ID NO：123）和(GGGS)n（SEQ ID NO：124）的氨基酸序列，其中n为至少一的整数。在一些实施方案中，LP1或LP2中的至少一个包括选自GGSG（SEQ ID NO：125）、GGSGG（SEQ ID NO：126）、GSGSG（SEQ ID NO：127）、GSGGG（SEQ ID NO：128）、GGGSG（SEQ ID NO：129）和GSSSG（SEQ ID NO：130）的氨基酸序列。
在一些实施方案中，可活化抗体包括特异性结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或其免疫活性片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scAb、dAb、单结构域重链抗体或单结构域轻链抗体。在一些实施方案中，结合Jagged 1和Jagged 2的此类抗体或其免疫活性片段是啮齿类动物（例如小鼠或大鼠）、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在一些实施方案中，公开内容的活化抗Jagged抗体（即处于切割状态）可以在与患病细胞上表达的Jagged 1和/或Jagged 2结合后内在化，所述患病细胞例如癌细胞或涉及纤维化病症的细胞。
在一些实施方案中，AB对于与Jagged 1和Jagged 2的结合具有约100 nM或更少的平衡解离常数。
在一些实施方案中，MM对于与AB的结合具有的平衡解离常数大于AB与Jagged 1和Jagged 2的平衡解离常数。
在一些实施方案中，MM对于与AB的结合具有的平衡解离常数不超过AB与Jagged 1和Jagged 2的平衡解离常数。
在一些实施方案中，当可活化抗体处于切割状态时，MM不干扰AB与Jagged 1和Jagged 2的结合或不与AB竞争与Jagged 1和Jagged 2的结合。
在一些实施方案中，MM是长度约2至40个氨基酸的多肽。在一些实施方案中，MM是长度不多于40个氨基酸的多肽。
在一些实施方案中，MM多肽序列不同于Jagged 1和Jagged 2的多肽序列，并且其中MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM多肽序列不同于Jagged 1和Jagged 2的多肽序列，并且其中MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体具有不多于25%的同一性。在一些实施方案中，MM多肽序列不同于Jagged 1和Jagged 2的多肽序列，并且其中MM多肽序列与AB的任何天然结合配偶体具有不多于10%的同一性。
在一些实施方案中，MM的偶联降低AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力，使得当与MM偶联时，AB针对Jagged 1和Jagged 2的解离常数（Kd）是不与MM偶联时AB针对Jagged 1和Jagged 2的Kd的至少20倍。
在一些实施方案中，MM的偶联降低AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力，使得当与MM偶联时，AB针对Jagged 1和Jagged 2的解离常数（Kd）是不与MM偶联时AB针对Jagged 1和Jagged 2的Kd的至少40倍。
在一些实施方案中，MM的偶联降低AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力，使得当与MM偶联时，AB针对Jagged 1和Jagged 2的解离常数（Kd）是不与MM偶联时AB针对Jagged 1和Jagged 2的Kd的至少100倍。
在一些实施方案中，MM的偶联降低AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力，使得当与MM偶联时，AB针对Jagged 1和Jagged 2的解离常数（Kd）是不与MM偶联时AB针对Jagged 1和Jagged 2的Kd的至少1000倍。
在一些实施方案中，MM的偶联降低AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力，使得当与MM偶联时，AB针对Jagged 1和Jagged 2的解离常数（Kd）是不与MM偶联时AB针对Jagged 1和Jagged 2的Kd的至少10,000倍。
在一些实施方案中，当使用靶置换测定例如PCT公开号WO 2009/025846和WO 2010/081173（所述专利各自的内容通过引用整体并入本文）中所述的测定在体外测定时，与当CM被切割时相比较，当CM未被切割时，在Jagged 1和Jagged 2的存在下，MM使AB结合Jagged 1和Jagged 2的能力降低至少90%。
在一些实施方案中，MM不干扰处于切割状态的可活化抗体的AB与Jagged靶的结合，或不与处于切割状态的可活化抗体的AB竞争与Jagged靶的结合。
在一些实施方案中，MM是选自表9、11-14和20-23中列出的那些的氨基酸序列。
在一些实施方案中，蛋白酶与Jagged 1和/或Jagged 2共定位于组织中，并且当可活化抗体暴露于蛋白酶时，蛋白酶切割可活化抗体中的CM。
在一些实施方案中，CM位于可活化抗体中，使得在未切割状态，可活化抗体与Jagged 1和Jagged 2的结合降低，伴随其为比未经修饰的AB与Jagged 1和Jagged 2结合的平衡解离常数大至少20倍的平衡解离常数发生，而在切割状态时，AB结合Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，CM位于可活化抗体中，使得在未切割状态，可活化抗体与Jagged 1和Jagged 2的结合降低，伴随其为比未经修饰的AB与Jagged 1和Jagged 2结合的平衡解离常数大至少40倍的平衡解离常数发生，而在切割状态时，AB结合Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，CM位于可活化抗体中，使得在未切割状态，可活化抗体与Jagged 1和Jagged 2的结合降低，伴随其为比未经修饰的AB与Jagged 1和Jagged 2结合的平衡解离常数大至少50倍的平衡解离常数发生，而在切割状态时，AB结合Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，CM位于可活化抗体中，使得在未切割状态，可活化抗体与Jagged 1和Jagged 2的结合降低，伴随其为比未经修饰的AB与Jagged 1和Jagged 2结合的平衡解离常数大至少100倍的平衡解离常数发生，而在切割状态时，AB结合Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，CM位于可活化抗体中，使得在未切割状态，可活化抗体与Jagged 1和Jagged 2的结合降低，伴随其为比未经修饰的AB与Jagged 1和Jagged 2结合的平衡解离常数大至少200倍的平衡解离常数发生，而在切割状态时，AB结合Jagged 1和Jagged 2。
在一些实施方案中，CM是长度最高达15个氨基酸的多肽。
在一些实施方案中，CM包括氨基酸序列LSGRSDNH（SEQ ID NO：213）。在一些实施方案中，可切割部分选择用于与特异性蛋白酶一起使用，所述特异性蛋白酶例如已知与可活化抗体的靶共定位的蛋白酶。例如，用于公开内容的可活化抗Jagged抗体的合适可切割部分通过至少蛋白酶例如尿激酶、豆荚蛋白（legumain）和/或MT-SP1（matriptase）切割，并且包括序列
和/或。
在一些实施方案中，CM是选自表33中所示那些的蛋白酶的底物。在一些实施方案中，蛋白酶选自uPA、豆荚蛋白、MT-SP1、ADAM17、BMP-1、TMPRSS3、TMPRSS4、MMP-9、MMP-12、MMP-13和MMP-14。在一些实施方案中，蛋白酶是组织蛋白酶。在一些实施方案中，CM是选自uPA（尿激酶纤溶酶原激活物）、豆荚蛋白和MT-SP1（matriptase）的蛋白酶的底物。在一些实施方案中，蛋白酶包含uPA。在一些实施方案中，蛋白酶包含豆荚蛋白。在一些实施方案中，蛋白酶包含MT-SP1。在一些实施方案中，蛋白酶包含基质金属蛋白酶（MMP）。
在一些实施方案中，CM是至少两种蛋白酶的底物。在一些实施方案中，每种蛋白酶选自表33中所示的蛋白酶。在一些实施方案中，CM是至少两种蛋白酶的底物，其中所述蛋白酶之一选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1，并且另一种蛋白酶选自表33中所示的蛋白酶。在一些实施方案中，CM是选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1的至少两种蛋白酶的底物。
在一些实施方案中，可活化抗体包括至少第一CM和第二CM。在一些实施方案中，第一CM和第二CM各自是长不多于15个氨基酸的多肽。在一些实施方案中，可活化抗体中的第一CM和第二CM处于未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM1-CM2-AB或AB-CM2-CM1-MM。在一些实施方案中，第一CM和第二CM中的至少一个是充当选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1的蛋白酶底物的多肽。在一些实施方案中，第一CM通过靶组织中选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1的第一切割试剂进行切割，并且第二CM通过靶组织中的第二切割试剂进行切割。在一些实施方案中，其他蛋白酶选自表33中所示的蛋白酶。在一些实施方案中，第一切割试剂和第二切割试剂是选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1的相同蛋白酶，并且第一CM和第二CM是该酶的不同底物。在一些实施方案中，第一切割试剂和第二切割试剂是选自表33中所示那些的相同蛋白酶。在一些实施方案中，第一切割试剂和第二切割试剂是不同蛋白酶。在一些实施方案中，第一切割试剂和第二切割试剂共定位于靶组织中。在一些实施方案中，第一CM和第二CM通过靶组织中的至少一种切割试剂进行切割。
在一些实施方案中，可活化抗体暴露于蛋白酶且被蛋白酶切割，使得在活化或切割状态，活化抗体包括轻链氨基酸序列，其包括LP2的至少一部分和/或在蛋白酶已切割CM后的CM序列。
在一些实施方案中，MM和CM包括选自SEQ ID NO：182、184、186、188、190、192、194和196的氨基酸序列。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括信号肽。在一些实施方案中，信号肽经由间隔物(spacer)与可活化抗体缀合。在一些实施方案中，间隔物在不存在信号肽的情况下与可活化抗体缀合。在一些实施方案中，间隔物与可活化抗体的MM直接连接。
在一些实施方案中，处于未切割状态的可活化抗体包含间隔物，所述间隔物与MM直接连接，并且具有从N末端到C末端的间隔物-MM-CM-AB的结构排列。在一些实施方案中，间隔物包括至少氨基酸序列QGQSGQ（SEQ ID NO：233）。在一些实施方案中，MM和间隔物包括SEQ ID NO：180的氨基酸序列。在一些实施方案中，MM和间隔物包括氨基酸序列QGQSGQCNIWLVGGDCRGWQG（SEQ ID NO：234）。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，该试剂是治疗试剂。在一些实施方案中，该试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，该试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，该试剂经由接头与AB缀合。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，该试剂是选自表30中列出的组的试剂。在一些实施方案中，该试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是美登素类或美登素类衍生物。在一些实施方案中，该试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，该试剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是卡里奇霉素或其衍生物。
在一些实施方案中，可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断试剂。
在一些实施方案中，可活化抗体的AB天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中，AB可以被改造为包括一个或多个二硫键。
在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少5天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少4天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少3天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少2天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少24小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少20小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少18小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少16小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少14小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少12小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少10小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少8小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少6小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少4小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少3小时。
在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体是单特异性的。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体是多特异性的，例如作为非限制性实例，双特异性或三功能的。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体作为前双特异性T细胞衔接物（pro-Bispecific T Cell Engager）（BITE）分子的部分配制。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体作为前嵌合抗原受体（CAR）修饰的T细胞或其他经改造的受体的部分配制。
公开内容还提供了包括可活化抗Jagged抗体的组合物和方法，所述可活化抗Jagged抗体包括特异性结合Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）的抗体或抗体片段（AB），其中所述AB与降低AB结合其靶的能力的掩蔽部分（MM）偶联。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体进一步包括其为蛋白酶底物的可切割部分（CM）。本文提供的组合物和方法允许一种或多种试剂连接至AB中的一个或多个半胱氨酸残基，而不妥协可活化抗Jagged抗体的活性（例如掩蔽、活化或结合活性）。在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法允许一种或多种试剂连接至AB中的一个或多个半胱氨酸残基，而不降低或以其他方式扰乱MM内的一个或多个二硫键。本文提供的组合物和方法产生与一种或多种试剂缀合的可活化抗Jagged抗体，所述试剂例如多种治疗、诊断和/或预防试剂中的任一种，优选地没有任何一种或多种试剂与可活化抗Jagged抗体的MM缀合。本文提供的组合物和方法产生缀合的可活化抗Jagged抗体，其中MM保留有效且高效掩蔽处于未切割状态的可活化抗体的AB的能力。本文提供的组合物和方法产生缀合的可活化抗Jagged抗体，其中在可以切割CM的蛋白酶的存在下，可活化抗体仍被活化，即切割。
可活化抗Jagged抗体具有关于试剂的至少一个缀合点，但在本文提供的方法和组合物中，少于全部的可能缀合点可用于与试剂缀合。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及链间二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是涉及链间二硫键的硫原子，而不是涉及链内二硫键的硫原子。在一些实施方案中，一个或多个缀合点是半胱氨酸或其他含有硫原子的氨基酸残基的硫原子。此类残基可以天然存在于抗体结构中，或者可以通过定点诱变、化学转化或非天然氨基酸的错误掺入而掺入抗体内。
还提供的是制备可活化抗Jagged抗体和与游离巯基(thiol)反应的药物的缀合物的方法，所述可活化抗Jagged抗体具有在AB中的一个或多个链间二硫键和在MM中的一个或多个链内二硫键。该方法一般包括用还原剂例如TCEP使可活化抗体中的链间二硫键部分还原；并且使与游离巯基反应的药物与部分还原的可活化抗体缀合。如本文使用的，术语部分还原指这样的情况：其中可活化抗Jagged抗体与还原剂接触并且少于全部的二硫键例如少于全部的可能缀合点被还原。在一些实施方案中，少于99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或少于5%的全部可能缀合点被还原。
在另外其他实施方案中，提供了还原可活化抗Jagged抗体且使试剂例如药物与可活化抗Jagged抗体缀合的方法，导致试剂放置中的选择性。该方法一般包括用还原剂使可活化抗Jagged抗体部分还原，使得可活化抗体的掩蔽部分或其他非AB部分中的任何缀合位点不被还原，并且使试剂与AB中的链间巯基缀合。选择一个或多个缀合位点，以便允许试剂的所需放置，以允许缀合在所需位点处发生。还原剂为例如TCEP。还原反应条件例如还原剂与可活化抗体的比率、温育长度、在温育期间的温度、还原反应溶液的pH等通过鉴定产生缀合的可活化抗体的条件来确定，在所述缀合的可活化抗体中MM保留有效且高效掩蔽处于未切割状态的可活化抗体的AB的能力。还原剂与可活化抗Jagged抗体的比率将取决于可活化抗体而改变。在一些实施方案中，还原剂与可活化抗Jagged抗体的比率将在下述范围内：约20:1至1:1、约10:1至1:1、约9:1至1:1、约8:1至1:1、约7:1至1:1、约6:1至1:1、约5:1至1:1、约4:1至1:1、约3:1至1:1、约2:1至1:1、约20:1至1:1.5、约10:1至1:1.5、约9:1至1:1.5、约8:1至1:1.5、约7:1至1:1.5、约6:1至1:1.5、约5:1至1:1.5、约4:1至1:1.5、约3:1至1:1.5、约2:1至1:1.5、约1.5:1至1:1.5、或约1:1至1:1.5。在一些实施方案中，该比率在约5:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约5:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约4:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约4:1至1.5:1的范围内。
在一些实施方案中，提供了还原可活化抗Jagged抗体的AB中的链间二硫键且使试剂例如含巯基试剂例如药物与所得到的链间巯基缀合的方法，以使一种或多种试剂选择性定位在AB上。该方法一般包括用还原剂部分还原AB，以形成至少两个链间巯基，而不形成可活化抗体中的所有可能链间巯基；并且使试剂与部分还原的AB的链间巯基缀合。例如，可活化抗体的AB在约37℃下以还原剂:可活化抗体的所需比率部分还原约1小时。在一些实施方案中，还原剂与可活化抗体的比率将在下述范围内：约20:1至1:1、约10:1至1:1、约9:1至1:1、约8:1至1:1、约7:1至1:1、约6:1至1:1、约5:1至1:1、约4:1至1:1、约3:1至1:1、约2:1至1:1、约20:1至1:1.5、约10:1至1:1.5、约9:1至1:1.5、约8:1至1:1.5、约7:1至1:1.5、约6:1至1:1.5、约5:1至1:1.5、约4:1至1:1.5、约3:1至1:1.5、约2:1至1:1.5、约1.5:1至1:1.5、或约1:1至1:1.5。在一些实施方案中，该比率在约5:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约5:1至1.5:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约4:1至1:1的范围内。在一些实施方案中，该比率在约4:1至1.5:1的范围内。
含巯基试剂可以是例如半胱氨酸或N-乙酰半胱氨酸。还原剂可以是例如TCEP。在一些实施方案中，还原的可活化抗体可以在缀合前使用例如柱色谱法、透析或渗滤进行纯化。可替代地，还原抗体在部分还原后以及在缀合前不进行纯化。
本发明还提供了部分还原的可活化抗Jagged抗体，其中可活化抗体中的至少一个链间二硫键已用还原剂还原，而不扰乱可活化抗体中的任何链内二硫键，其中可活化抗体包括与Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）特异性结合的抗体或其抗原结合片段（AB），抑制处于未切割状态的可活化抗体的AB与Jagged靶结合的掩蔽部分（MM），和与AB偶联的可切割部分（CM），其中所述CM是充当蛋白酶底物的多肽。在一些实施方案中，MM经由CM与AB偶联。在一些实施方案中，可活化抗体的一个或多个链内二硫键不被还原剂扰乱。在一些实施方案中，可活化抗体内的MM的一个或多个链内二硫键不被还原剂扰乱。在一些实施方案中，处于未切割状态的可活化抗体具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM。在一些实施方案中，还原剂为TCEP。
在一些实施方案中，本文描述的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体与一种或多种另外的试剂或另外试剂的组合结合使用。合适的另外试剂包括目前用于预期应用例如癌症的药剂和/或手术疗法。例如，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体可以与另外的化学治疗剂或抗肿瘤剂结合使用。例如，在一些实施方案中，另外的化学治疗剂是吉西他滨。
在一些实施方案中，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂配制成单一治疗组合物，并且抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂同时施用。可替代地，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂彼此分开，例如各自配制成分开的治疗组合物，并且抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂同时施用，或抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂在治疗方案期间的不同时间施用。例如，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体在另外的试剂施用前施用，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体在另外的试剂施用后施用，或抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂以交替方式施用。如本文描述的，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂以单一剂量或多个剂量施用。
本发明还提供了编码本文描述的可活化抗Jagged抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致可活化抗体表达的条件下培养细胞来产生可活化抗体的方法，其中所述细胞包含此类核酸分子。在一些实施方案中，该细胞包含此类载体。
本发明还提供了通过下述制造在活化状态结合Jagged 1和Jagged 2的可活化抗体的方法：（a）在导致可活化抗体表达的条件下培养包含编码可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包含掩蔽部分（MM）、可切割部分（CM）、以及抗体或其抗原结合片段（AB），其特异性结合Jagged 1和Jagged 2，和（b）回收可活化抗体。
本发明还提供了通过下述制造在活化状态结合Jagged 1和Jagged 2的可活化抗体的方法：（a）在导致可活化抗体表达的条件下培养包含编码可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包含掩蔽部分（MM）、可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或其抗原结合片段（AB），（i）其中所述CM为包括氨基酸序列的多肽，所述氨基酸序列充当蛋白酶的底物；和（ii）其中所述CM这样放置到可活化抗体中，使得在未切割状态，MM干扰AB与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合，并且在切割状态，MM不干扰AB与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合或不与AB竞争与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合；和（b）回收可活化抗体。
本发明还提供了通过给其中需要此类治疗或预防的主体施用本发明的抗体和/或可活化抗体，治疗、预防、延迟病理状态的症状的进展，或以其他方式减轻病理状态的症状的方法，所述病理状态与异常Jagged 1和/或Jagged 2活性（例如异常信号传递，包括通过Notch受体的异常信号传递）相关，或减轻与此类病理状态相关的症状的方法。本发明还提供了使用本文描述的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体，降低、抑制或以其他方式调节主体中的血管发生的方法。待治疗的主体是例如人或其他哺乳动物。在一些实施方案中，主体是非人哺乳动物，例如非人灵长类动物、伴侣动物（例如猫、犬、马）、农场动物、工作动物或动物园动物。在一些实施方案中，主体是啮齿类动物。
抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体施用的量足以治疗、预防或减轻与病理状态相关的症状。足以治疗或预防主体中的病理状态的抗体和/或可活化抗体的量是例如足以降低Jagged 1和/或Jagged 2信号传递（例如Jagged 1介导的通过Notch受体的信号传递和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递）的量。如本文使用的，术语“降低”指在本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体的存在下，通过一种或多种Notch受体的信号传递减少。当在本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗体的存在下，通过一种或多种Notch受体的信号传递水平比通过一种或多种Notch受体的对照信号传递水平（即在不存在单克隆抗体的情况下，通过一种或多种Notch受体的信号传递水平）低大于或等于5%、10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、90%、95%、99%或100%时，Jagged 1和/或Jagged 2介导的信号传递减少。通过一种或多种Notch受体的信号传递水平使用多种标准技术中的任一种进行测量，所述标准技术例如作为非限制性实例的测量下游基因活化例如Hey和Hes，和/或响应Notch受体活化的萤光素酶报道分子测定。本领域技术人员应当理解通过一种或多种Notch受体的信号传递水平可以使用多种测定包括例如商购可得的试剂盒进行测量。
使用本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体治疗和/或预防和/或关于其的进展延迟和/或关于其的症状改善的病理状态包括例如癌症。在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如白血病，包括T细胞急性成淋巴细胞白血病（T-ALL），成淋巴细胞疾病包括多发性骨髓瘤，以及实体瘤包括肺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌，包括三阴性乳腺癌。另外，因为notch信号传递对于癌症干细胞的存活和生长是重要的，所以Jagged依赖性notch信号传递的抑制将影响干细胞生长和存活。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如骨疾病或不论原发性肿瘤起源的癌症转移。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如乳腺癌，包括作为非限制性实例的ER/PR+乳腺癌、Her2+乳腺癌、三阴性乳腺癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如结肠直肠癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如胃癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如成胶质细胞瘤。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如头颈癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如肺癌，例如作为非限制性实例的非小细胞肺癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如多发性骨髓瘤。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如卵巢癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如胰腺癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如前列腺癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如肉瘤。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如肾癌，例如作为非限制性实例的肾细胞癌。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如皮肤癌，例如作为非限制性实例的鳞状细胞癌、基底细胞癌、黑素瘤。
除癌症之外，Jagged依赖性notch信号传递对于上皮和成纤维细胞分化为肌成纤维细胞是关键的，所述肌成纤维细胞是在纤维化疾病发生中起关键作用的细胞。Jagged依赖性notch信号传递的抑制和因此肌成纤维细胞出现的抑制，将是肾、肝、肺和皮肤的纤维化疾病的有效治疗。在一些实施方案中，抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗纤维化病症，例如特发性肺纤维化（IPF）。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如纤维化疾病。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如特发性肺纤维化、肾纤维化疾病、肝纤维化疾病、腹膜透析诱导性纤维化、硬皮病。
在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体用于治疗、预防、延迟病理状态的进展，和/或改善病理状态的症状，所述病理状态例如听力丧失。
在这些方法和用途的任何实施方案中使用的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体可以在疾病的任何阶段时施用。例如，此类抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体可以施用于患有从早期到转移的任何阶段癌症的患者。术语主体和患者在本文中可互换使用。
在这些方法和用途的任何实施方案中使用的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体可以用于包括肿瘤辅助疗法的治疗方案中。
在这些方法和用途的任何实施方案中使用的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体可以单独或与一种或多种化学治疗剂或其他生物制品组合施用。
本发明还提供了在多种诊断和/或预防适应症中使用抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体的方法和试剂盒。例如，本发明提供了通过下述用于检测主体或样品中切割试剂和目的靶的存在或不存在的方法和试剂盒：（i）使主体或样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中所述可活化抗Jagged抗体包含掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合目的靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割、非活化状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列，并且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；和（b）其中在未切割、非活化状态，MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且在切割、活化状态，MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合；和（ii）测量主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或样品中，并且其中在主体或样品中无活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或样品中。
在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包括可检测标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可检测标记包括显像剂、造影剂、酶、荧光标记、生色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，显像剂包含放射性同位素。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，放射性同位素是铟或锝。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，造影剂包含碘、钆或氧化铁。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，荧光标记包含黄色荧光蛋白（YFP）、青色荧光蛋白（CFP）、绿色荧光蛋白（GFP）、经修饰的红色荧光蛋白（mRFP）、红色荧光蛋白tdimer2（RFP tdimer2）、HCRED或铕衍生物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，发光标记包含N-甲基吖啶鎓（methylacrydium）衍生物。在这些方法的一些实施方案中，标记包含Alexa Fluor®标记例如Alex Fluor® 680或Alexa Fluor® 750。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或者一种或多种半抗原。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，主体是哺乳动物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，主体是人。在一些实施方案中，主体是非人哺乳动物，例如非人灵长类动物、伴侣动物（例如猫、犬、马）、农场动物、工作动物或动物园动物。在一些实施方案中，主体是啮齿类动物。
在这些方法的一些实施方案中，方法是体内方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是原位方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是先体外后体内方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是体外方法。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，方法或试剂盒用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的可活化抗Jagged抗体治疗的患者群体。例如，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割在这些方法中待测试的可活化抗Jagged抗体的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。同样地，对于靶（例如Jagged 1和Jagged 2）和蛋白酶（其切割待使用这些方法测试的可活化抗体的CM中的底物）两者测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。
在一些实施方案中，方法或试剂盒用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的抗Jagged可活化抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体（例如治疗试剂与之缀合的可活化抗体）治疗的患者群体，随后为通过给有此需要的主体施用该可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体的治疗。例如，对于靶（例如Jagged 1和Jagged 2）和蛋白酶（其切割在这些方法中待测试的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类抗体和/或此类缀合的可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人，并且随后给患者施用治疗有效量的被测试的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体。同样地，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割待使用这些方法测试的可活化抗Jagged抗体的CM中的底物）中的任一或两者测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。
在一些实施方案中，此类患者可以用其他抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体）。在一些实施方案中，随后给患者施用治疗有效量的患者对于其测试阳性的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，MM是具有约4至40个氨基酸的长度的肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含接头肽，其中所述接头肽位于MM和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含接头肽，其中所述接头肽位于AB和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含第一接头肽（L1）和第二接头肽（L2），其中所述第一接头肽位于MM和CM之间，并且所述第二接头肽位于AB和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2各自是长度约1至20个氨基酸的肽，并且其中L1和L2各自无需是相同接头。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2之一或两者包含甘氨酸-丝氨酸聚合物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含选自(GS)n、(GSGGS)n（SEQ ID NO：123）和(GGGS)n（SEQ ID NO：124）的氨基酸序列，其中n为至少一的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含具有式(GGS)n的氨基酸序列，其中n为至少一的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含选自、、、、和的氨基酸序列。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含选自本文呈现的交叉反应性抗Jagged抗体序列的抗体或抗体片段序列。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含Fab片段、scFv或单链抗体（scAb）。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，切割试剂是与Jagged靶共定位于主体或样品中的蛋白酶，并且所述CM是充当蛋白酶底物的多肽，其中当可活化抗Jagged抗体暴露于蛋白酶时，所述蛋白酶切割可活化抗Jagged抗体中的CM。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM是长度最高达15个氨基酸的多肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的N末端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的C末端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的VL链的N末端偶联。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，切割试剂是酶，并且CM是酶的底物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，酶是本文公开的蛋白酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，蛋白酶是本文公开的蛋白酶之一。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，蛋白酶选自uPA、豆荚蛋白、MT-SP1、ADAM17、BMP-1、TMPRSS3、TMPRSS4、MMP-9、MMP-12、MMP-13和MMP-14。在一些实施方案中，蛋白酶是组织蛋白酶。
根据本发明的药物组合物可以包括本发明的抗体和/或可活化抗体和载体。这些药物组合物可以包括在试剂盒例如诊断试剂盒中。
本领域技术人员应当理解本发明的抗体具有多种用途。例如，本发明的蛋白质用作治疗试剂，以预防多种病症中Jagged介导的通过Notch受体的信号传递活化。本发明的抗体还用作诊断试剂盒中的试剂或诊断工具，或者这些抗体可以用于竞争测定中以生成治疗试剂。
附图简述
图1是描述本文被称为抗Jagged 13和抗Jagged 32的抗Jagged抗体与人和小鼠Jagged 1以及人Jagged 2结合的图。
图2是描述抗Jagged 13和抗Jagged 32抑制Jagged 1与人Notch 1结合的能力的图。
图3是描述本文被称为4D11（在本文中也称为抗Jagged 4D11、抗Jagged 4D11抗体、4D11抗体、or抗体 4D11）的抗Jagged抗体抑制BxPC3异种移植肿瘤生长的能力的图。
图4是描述通过施用抗Jagged 4D11抗体的小鼠的重量减轻的图。
图5是描述施用抗Jagged 4D11抗体的小鼠中的TSLP血清浓度的图。
图6是描述抗Jagged 4D11抗体抑制BxPC3异种移植肿瘤生长超过接种后30天的能力的图。
图7是描述通过施用抗Jagged 4D11抗体的小鼠的重量减轻的图。
图8是描述抗Jagged 4D11抗体抑制与人骨髓共培养的多发性骨髓瘤细胞系RPMI 8226增殖的能力的图。
图9A、9B和9C是描述在TGFβ1的存在或不存在下，抗Jagged抗体对大鼠成纤维细胞细胞系NRK-49F的作用的一系列照片。图9A证实当在100 nM抗Jagged 4D11的存在下培养时，NRK-F49的培养物保留特征性单层。图9B证实在10 ng/mL TGFβ1的存在下培养的NRK-F49的特征性灶形成。图9C证实TGFβ1刺激的纤维化灶形成在用10 ng/mL TGFβ1处理的培养物中完全被100 nM抗Jagged 4D11抑制。
图10是描述在抗Jagged 4D11抗体和Fab片段的存在下，筛选随机肽文库的结果的一系列图解。筛选由一轮MACS和两轮FACS分选组成。来自第二轮FACS的阳性群体经验证为被重组Jagged蛋白质抑制与抗Jagged 4D11抗体和Fab结合。
图11是比较抗Jagged掩蔽部分JS4896的结合与亲和力成熟的抗Jagged掩蔽部分JS5340、JS5342、JS5347和JS5358的结合的图。
图12是描述MM 5342在体外结合ELISA中抑制可活化抗Jagged抗体和抗Jagged掩蔽抗体与Jagged靶结合的能力的一系列图。
图13是描述可活化抗Jagged抗体的蛋白酶解活化的照片和表。
图14是描述如抗Jagged抗体4D11（亲本抗体）一样，可活化抗Jagged抗体抑制小鼠中的BxPC-3异种移植肿瘤生长的图。该图标绘为肿瘤体积相对于初始剂量后的天数。
图15是描述施用可活化抗Jagged抗体、掩蔽抗体或亲本抗体的小鼠的重量减轻比较的图。
图16A是描述小鼠TSLP的血清水平的图，其中小鼠TSLP的血清水平在每个剂量前和来自每组的最后剂量后10天对于各只小鼠进行定量，并且随后求平均值。图16B描述抗Jagged抗体4D11和可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11的TSLP血清浓度的时间过程。
图17比较在施用可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11或抗Jagged抗体4D11的小鼠血清中，随着时间过去的平均人IgG水平。
图18是描述关于细胞表达标准化的与抗Jagged抗体4D11结合的图。
图19是可活化抗体的原位成像的示意性概述：1. 将组织切片放到载玻片上。2. 将载玻片用含有标记的可活化抗体的溶液覆盖且温育。3. 在充分洗涤后，显现可活化抗体的结合。
图20是描述如使用原位成像证实的，可活化的抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11被活化且结合BxPC3异种移植肿瘤组织的能力的一系列图像。可活化抗体用Alexa Fluor® 680进行标记，以产生标记的可活化抗体5342-1204-4D11-AF680和5342-PLGL-4D11-AF680，在本文中也分别被称为1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680。还测试的是标记的抗Jagged亲本抗体4D11-AF680。4D11-AF680（第1列，第1行）、1204-4D11-AF680（第2列，第1行）和PLGL-4D11-AF680（第3列，第1行）各自与冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织样品一起温育。第2行中的小图代表在4D11-AF680（第1列）、1204-4D11-AF680（第2列）和PLGL-4D11-AF680（第3列）与冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织一起温育后获得的荧光图像，所述冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织用广谱蛋白酶抑制剂混合物（cocktail）预处理。
图21是描述如通过人胰腺癌组织的原位成像证实的，可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11的活化的一系列图像。4D11-AF680（4D11）（第1列，第1行）、1204-4D11-AF680（1204）（第1列，第2行）和PLGL-4D11-AF680（PLGL）（第1列，第3行）各自与从患有胰腺癌的人患者中分离的冷冻的组织样品一起温育。第2、3和4列中的小图分别代表在4D11-AF680、1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680与冷冻的胰腺癌患者组织一起温育后获得的荧光图像，所述冷冻的胰腺癌患者组织用抗体A11（与也称为matriptase的MT-SP1蛋白酶的活性位点特异性结合的抗体）（第2列）；MMP抑制剂（图21，第3列）；或广谱蛋白酶抑制剂混合物（第4列）预处理。
图22是描述抗Jagged抗体的体内成像的图像和图。图22A是提供在BxPC3肿瘤异种移植物小鼠模型中，注射后48小时的标记的4D11抗体荧光信号表示的图像。图22B是显示抗体4D11剂量组的平均辐射效率的平均T/N比±SD的图。
图23是描述当单独或与另外的抗癌剂吉西他滨组合施用时，抗Jagged 4D11抗体抑制BxPC3异种移植物小鼠模型中的肿瘤生长的作用的图。
图24是描述BxPC3生长抑制曲线的图，显示下述的活性：活化（+uPA）和未活化的（未处理的或+PBS）可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物；活化和未活化的可活化抗Jagged抗体；以及抗Jagged和Rituxan抗体和抗体-试剂缀合物。
图25是描述抗Jagged抗体4D11-MMAE和可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11-MMAE两者比其未缀合的配对物更有效地抑制BxPC-3异种移植肿瘤生长的图。
图26是描述在用抗Jagged抗体4D11、抗Jagged抗体- MMAE、可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11或可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物5342-1204-4D11-MMAE给药的动物中观察到的重量减轻的图。
图27A-27C是描述公开内容的抗Jagged抗体以高亲和力和人/啮齿类动物交叉反应性结合Jagged 1和Jagged 2的一系列表和图。图27A中的表证实在抗Jagged克隆中的特异性的多样性。图27B中的表证实抗Jagged抗体4D11对于所有四种Jagged配体均具有高亲和力：人Jagged 1（hJAG1）、人Jagged 2（hJAG2）、大鼠Jagged 1（rJAG1）和大鼠Jagged 2（rJAG2）。图27C中的图证实公开内容的成熟抗Jagged Fab片段（上图）和公开内容的成熟IgG分子（下图）两者均抑制Notch信号传递。
图28是描述公开内容的抗Jagged抗体通过BxPC3胰腺细胞系的有效内在化的图，作为随着时间过去的内在化百分比标绘，特别与通过H292细胞系（人肺癌细胞系）的内在化相比较。内在化使用类似于Gostring L等人，2010，Int J Oncol 36，757-763中所述那种的方法加以证实。
图29是描述抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11与吉西他滨组合抑制BxPC-3异种移植肿瘤生长的图。
图30是描述用更高剂量的抗体和吉西他滨给药的动物显示显著重量减轻，但用可活化抗Jagged抗体和吉西他滨给药的动物未显示超过单独吉西他滨的那种的重量减轻的图。
图31是描述仅施用与吉西他滨组合的20 mg/kg抗Jagged抗体显示升高的血清mTSLP的图表。
图32是描述抗Jagged抗体4D11有效限制TRAMP小鼠中的前列腺肿瘤生长的图表。
图33是描述抗Jagged抗体4D11有力抑制Her2/neu转基因小鼠中的自发性肿瘤生长的图表。
图34是描述使用非标记（即，未标记）可活化抗体和二级试剂进行原位成像的可行性的一系列图像，所述二级试剂包含可检测标记且特异性结合可活化抗体的AB。
图35是描述非标记抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11被转基因前列腺癌模型（TRAMP）的肿瘤组织活化的一系列图像。
图36是描述抗体4D11、可活化抗体5342-1204-4D11）和MT-SP1活化抗体5342-1204-4D11与人Jagged 1结合的能力的图。
图37是描述抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11抑制H292异种移植肿瘤生长的图。
图38是描述可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11未显示TSLP中的升高，而施用以6.7和20 mg/kg的抗体的动物显示与IVIg处理组相比较增加的TSLP的图表。
图39是描述在抗体处理的组中观察到角化过度，而可活化抗体处理的组显示有限的角化过度或无角化过度的一系列图像。
详述
本发明描述了用于癌症诊断和治疗的新型组合物。具体地，本发明提供了结合Jagged 1和Jagged 2且抑制其与Notch受体的结合和通过Notch受体的信号传递的抗体。本发明提供了特异性结合Jagged 1和Jagged 2的单克隆抗体（即，交叉反应性单克隆抗体）。这些抗体在本文中统称为“抗Jagged抗体”。
将获益于Jagged抑制的适应症包括癌症。例如，适应症包括白血病，包括T细胞急性成淋巴细胞白血病（T-ALL），成淋巴细胞疾病包括多发性骨髓瘤，以及实体瘤包括肺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌，包括三阴性乳腺癌。另外，因为notch信号传递对于癌症干细胞的存活和生长是重要的，所以Jagged依赖性notch信号传递的抑制将影响干细胞生长和存活。例如，适应症包括骨疾病或不论原发性肿瘤起源的癌症转移；乳腺癌，包括作为非限制性实例的ER/PR+乳腺癌、Her2+乳腺癌、三阴性乳腺癌；结肠直肠癌；胃癌；成胶质细胞瘤；头颈癌；肺癌，例如作为非限制性实例的非小细胞肺癌；多发性骨髓瘤；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；肉瘤；肾癌，例如作为非限制性实例的肾细胞癌；和/或皮肤癌，例如作为非限制性实例的鳞状细胞癌、基底细胞癌、黑素瘤。
除癌症之外，Jagged依赖性notch信号传递对于上皮和成纤维细胞分化为肌成纤维细胞是关键的，所述肌成纤维细胞是在纤维化疾病发生中起关键作用的细胞。Jagged依赖性notch信号传递的抑制和因此肌成纤维细胞出现的抑制，将是肾、肝、肺和皮肤的纤维化疾病的有效治疗。例如，适应症包括纤维化病症，例如特发性肺纤维化（IPF）；肾纤维化疾病、肝纤维化疾病、腹膜透析诱导性纤维化和/或硬皮病。
其他合适的适应症包括例如病理状态例如听力丧失。
本发明的抗体以≤1 μM的平衡结合常数（Kd）与Jagged 1表位和/或Jagged 2表位结合。在一些实施方案中，本发明的抗体以≤ 100 nM、≤ 10 nM或≤ 1 nM的Kd与Jagged 1表位和/或Jagged 2表位结合。在一些实施方案中，本文提供的抗Jagged抗体显示出在大约≤ 1nM至约1pM范围内的Kd。在一些实施方案中，本发明的抗体以< 10-2、< 10-3、< 10-4或< 10-5的“解离速率常数”（Koff）与Jagged 1表位和/或Jagged 2表位结合。在一些实施方案中，本文提供的抗Jagged抗体显示出< 10-4的Koff。在一些实施方案中，本文提供的抗Jagged抗体显示出< 10-5的Koff。在一些实施方案中，本发明的抗体与Jagged 1和Jagged 2的EGF结构域结合。在一些实施方案中，本发明的抗体与Jagged 1和Jagged 2的DSL结构域结合。
本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗体作用于调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2的生物活性。Jagged 1和/或Jagged 2的生物活性包括例如通过一种或多种Notch受体的信号传递。例如，抗Jagged抗体通过部分或完全调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2与一种或多种Notch受体的结合，或者以其他方式部分或完全调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和Jagged 1和/或Jagged 2介导的信号传递活性，而完全或部分抑制Jagged 1和/或Jagged 2生物活性。
当与在不存在本文描述的抗Jagged抗体的情况下的活性水平相比较，在抗Jagged抗体的存在下的Jagged 1和/或Jagged 2活性水平减少至少95%，例如96%、97%、98%、99%或100%时，抗Jagged抗体被视为完全调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2生物活性。当与在不存在本文描述的抗Jagged抗体的情况下的活性水平相比较，在抗Jagged抗体的存在下的Jagged 1和/或Jagged 2活性水平减少小于95%，例如10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、75%、80%、85%或90%时，抗Jagged抗体被视为部分调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2活性。Jagged活性的实例包括但不限于细胞分裂和分化、细胞存活/细胞凋亡、上皮-间充质转变（EMT）和侵入、血管发生、癌症干细胞的自我更新和溶骨性骨损伤。虽然不受理论束缚，但认为Jagged在血管发生中的作用不同于VEGF的作用。
定义
除非另有定义，否则与本发明结合使用的科学和技术术语应具有由本领域普通技术人员通常理解的含义。进一步地，除非上下文另有要求，否则单数术语应包括复数，并且复数术语应包括单数。一般地，与本文描述的细胞和组织培养、分子生物学和蛋白质以及寡核苷酸或多核苷酸化学和杂交结合利用的命名法和技术是本领域众所周知和通常使用的那些。标准技术用于重组DNA、寡核苷酸合成以及组织培养和转化（例如电穿孔、脂转染）。酶促反应和纯化技术根据制造商的说明书或如本领域通常完成或如本文描述的执行。前述技术和操作一般根据本领域众所周知的常规方法以及如多种一般和更具体的参考文献中描述的执行，所述参考文献在本说明书自始至终被引用且讨论。参见例如Sambrook等人Molecular Cloning：A Laboratory Manual（第2版，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.（1989））。与本文描述的分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学结合利用的命名法以及实验室操作和技术是本领域众所周知和通常使用的那些。标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送以及患者治疗。
如依照本公开内容利用的，除非另有说明，否则下述术语应理解为具有下述含义：
如本文使用的，术语“抗体”指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白（Ig）分子的免疫活性部分，即含有特异性结合（与之免疫反应）抗原的抗原结合位点的分子。“特异性结合”或“与之免疫反应”或“免疫特异性结合”意指抗体与所需抗原的一个或多个抗原决定簇反应，并且不与其他多肽反应或以低得多的亲和力（Kd > 10-6）结合。抗体包括但不限于多克隆、单克隆、嵌合、结构域抗体、单链、Fab和F(ab')2片段、scFv和Fab表达文库。
基本抗体结构单位已知包含四聚体。每个四聚体由两对相同的多肽链构成，每对具有一条“轻”链（约25 kDa）和一条“重”链（约50-70 kDa）。每条链的氨基末端部分包括主要负责抗原识别的约100至110个或更多个氨基酸的可变区。每条链的羧基末端部分限定主要负责效应子功能的恒定区。一般而言，得自人的抗体分子涉及类别IgG、IgM、IgA、IgE和IgD中的任一个，其通过分子中存在的重链的性质而彼此不同。某些类别还具有亚类，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4及其他。此外，在人中，轻链可以是κ链或λ链。
如本文使用的，术语“单克隆抗体”（mAb）或“单克隆抗体组合物”指仅含有一个分子种类的抗体分子的抗体分子群体，所述抗体分子由独特的轻链基因产物和独特的重链基因产物组成。特别地，单克隆抗体的互补决定区（CDR）在群体的所有分子均为相同的。MAb含有能够与抗原的特定表位免疫反应的抗原结合位点，所述抗原的特征在于对于其独特的结合亲和力。
术语“抗原结合位点”或“结合部分”指参与抗原结合的免疫球蛋白分子的部分。抗原结合位点通过重（“H”）和轻（“L”）链的N末端可变（“V”）区的氨基酸残基形成。在重和轻链的V区内的三个高度趋异的段被称为“高变区”，插入称为“构架区”或“FR”的更保守的侧翼段之间。因此，术语“FR”指在免疫球蛋白的高变区之间和在其附近天然发现的氨基酸序列。在抗体分子中，轻链的三个高变区和重链的三个高变区在三维空间中相对于彼此设置，以形成抗原结合表面。抗原结合表面与结合抗原的三维表面互补，并且重和轻链各自的三个高变区被称为“互补决定区”或“CDR”。氨基酸对每个结构域的指定依照Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest（National Institutes of Health，Bethesda，Md.（1987和1991））或Chothia & Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917（1987），Chothia等人Nature 342:878-883（1989）的定义。
如本文使用的，术语“表位”包括能够与免疫球蛋白、scFv或T细胞受体特异性结合的任何蛋白质决定簇。术语“表位”包括能够与免疫球蛋白或T细胞受体特异性结合的任何蛋白质决定簇。表位决定簇通常由分子的化学活性表面分组例如氨基酸或糖侧链组成，并且通常具有特异性三维结构特征，以及比电荷特征。例如，抗体可以针对多肽的N末端或C末端肽产生。当解离常数为≤ 1 μM；例如在一些实施方案中，≤ 100 nM，并且在一些实施方案中，≤ 10 nM时，抗体被说成特异性结合抗原。
如本文使用的，术语“特异性结合”、“免疫结合”和“免疫结合特性”指在免疫球蛋白分子和免疫球蛋白对于其特异性的抗原之间发生的非共价相互作用类型。免疫结合相互作用的强度或亲和力可以以相互作用的解离常数（Kd）的方式表达，其中更小的Kd代表更大的亲和力。所选多肽的免疫结合特性可以使用本领域众所周知的方法进行定量。一种此类方法允许测量抗原结合位点/抗原复合物形成和解离的速率，其中这些速率取决于复合物配偶体的浓度、相互作用的亲和力和相等地影响两个方向中的速率的几何参数。因此，“结合速率常数（on rate constant）”（Kon）和“解离速率常数”（Koff）可以通过计算浓度以及实际结合和解离速率进行确定。（参见Nature 361:186-87（1993））。Koff /Kon的比允许删去与亲和力无关的所有参数，并且等于解离常数Kd。（一般参见Davies等人（1990）Annual Rev Biochem 59:439-473）。当如通过测定例如放射性配体结合测定或本领域技术人员已知的相似测定测量的，平衡结合常数（Kd）为≤ 1 μM，例如在一些实施方案中，≤ 100 nM，在一些实施方案中，≤ 10 nM，并且在一些实施方案中，≤ 100 pM至约1 pM时，本发明的抗体被说成特异性结合EGFR。
如本文使用的，术语“分离的多核苷酸”应意指基因组、cDNA或合成起源或其一些组合的多核苷酸，由于其起源，“分离的多核苷酸”（1）不与“分离的多核苷酸”在自然界中在其中发现的多核苷酸的全部或部分结合，（2）与它在自然界中不与之连接的多核苷酸可操作地连接，或（3）在自然界中不作为更大序列的一部分存在。依照本发明的多核苷酸包括编码本文显示的重链免疫球蛋白分子的核酸分子，和编码本文显示的轻链免疫球蛋白分子的核酸分子。
本文提及的术语“分离的蛋白质”意指cDNA、重组RNA或合成起源或其一些组合的蛋白质，由于其起源或衍生来源，“分离的蛋白质”（1）不与自然界中发现的蛋白质结合，（2）不含来自相同来源的其他蛋白质，例如不含鼠蛋白质，（3）通过来自不同物种的细胞表达，或（4）在自然界中不存在。
术语“多肽”在本文中用作一般术语，以指天然蛋白质、多肽序列的片段或类似物。因此，天然蛋白质片段和类似物是多肽类别(genus)的种类。依照本发明的多肽包含本文显示的重链免疫球蛋白分子，和本文显示的轻链免疫球蛋白分子，以及通过包含重链免疫球蛋白分子与轻链免疫球蛋白分子的组合形成的抗体分子，例如κ轻链免疫球蛋白分子，并且反之亦然，以及其片段和类似物。
如本文当应用于物体时使用的术语“天然存在的”指物体可以在自然界中发现的事实。例如，其存在于生物（包括病毒）中，可以从自然界中的来源中分离并且未在实验室中有意地人为或以其他方式修饰的多肽或多核苷酸序列是天然存在的。
如本文使用的术语“可操作地连接的”指如此描述的组分的位置处于允许它们以其预期方式起作用的关系中。与编码序列“可操作地连接的”控制序列以这样的方式连接，使得编码序列的表达在与控制序列相容的条件下实现。
如本文使用的术语“控制序列”指实现它们与之连接的编码序列的表达和加工所需的多核苷酸序列。此类控制序列的性质取决于宿主生物而不同，在原核生物中，此类控制序列一般包括启动子、核糖体结合位点和转录终止序列，在真核生物中，一般地，此类控制序列包括启动子和转录终止序列。术语“控制序列”意欲包括最低限度地其存在对于表达和加工是必需的所有组分，并且还可以包括其存在是有利的另外组分，例如前导序列和融合配偶体序列。如本文提及的术语“多核苷酸”意指长度至少10个碱基的核苷酸，核糖核苷酸或脱氧核苷酸或经修饰形式的任一类型的核苷酸。该术语包括单链和双链形式的DNA。
本文提及的术语寡核苷酸包括通过天然存在和非天然存在的寡核苷酸键连接在一起的天然存在以及经修饰的核苷酸。寡核苷酸是一般包含200个或更少碱基的长度的多核苷酸子集。在一些实施方案中，寡核苷酸长度为10至60个碱基，例如在一些实施方案中，长度12、13、14、15、16、17、18、19或20至40个碱基。寡核苷酸通常为单链的，例如用于探针，尽管寡核苷酸也可以是双链的，例如用于构建基因突变体。本发明的寡核苷酸是有义或反义寡核苷酸。
本文提及的术语“天然存在的核苷酸”包括脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。本文提及的术语“经修饰的核苷酸”包括具有经修饰的或取代的糖基团等等的核苷酸。本文提及的术语“寡核苷酸键”包括诸如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯（phosphoroselerloate）、二硒代磷酸酯、苯胺基硫代磷酸酯（phosphoroanilothioate）、苯胺基磷酸酯（phoshoraniladate）、氨基磷酸酯（phosphoronmidate）等等的寡核苷酸键。参见例如LaPlanche等人Nucl. Acids Res. 14:9081（1986）；Stec等人J. Am. Chem. Soc. 106:6077（1984），Stein等人Nucl. Acids Res. 16:3209（1988），Zon等人Anti Cancer Drug Design 6:539（1991）；Zon等人Oligonucleotides and Analogues：A Practical Approach，第87-108页（F. Eckstein，编辑，Oxford University Press，Oxford England（1991））；Stec等人美国专利号5,151,510；Uhlmann和Peyman Chemical Reviews 90:543（1990）。需要时，寡核苷酸可以包括检测标记。
如本文使用的，二十种常规氨基酸及其缩写遵循常规用法。参见Immunology - A Synthesis（第2版，E.S. Golub和D.R. Gren，编辑，Sinauer Associates，Sunderland7 Mass.（1991））。二十种常规氨基酸的立体异构体（例如D-氨基酸）、非天然氨基酸例如α-，α-二取代氨基酸、N-烷基氨基酸、乳酸及其他非常规氨基酸也可以是本发明多肽的合适组分。非常规氨基酸的实例包括：4羟脯氨酸、γ-羧基谷氨酸、ε-N,N,N-三甲基赖氨酸、ε-N-乙酰赖氨酸、O-磷酸丝氨酸、N-乙酰丝氨酸、N-甲酰甲硫氨酸、3-甲基组氨酸、5-羟赖氨酸、σ-N-甲基精氨酸、以及其他类似的氨基酸和亚氨基酸（例如，4-羟脯氨酸）。在本文使用的多肽符号中，依照标准用法和常规，左手方向是氨基末端方向，并且右手方向是羧基末端方向。
类似地，除非另有说明，否则单链多核苷酸序列的左手端是5'端，双链多核苷酸序列的左手方向被称为5'方向。新生RNA转录物的5'至3'添加的方向被称为转录方向。在具有与RNA相同的序列的DNA链上并且对于RNA转录物的5'端为5'的序列区被称为“上游序列”，在具有与RNA相同的序列的DNA链上并且对于RNA转录物的3'端为3'的序列区被称为“下游序列”。
当应用于多肽时，术语“基本同一性”意指当例如通过程序GAP或BESTFIT使用缺省缺口权优化比对时，两个多肽序列共享至少80百分比序列同一性，例如在一些实施方案中，至少90百分比序列同一性，在一些实施方案中，至少95百分比序列同一性，并且在一些实施方案中，至少99百分比序列同一性。
在一些实施方案中，并不相同的残基位置通过保守氨基酸取代而不同。
如本文讨论的，抗体或免疫球蛋白分子的氨基酸序列中的较小变异视为由本发明涵盖，条件是氨基酸序列中的变异维持至少75%，例如在一些实施方案中，至少80%、90%、95%，并且在一些实施方案中，99%。特别地，考虑保守氨基酸替换。保守替换是在其侧链中相关的氨基酸家族内发生的那些。遗传编码的氨基酸一般分成下述家族：（1）酸性氨基酸为天冬氨酸、谷氨酸；（2）碱性氨基酸为赖氨酸、精氨酸、组氨酸；（3）非极性氨基酸为丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸、并且（4）无电荷极性氨基酸为甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。亲水性氨基酸包括精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、组氨酸、赖氨酸、丝氨酸和苏氨酸。疏水性氨基酸包括丙氨酸、半胱氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸、酪氨酸和缬氨酸。其他氨基酸家族包括（i）丝氨酸和苏氨酸，其为脂肪族-羟基家族；（ii）天冬酰胺和谷氨酰胺，其为含酰胺家族；（iii）丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸，其为脂肪族家族；和（iv）苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸，其为芳香族家族。例如，预期亮氨酸由异亮氨酸或缬氨酸、天冬氨酸由谷氨酸、苏氨酸由丝氨酸的分开替换是合理的，或氨基酸由结构相关氨基酸的相似替换对所得到的分子的结合或特性没有主要作用，尤其当替换不涉及在构架位点内的氨基酸时。氨基酸变化是否导致功能肽可以通过测定多肽衍生物的比活性而容易地确定。测定在本文中详细描述。抗体或免疫球蛋白分子的片段或类似物可以通过本领域普通技术人员容易地制备。在一些实施方案中，片段或类似物的氨基和羧基末端接近功能结构域的边界出现。结构和功能结构域可以通过比较核苷酸和/或氨基酸序列数据与公开或有专利权的序列数据库进行鉴定。计算机化的比较方法用于鉴定在具有已知结构和/或功能的其他蛋白质中出现的序列基序或预测的蛋白质构象结构域。鉴定折叠成已知三维结构的蛋白质序列的方法是已知的。Bowie等人Science 253:164（1991）。因此，前述实例证实本领域技术人员可以识别序列基序和结构构象，其可以用于限定依照本发明的结构和功能结构域。
在一些实施方案中，氨基酸取代是这样的取代，其：（1）降低对蛋白酶解的敏感性，（2）降低对氧化的敏感性，（3）改变形成蛋白质复合物的结合亲和力，（4）改变结合亲和力，和（5）赋予或修饰此类类似物的其他物理化学或功能特性。类似物可以包括除天然存在的肽序列外的序列的多种突变蛋白。例如，单个或多个氨基酸取代（例如保守氨基酸取代）可以在天然存在的序列中（例如在形成分子间接触的一个或多个结构域外部的多肽部分中）制备。保守氨基酸取代不应基本上改变亲本序列的结构特征（例如替换氨基酸不应趋于破坏在亲本序列中存在的螺旋，或破坏表征亲本序列的其他类型的二级结构）。领域公认的多肽二级和三级结构的实例在Proteins，Structures and Molecular Principles（Creighton，编辑，W. H. Freeman and Company，New York（1984））；Introduction to Protein Structure（C. Branden和J. Tooze，编辑，Garland Publishing，New York，N.Y.（1991））；和Thornton等人Nature 354:105（1991）中描述。
如本文使用的术语“多肽片段”指这样的多肽，其具有氨基末端和/或羧基末端缺失和/或一个或多个内部缺失，但其中剩余氨基酸序列等同于例如由全长cDNA序列推导的天然存在的序列中的相应位置。片段通常长至少5、6、8或10个氨基酸，例如在一些实施方案中，长至少14个氨基酸，在一些实施方案中，长至少20个氨基酸，通常长至少50个氨基酸，并且在一些实施方案中，长至少70个氨基酸。如本文使用的术语“类似物”指包含至少25个氨基酸的区段的多肽，所述区段与推导的氨基酸序列的部分具有基本同一性，并且在合适的结合条件下，具有与EGFR的特异性结合。通常，多肽类似物包含就天然存在的序列而言的保守氨基酸取代（或添加或缺失）。类似物通常长至少20个氨基酸，例如在一些实施方案中，长至少50个氨基酸或更长，并且通常可以与全长天然存在的多肽一样长。
术语“试剂”在本文中用于指示化合物、化合物的混合物、生物大分子或由生物材料制备的提取物。
如本文使用的，术语“标记”或“标记的”指例如通过掺入放射性标记的氨基酸或连接至生物素基部分的多肽而掺入可检测标记物，所述生物素基部分可以通过标记的抗生物素蛋白（例如含有可以通过光学或量热法检测的荧光标记物或酶促活性的链霉抗生物素蛋白）来检测。在某些情况下，标记或标记物还可以是治疗剂。多种标记多肽和糖蛋白的方法是本领域已知且可以使用的。多肽标记的实例包括但不限于下述：放射性同位素或放射性核素（例如3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I）、荧光标记（例如荧光团、罗丹明、镧系磷光体）、酶促标记（例如辣根过氧化物酶、对半乳糖苷酶、萤光素酶、碱性磷酸酶）、化学发光、生物素基团、由二级报道分子（例如亮氨酸拉链对序列、二级抗体的结合位点、金属结合结构域、表位标签）识别的预定多肽表位。在一些实施方案中，标记通过多种长度的间隔臂连接，以降低潜在的立体阻碍。如本文使用的术语“药物试剂或药物”指当适当施用于患者时，能够诱导所需治疗效应的化合物或组合物。
本文的其他化学术语根据本领域的常规用法使用，如通过McGraw-Hill Dictionary of Chemical Terms（Parker，S.，编辑，McGraw-Hill，San Francisco（1985））例示的。
如本文使用的，“基本上纯的”意指目的种类是存在的占优势种类（即，在摩尔基础上，它比组合物中的任何其他各个种类更丰富），并且基本上纯化的级分是其中目的种类包含存在的所有大分子种类的至少约50百分比（在摩尔基础上）的组合物。
一般地，基本上纯的组合物包含组合物中存在的所有大分子种类的多于约80百分比，例如在一些实施方案中，多于约85%、90%、95%和99%。在一些实施方案中，目的种类纯化至基本同质性（污染种类通过常规检测方法在组合物中无法检测到），其中组合物基本上由单一大分子种类组成。
术语患者包括人和兽医学主体。
将获益于Jagged抑制的适应症包括白血病，包括T细胞急性成淋巴细胞白血病（T-ALL），成淋巴细胞疾病包括多发性骨髓瘤，以及实体瘤包括肺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌，包括三阴性乳腺癌。另外，因为notch信号传递对于癌症干细胞的存活和生长是重要的，所以Jagged依赖性notch信号传递的抑制将影响干细胞生长和存活。除癌症之外，Jagged依赖性notch信号传递对于上皮和成纤维细胞分化为肌成纤维细胞是关键的，所述肌成纤维细胞是在纤维化疾病发生中起关键作用的细胞。Jagged依赖性notch信号传递的抑制和因此肌成纤维细胞出现的抑制，将是肾、肝、肺和皮肤的纤维化疾病的有效治疗。
抗 Jagged 抗体和可活化抗 Jagged 抗体
本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体具有抑制Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递的能力。抑制使用多种领域公认技术中的任一种包括在本文提供的实施例中所述的测定进行确定。
本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体另外包括例如重链互补决定区（VH CDR）和轻链互补决定区（VL CDR）的组合。此类CDR的实例显示于下表2中，或是本文公开的抗体的CDR，包括但不限于表3和表4中的那些。在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。在一些实施方案中，本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，所述序列与选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的示例性抗体和/或可活化抗体包括例如4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体及其变体。这些抗体显示对于人Jagged 1和Jagged 2的特异性，并且它们已显示抑制人Jagged 1和/或人Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递。这些抗体包括重链可变区（VH）和轻链可变区（VL）的组合，如表4中列出的氨基酸和相应核酸序列中所示以及实施例5中所示。
在本发明中还包括的是结合与本文描述的抗体相同的表位的抗体和/或可活化抗体。例如，本发明的抗体和/或可活化抗体与人Jagged 1特异性结合，其中所述抗体结合包括在人Jagged 1上的一个或多个氨基酸残基的表位（例如在登记号AAC52020.1；AAB84053.1；NP_000205.1；P78504.3；AAB39007.1；EAX10341.1；AAI26208.1；AAI26206.1；AAH98393.1；CAC07198.1和/或BAG35596.1中所示）。本发明的抗体和/或可活化抗体与人Jagged 2特异性结合，其中所述抗体结合包括在人Jagged 2上的一个或多个氨基酸残基的表位（参见例如登记号AAB61285、AAB71189.1、EAW81901.1、NP_002217.3和/或Q9Y219.3）。本发明的抗体特异性结合人Jagged 1和人Jagged 2，其中所述抗体结合包括在人Jagged 1上的一个或多个氨基酸残基的表位和包括在人Jagged 2上的一个或多个氨基酸残基的表位。
本领域技术人员将认识到无需过度实验，能够通过查明单克隆抗体（例如全人单克隆抗体）和/或可活化抗体是否阻止本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体（例如4D11、4B2、4E7、4E11、6B7和/或6F8抗体和包括这些抗体的可活化抗体）与Jagged 1、Jagged 2或Jagged 1和Jagged 2两者结合，确定前者是否具有与后者相同或相似的特异性。如果如通过本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体的结合中的减少所示，待测试的单克隆抗体和/或可活化抗体与本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体竞争，则两种单克隆抗体和/或可活化抗体与相同或紧密相关表位结合。
用于确定单克隆抗体和/或可活化抗体是否具有本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体的特异性的一个实施方案是使本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体与可溶性Jagged 1和/或Jagged 2蛋白质（它通常与之反应）一起预温育，并且随后加入待测试的单克隆抗体和/或可活化抗体，以确定待测试的单克隆抗体和/或可活化抗体在其结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力方面是否被抑制。如果待测试的单克隆抗体和/或可活化抗体被抑制，则在所有可能性中，它具有与本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体相同或功能等价的表位特异性。
本发明的单克隆抗体和/或可活化抗体的筛选还可以例如通过下述进行：测量Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递，并且确定测试单克隆抗体是否能够调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递。Jagged活性的实例包括但不限于细胞分裂和分化、细胞存活/细胞凋亡、上皮-间充质转变（EMT）和侵入、血管发生、癌症干细胞的自我更新和溶骨性骨损伤。测量此类活性的方法是本领域技术人员已知的。
在本领域内已知的多种操作可以用于产生针对人Jagged 1和/或人Jagged 2，或者针对其衍生物、片段、类似物、同源物或直向同源物的单克隆抗体。（参见例如通过引用并入本文的Antibodies：A Laboratory Manual，Harlow E，and Lane D，1988，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY）。全人抗体是其中轻链和重链包括CDR的整个序列产生于人基因的抗体分子。此类抗体在本文中被称为“人抗体”或“全人抗体”。人单克隆抗体例如使用下文提供的实施例中所述的操作进行制备。人单克隆抗体还可以通过使用下述进行技术制备：三源杂交瘤技术；人B细胞杂交瘤技术（参见Kozbor,等人，1983 Immunol Today 4：72）；和EBV杂交瘤技术，以产生人单克隆抗体（参见Cole,等人，1985 In：Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy，Alan R. Liss，Inc.，第77-96页）。人单克隆抗体可以利用且可以通过使用人杂交瘤（参见Cote,等人，1983. Proc Natl Acad Sci USA 80：2026-2030）或通过在体外用EB病毒转化人B细胞（参见Cole,等人，1985 In：Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy，Alan R. Liss，Inc.，第77-96页）来产生。
抗体通过众所周知的技术进行纯化，所述技术例如使用蛋白A或蛋白G的亲和色谱法，其主要提供免疫血清的IgG级分。随后或可替代地，其为免疫球蛋白寻求的靶的特异性抗原或其表位可以固定到柱上，以通过免疫亲和色谱法纯化免疫特异性抗体。免疫球蛋白的纯化例如通过D. Wilkinson（The Scientist，由The Scientist，Inc.出版，Philadelphia PA，第14卷，No. 8（2000年4月17日），第25-28页）讨论。
本发明的抗体是单克隆抗体。例如通过用Jagged 1和/或Jagged 2例如鼠、大鼠或人Jagged 1和/或Jagged 2或其免疫原性片段、衍生物或变体免疫动物，来生成调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递的单克隆抗体。可替代地，用含有编码Jagged 1和/或Jagged 2的核酸分子的载体转染的细胞免疫动物，使得Jagged 1和/或Jagged 2被表达且与转染细胞的表面结合。可替代地，通过筛选文库获得抗体，所述文库含有与Jagged 1和/或Jagged 2结合的抗体或抗原结合结构域序列。该文库例如在细菌噬菌体中作为与细菌噬菌体外壳蛋白的蛋白质或肽融合物进行制备，所述细菌噬菌体外壳蛋白在装配的噬菌体颗粒的表面上表达，并且编码DNA序列包含在噬菌体颗粒内（即，“噬菌体展示文库”）。产生于骨髓瘤/B细胞融合物的杂交瘤随后就与Jagged 1和Jagged 2的反应性进行筛选。
单克隆抗体例如使用杂交瘤方法进行制备，所述杂交瘤方法例如由Kohler和Milstein，Nature，256:495（1975）描述的那些。在杂交瘤方法中，小鼠、仓鼠或其他适当的宿主动物通常用免疫试剂进行免疫，以引发产生或能够产生抗体的淋巴细胞，所述抗体与免疫试剂特异性结合。可替代地，淋巴细胞可以在体外进行免疫。
免疫试剂通常包括蛋白质抗原、其片段或其融合蛋白。一般地，如果需要人起源的细胞，则使用外周血淋巴细胞，或如果需要非人哺乳动物来源，则使用脾细胞或淋巴结细胞。随后使用合适的融合试剂例如聚乙二醇，使淋巴细胞与永生化细胞系融合，以形成杂交瘤细胞（Goding，Monoclonal Antibodies ： Principles and Practice，Academic Press,（1986）第59-103页）。永生化细胞系通常是经转化的哺乳动物细胞，特别是具有啮齿类动物、牛和人起源的骨髓瘤细胞。通常，采用大鼠或小鼠骨髓瘤细胞系。杂交瘤细胞可以在合适的培养基中进行培养，在一些实施方案中，所述培养基含有抑制未融合的永生化细胞生长或存活的一种或多种物质。例如，如果亲本细胞缺乏次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶（HGPRT或HPRT），则用于杂交瘤的培养基通常包括次黄嘌呤、氨基蝶呤和胸苷（“HAT培养基”），所述物质阻止HGPRT缺乏细胞的生长。
在一些实施方案中，永生化细胞系是高效融合，支持抗体通过所选抗体产生细胞的稳定高水平表达，并且对培养基例如HAT培养基敏感的那些。在一些实施方案中，永生化细胞系是鼠骨髓瘤系，其例如可以得自Salk Institute Cell Distribution Center，San Diego，California和美国典型培养物保藏中心，Manassas，Virginia。人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤(heteromyeloma)细胞系也已描述用于产生单克隆抗体。（参见Kozbor，J. Immunol.，133:3001（1984）；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications，Marcel Dekker，Inc.，New York,（1987）第51-63页））。
杂交瘤细胞在其中培养的培养基随后可以针对抗原的单克隆抗体的存在测定。通过杂交瘤细胞产生的单克隆抗体的结合特异性通过免疫沉淀或体外结合测定进行确定，所述体外结合测定例如放射性免疫测定（RIA）或酶联免疫吸附测定（ELISA）。此类技术和测定是本领域已知的。单克隆抗体的结合亲和力可以例如通过Munson和Pollard，Anal. Biochem.，107:220（1980）的Scatchard分析进行确定。此外，在单克隆抗体的治疗应用中，重要的是鉴定对于靶抗原具有高度特异性和高结合亲和力的抗体。
在鉴定所需杂交瘤细胞后，克隆可以通过有限稀释操作进行亚克隆且通过标准方法进行生长。（参见Goding，Monoclonal Antibodies ： Principles and Practice，Academic Press,（1986）第59-103页）。用于该目的的合适培养基包括例如达尔贝科改良伊格尔培养基和RPMI-1640培养基。可替代地，杂交瘤细胞可以在体内作为哺乳动物中的腹水进行生长。
通过亚克隆分泌的单克隆抗体可以通过常规免疫球蛋白纯化操作从培养基或腹水液中分离或纯化，所述常规免疫球蛋白纯化操作例如蛋白A-琼脂糖、羟磷灰石色谱法、凝胶电泳、透析或亲和色谱法。
还可以通过重组DNA方法例如美国专利号4,816,567中所示的那些，制备单克隆抗体。编码本发明的单克隆抗体的DNA可以使用常规操作（例如通过使用能够与编码鼠抗体的重和轻链的基因特异性结合的寡核苷酸探针）容易地分离且测序。一旦分离，DNA就可以置于表达载体内，所述表达载体随后转染到宿主细胞例如猴COS细胞、中国仓鼠卵巢（CHO）细胞或骨髓瘤细胞内，所述细胞否则不产生免疫球蛋白，以获得在重组宿主细胞中的单克隆抗体合成。对于从鼠杂交瘤中分离的抗体，DNA还可以例如通过用人重和轻链恒定结构域的编码序列代替同源鼠序列进行修饰（参见美国专利号4,816,567；Morrison，Nature 368，812-13（1994））。抗体编码DNA可以与免疫球蛋白编码序列、非免疫球蛋白多肽的编码序列的全部或部分共价连接。此类非免疫球蛋白多肽可以取代本发明抗体的恒定结构域，或可以取代本发明抗体的一个抗体组合位点的可变结构域，以制备嵌合二价抗体。
人抗体和抗体的人源化
本发明的单克隆抗体包括全人抗体或人源化抗体。这些抗体适合施用于人，而不引起由人针对施用的免疫球蛋白的免疫应答。
抗Jagged抗体例如使用下文提供的实施例中所述的操作来生成。
在一些方法中，例如使用噬菌体展示方法使用仅含有人序列的抗体开发抗Jagged抗体。此类方法是本领域众所周知的，例如在通过引用在此并入的WO92/01047和美国专利号6,521,404中。在该方法中，使用Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者或其片段的天然或重组来源，筛选携带随机轻和重链对的噬菌体的组合文库。在另一种方法中，抗Jagged抗体可以通过这样的过程产生，其中该过程的至少一个步骤包括用人Jagged 1蛋白质、Jagged 2蛋白质或Jagged 1和Jagged 2蛋白质两者免疫转基因非人动物。在该方法中，该异种非人动物的内源重和/或κ轻链基因座中的一些已丧失能力，并且不能进行生成编码响应抗原的免疫球蛋白的基因所需的重排。另外，至少一个人重链基因座和至少一个人轻链基因座已稳定转染到动物内。因此，响应施用的抗原，人基因座重排以提供编码对于该抗原免疫特异性的人可变区的基因。因此，在免疫后，异种小鼠(xenomouse)产生分泌全人免疫球蛋白的B细胞。
用于产生异种非人动物的多种技术是本领域众所周知的。例如，参见通过引用在此整体并入的美国专利号6,075,181和6,150,584。如1994年公开的，该一般策略与第一XenoMouseTM品系的生成结合得到证实。参见通过引用在此整体并入的Green等人Nature Genetics 7:13-21（1994）。还参见美国专利号6,162,963、6,150,584、6,114,598、6,075,181和5,939,598，以及日本专利号3 068 180 B2、3 068 506 B2和3 068 507 B2和欧洲专利号EP 0 463 151 B1，以及国际专利申请号WO 94/02602、WO 96/34096、WO 98/24893、WO 00/76310及相关家族成员。
在可替代方法中，其他人已利用“微基因座”方法，其中外源Ig基因座通过包括来自Ig基因座的小片（单个基因）进行模拟。因此，一种或多种VH基因、一种或多种DH基因、一种或多种JH基因、μ恒定区和第二恒定区（例如γ恒定区）形成为构建体用于插入动物内。参见例如美国专利号5,545,806；5,545,807；5,591,669；5,612,205；5,625,825；5,625,126；5,633,425；5,643,763；5,661,016；5,721,367；5,770,429；5,789,215； 5,789,650；5,814,318；5,877；397；5,874,299；6,023,010；和6,255,458；和欧洲专利号0 546 073 B1；以及国际专利申请号WO 92/03918、WO 92/22645、WO 92/22647、WO 92/22670、WO 93/12227、WO 94/00569、WO 94/25585、WO 96/14436、WO 97/13852和WO 98/24884及相关家族成员。
由小鼠生成人抗体已也得到证实，在所述小鼠中，通过微细胞融合，已引入大片染色体或整个染色体。参见欧洲专利申请号773 288和843 961。
人抗小鼠抗体（HAMA）应答已导致工业制备嵌合或以其他方式人源化的抗体。当嵌合抗体具有人恒定区和鼠可变区时，预期特别在抗体的慢性或多剂量利用中观察到某些人抗嵌合抗体（HACA）应答。因此，将期望提供针对Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的全人抗体，以便抵消或以其他方式减轻HAMA或HACA应答的关注和/或效应。
免疫原性降低的抗体的产生也经由人源化、嵌合和展示技术使用合适文库来完成。应当理解鼠抗体或来自其他物种的抗体可以使用本领域众所周知的技术进行人源化或灵长类源(primatized)化。参见例如Winter和Harris Immunol Today 14:43 46（1993）和Wright等人Crit，Reviews in Immunol. 12125-168（1992）。目的抗体可以通过重组DNA技术进行改造，以用相应人序列取代CH1、CH2、CH3、铰链结构域和/或构架结构域（参见WO 92102190和美国专利号5,530,101、5,585,089、5,693,761、5,693,792、5,714,350和5,777,085）。另外，使用Ig cDNA构建嵌合免疫球蛋白基因是本领域已知的（Liu等人P.N.A.S. 84:3439（1987）和J. Immunol. 139:3521（1987））。mRNA从杂交瘤或其他产生抗体的细胞中分离且用于产生cDNA。目的cDNA可以通过聚合酶链反应使用特异性引物进行扩增（美国专利号4,683，195和4,683,202）。可替代地，制备且筛选文库以分离目的序列。随后使编码抗体可变区的DNA序列与人恒定区序列融合。人恒定区基因的序列可以在Kabat等人（1991）Sequences of Proteins of immunological Interest，N.I.H.公开号91-3242中找到。人C区基因由已知克隆容易获得。同种型的选择将通过所需效应子功能指导，所述效应子功能例如补体固定或抗体依赖性细胞的细胞毒性中的活性。合适的同种型是IgG1、IgG3和IgG4。可以使用人轻链恒定区中的任一，κ或λ。嵌合抗体随后通过常规方法进行表达。
抗体片段例如Fv、F(ab')2和Fab可以通过例如通过蛋白酶或化学切割来切割完整蛋白质进行制备。可替代地，设计截短的基因。例如，编码F(ab’)2片段的部分的嵌合基因将包括编码H链的CH1结构域和铰链区的DNA序列，随后为翻译终止密码子，以获得截短的分子。
H和L J区的共有序列可以用于设计用作引物的寡核苷酸，以将有用的限制位点引入J区内，用于V区区段与人C区区段的后续键合。C区cDNA可以通过定点诱变进行修饰，以将限制位点置于人序列中的类似位置处。
表达载体包括质粒、逆转录病毒、YAC、EBV衍生的附加体等等。方便的载体是编码功能完全的人CH或CL免疫球蛋白序列的载体，其中适当的限制位点如此改造，使得任何VH或VL序列可以容易地插入且表达。在此类载体中，剪接通常在插入的J区中的剪接供体位点和在人C区之前的剪接受体位点之间发生，并且还在人VH外显子内存在的剪接区处发生。多腺苷酸化和转录终止在编码区下游的天然染色体位点处发生。所得到的抗体可以与任何强启动子连接，所述强启动子包括逆转录病毒LTR例如SV-40早期启动子（Okayama等人Mol. Cell. Bio. 3:280（1983））、Rous肉瘤病毒LTR（Gorman等人P.N.A.S. 79:6777（1982））以及莫洛尼鼠白血病病毒LTR（Grosschedl等人Cell 41:885（1985））。另外，如应当理解的，可以使用天然Ig启动子等等。
进一步地，人抗体或来自其他物种的抗体可以使用本领域众所周知的技术通过展示型技术来生成，包括但不限于噬菌体展示、逆转录病毒展示、核糖体展示及其他技术，并且可以对所得到的分子实施另外的成熟，例如亲和力成熟，像这样的技术是本领域众所周知的。Wright等人Crit，Reviews in Immunol. 12125-168（1992），Hanes和Plückthun PNAS USA 94:4937-4942（1997）（核糖体展示），Parmley和Smith Gene 73:305-318（1988）（噬菌体展示），Scott，TIBS，vol. 17:241-245（1992），Cwirla等人PNAS USA 87:6378-6382（1990），Russel等人Nucl. Acids Research 21:1081-1085（1993），Hoganboom等人Immunol. Reviews 130:43-68（1992），Chiswell和McCafferty TIBTECH；10:80-8A（1992）和美国专利号5,733,743。如果展示技术用于产生并非人的抗体，则此类抗体可以如上所述进行人源化。
使用这些技术，可以生成针对表达Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的细胞、Jagged 1自身、Jagged 2自身、Jagged 1和/或Jagged 2、其表位或肽和关于其的表达文库的形式（参见例如美国专利号5,703,057）的抗体，所述表达文库其后可以如上所述就本文描述的活性进行筛选。
本发明的抗Jagged抗体可以通过含有DNA区段的载体进行表达，所述DNA区段编码上文描述的单链抗体。
这些可以包括载体、脂质体、裸露DNA、佐剂辅助的DNA、基因枪、导管等。载体包括例如WO 93/64701中所述的化学缀合物，其具有靶向部分（例如针对细胞表面受体的配体）和核酸结合部分（例如聚赖氨酸），病毒载体（例如DNA或RNA病毒载体），例如PCT/US 95/02140（WO 95/22618）中所述的融合蛋白，其为含有靶向部分（例如对于靶细胞特异性的抗体）和核酸结合部分（例如鱼精蛋白）的融合蛋白，质粒，噬菌体等。载体可以是染色体、非染色体或合成的。
合适的载体包括病毒载体、融合蛋白和化学缀合物。逆转录病毒载体包括莫洛尼鼠白血病病毒。在一些实施方案中，DNA病毒载体是优选的。这些载体包括痘载体例如正痘或禽痘载体，疱疹病毒载体例如单纯疱疹I病毒（HSV）载体（参见Geller，A. I.等人，J. Neurochem，64:487（1995）；Lim，F.,等人，于DNA Cloning：Mammalian Systems，D. Glover，编辑（Oxford Univ. Press，Oxford England）（1995）；Geller，A. I.等人，Proc Natl. Acad. Sci.：U.S.A. 90:7603（1993）；Geller，A. I.,等人，Proc Natl. Acad. Sci USA 87:1149（1990），腺病毒载体（参见LeGal LaSalle等人，Science，259:988（1993）；Davidson,等人，Nat. Genet 3:219（1993）；Yang,等人，J. Virol. 69:2004（1995）和腺伴随病毒载体（参见Kaplitt，M. G.等人，Nat. Genet. 8:148（1994）。
痘病毒载体将基因引入细胞的细胞质内。禽痘病毒载体导致核酸的仅短期表达。在一些实施方案中，腺病毒载体、腺伴随病毒载体和单纯疱疹病毒（HSV）载体对于将核酸引入神经细胞内是优选的。腺病毒载体导致比腺伴随病毒（约4个月）更短期的表达（约2个月），所述腺伴随病毒依次又短于HSV载体。选择的具体载体将取决于靶细胞和待治疗的状况。引入可以通过标准技术例如感染、转染、转导或转化。基因转移模式的实例包括例如裸露DNA、CaPO4沉淀、DEAE右旋糖酐、电穿孔、原生质体融合、脂转染、细胞显微注射和病毒载体。
载体可以用于靶向基本上任何所需靶细胞。例如，立体定向注射（stereotaxic injection）可以用于将载体（例如腺病毒、HSV）导向所需位置。另外，可以通过脑室内（icv）输注使用微型泵输注系统例如SynchroMed输注系统来递送颗粒。称为对流的基于总体流动的方法也已证明有效将大分子递送至脑的扩展区域内，并且可以用于将载体递送至靶细胞。（参见Bobo等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:2076-2080（1994）；Morrison等人，Am. J. Physiol. 266:292-305（1994））。可以使用的其他方法包括导管，静脉内、肠胃外、腹膜内和皮下注射，以及口服或其他已知的施用途径。
这些载体可以用于表达大量抗体，所述抗体可以以多种方法使用，例如以检测样品中Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的存在。抗体还可以用于尝试与Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者结合，且破坏Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者相关的信号传递。
技术可以适于产生对于本发明的抗原蛋白质特异性的单链抗体（参见例如美国专利号4,946,778）。另外，方法可以适于构建Fab表达文库（参见例如Huse,等人，1989 Science 246：1275-1281），以允许对于蛋白质或其衍生物、片段、类似物或同源物具有所需特异性的单克隆Fab片段的快速有效鉴定。含有对蛋白质抗原的独特型的抗体片段可以通过本领域已知的技术产生，包括但不限于：（i）通过抗体分子的胃蛋白酶消化产生的F(ab ’ )2片段；（ii）通过还原F(ab ’ )2片段的二硫桥生成的Fab片段；（iii）通过用木瓜蛋白酶和还原剂处理抗体分子生成的Fab片段，和（iv）Fv片段。
本发明还包括Fv、Fab、Fab ’和F(ab ’ )2抗体片段，单链抗Jagged抗体，双特异性抗Jagged抗体，多特异性抗Jagged抗体和异源缀合抗Jagged抗体。
双特异性抗体是对于至少两种不同抗原具有结合特异性的抗体。在本文的情况下，结合特异性之一是对于Jagged 1和Jagged 2。第二结合靶是任何其他抗原，并且有利地是细胞表面蛋白质或受体或受体亚单位。
用于制备双特异性抗体的方法是本领域已知的。传统地，双特异性抗体的重组产生基于两个免疫球蛋白重链/轻链对的共表达，其中两条重链具有不同特异性（Milstein和Cuello，Nature，305:537-539（1983））。由于免疫球蛋白重和轻链的随机分配，这些杂交瘤（四源杂交瘤（quadromas））产生不同抗体分子的潜在混合物，在所述抗体分子中仅一种具有正确双特异性结构。正确分子的纯化通常通过亲和色谱法步骤完成。类似操作公开于1993年5月13日公开的WO 93/08829和Traunecker等人，EMBO J.，10:3655-3659（1991）中。
具有所需结合特异性（抗体-抗原组合位点）的抗体可变结构域可以与免疫球蛋白恒定结构域序列融合。在一些实施方案中，融合是与包含铰链、CH2和CH3区的至少部分的免疫球蛋白重链恒定结构域。优选具有第一重链恒定区（CH1），其含有融合物至少之一中存在的轻链结合所需的位点。编码免疫球蛋白重链融合物的DNA和需要时的免疫球蛋白轻链插入分开的表达载体内，并且共转染到合适的宿主生物内。关于生成双特异性抗体的进一步细节，参见例如Suresh等人，Methods in Enzymology，121:210（1986）。
根据WO 96/27011中所述的另一种方法，一对抗体分子之间的界面可以进行改造，以使从重组细胞培养物中回收的异二聚体百分比达到最大。界面包含抗体恒定结构域的CH3区的至少一部分。在该方法中，来自一级抗体分子界面的一条或多条小氨基酸侧链替换为更大的侧链（例如酪氨酸或色氨酸）。通过用更小侧链（例如丙氨酸或苏氨酸）替换大氨基酸侧链，在二级抗体分子的界面上制备与一条或多条大侧链具有相同或相似大小的补偿“腔”。这提供了增加异二聚体得率超过其他不需要的终产物例如同二聚体的机制。
双特异性抗体可以制备为全长抗体或抗体片段（例如F(ab')2双特异性抗体）。由抗体片段生成双特异性抗体的技术已在文献中得到描述。例如，双特异性抗体可以使用化学键进行制备。Brennan等人，Science 229:81（1985）描述了其中将完整抗体蛋白酶解切割以生成F(ab')2片段的操作。这些片段在二巯基络合剂亚砷酸钠的存在下还原，以稳定邻位二巯基且阻止分子间二硫键形成。生成的Fab’片段随后转换为硫代硝基苯甲酸酯（TNB）衍生物。Fab’-TNB衍生物之一随后通过用巯基乙胺还原再转换为Fab’-巯基(thiol)，并且与等摩尔量的另一种Fab’-TNB衍生物混合，以形成双特异性抗体。产生的双特异性抗体可以用作酶的选择性固定的试剂。
另外，Fab’片段可以直接从大肠杆菌（E. coli）中回收且化学偶联，以形成双特异性抗体。Shalaby等人，J. Exp. Med. 175:217-225（1992）描述了全人源化的双特异性抗体F(ab’)2分子的产生。每种Fab’片段由大肠杆菌分开分泌，且在体外实施直接化学偶联，以形成双特异性抗体。因此形成的双特异性抗体能够与过表达ErbB2受体的细胞和正常人T细胞结合，以及触发人细胞毒性淋巴细胞针对人乳腺癌靶的裂解活性。
多种制备双特异性抗体片段且从重组细胞培养物中直接分离双特异性抗体片段的技术也已得到描述。例如，双特异性抗体已使用亮氨酸拉链产生。Kostelny等人，J. Immunol. 148（5）:1547-1553（1992）。来自Fos和Jun蛋白质的亮氨酸拉链肽通过基因融合连接至两种不同抗体的Fab’部分。抗体同二聚体在铰链区处还原，以形成单体，并且随后再氧化，以形成抗体异二聚体。该方法还可以用于产生抗体同二聚体。通过Hollinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448（1993）描述的“双抗体”技术已提供了制备双特异性抗体片段的可替代机制。该片段包含通过接头与轻链可变结构域（VL）连接的重链可变结构域（VH），所述接头太短，而不允许相同链上的两个结构域之间的配对。相应地，一个片段的VH和VL结构域被迫与另一个片段的互补VL和VH结构域配对，从而形成两个抗原结合位点。通过使用单链Fv（scFv或ScFv）二聚体制备双特异性抗体片段的另一种策略也已得到报道。参见Gruber等人，J. Immunol. 152:5368（1994）。
考虑了具有多于两个效价的抗体。例如，可以制备三特异性抗体。Tutt等人，J. Immunol. 147:60（1991）。
示例性双特异性抗体可以与两个不同表位结合，所述表位中的至少一个源于本发明的蛋白质抗原。可替代地，免疫球蛋白分子的抗抗原臂可以与结合白细胞上的触发分子的臂组合，所述触发分子例如T细胞受体分子（例如CD2、CD3、CD28或B7），或IgG的Fc受体（FcγR）例如FcγRI（CD64）、FcγRII（CD32）和FcγRIII（CD16），以便使细胞防御机制集中于表达特定抗原的细胞。双特异性抗体还可以用于将细胞毒素剂导向表达特定抗原的细胞。这些抗体具有抗原结合臂和结合细胞毒素剂或放射性核素螯合剂（例如EOTUBE、DPTA、DOTA或TETA）的臂。另一个双特异性抗体实施方案结合本文描述的蛋白质抗原且进一步结合组织因子（TF）。
异源缀合抗体也在本发明的范围内。异源缀合抗体由两种共价连接的抗体构成。此类抗体例如已提出使免疫系统细胞靶向不需要的细胞（参见美国专利号4,676,980），且用于治疗HIV感染（参见WO 91/00360；WO 92/200373；EP 03089）。考虑抗体可以使用合成蛋白质化学中的已知方法包括涉及交联剂的那些在体外进行制备。例如，免疫毒素可以使用二硫键交换反应或通过形成硫醚键进行构建。用于该目的的合适试剂的实例包括亚氨基硫醇酯（iminothiolate）和4-巯基丁亚氨酸甲酯和公开于例如美国专利号4,676,980中的那些。
可以期望就效应子功能而言修饰本发明的抗体，以便增强例如抗体在治疗与Jagged 1和/或Jagged 2信号传递相关的疾病和病症中的有效性。例如，一个或多个半胱氨酸残基可以引入Fc区内，从而允许在该区域中的链间二硫键形成。因此生成的同二聚抗体可以具有改善的内在化能力和/或增加的补体介导的细胞杀死和抗体依赖性细胞的细胞毒性（ADCC）。（参见Caron等人，J. Exp Med.，176：1191-1195（1992）和Shopes，J. Immunol.，148：2918-2922（1992））。可替代地，抗体可以改造为具有双重Fc区，并且因此可以具有增强的补体裂解和ADCC能力。（参见Stevenson等人，Anti-Cancer Drug Design，3：219-230（1989））。
本发明还涉及包含与细胞毒素剂或放射性同位素（即，放射性缀合物）缀合的抗体的免疫缀合物，所述细胞毒素剂例如毒素（例如细菌、真菌、植物或动物起源的酶促活性毒素或其片段）。合适的细胞毒素剂包括例如多拉司他汀及其衍生物（例如奥里斯他汀E、AFP、MMAF、MMAE）。例如，细胞毒素剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是选自表30中列出的试剂。在一些实施方案中，该试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是美登素类或美登素类衍生物。在一些实施方案中，该试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，该试剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是卡里奇霉素或其衍生物。
可以使用的酶促活性毒素及其片段包括白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、内毒素A链（来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa））、蓖麻蛋白A链、相思豆毒蛋白A链、蒴莲根毒素A链、α-八叠球菌、油桐（Aleurites fordii）蛋白质、石竹素蛋白质、美洲商陆（Phytolaca americana）蛋白质（PAPI、PAPII和PAP-S）、苦瓜（momordica charantia）抑制剂、麻疯树毒蛋白、巴豆毒蛋白、肥皂草（sapaonaria officinalis）抑制剂、白树毒素、米托菌素（mitogellin）、局限曲菌素、酚霉素、依诺霉素和单端孢霉烯。多种放射性核素可用于产生放射性缀合的抗体。实例包括212Bi、64Cu、125I、131I、131In、99mTc、90Y、186Re和89Zr。
抗体和细胞毒素剂的缀合物使用多种双功能蛋白质偶联剂进行制备，所述偶联剂例如N-琥珀酰亚胺基-3-（2-吡啶基二硫代）丙酸酯（SPDP）、亚氨基硫烷（IT）、酰亚胺酯的双功能衍生物（例如二甲基己二酸HCL）、活性酯（例如双琥珀酰亚胺辛二酸酯）、醛（例如戊二醛）、双叠氮基化合物（例如双（对叠氮苯甲酰基）己二胺）、双重氮基衍生物（例如双（对重氮苯甲酰基）-乙二胺）、二异氰酸酯（例如甲苯2,6-二异氰酸酯）和双活性氟化合物（例如1,5-二氟-2,4-二硝基苯）。例如，蓖麻蛋白免疫毒素可以如Vitetta等人，Science 238：1098（1987）中所述进行制备。碳-14标记的1-异硫氰基苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸（MX-DTPA）是使放射性核素与抗体缀合的示例性螯合剂。（参见WO94/11026）。
表30列出了可以用于本文描述的本发明中的示例性药物试剂中的一些，但决不意味是详尽列表。
本领域普通技术人员将认识到大量多种可能部分可以与所得的本发明抗体偶联。（参见例如“Conjugate Vaccines”，Contributions to Microbiology and Immunology，J. M. Cruse和R. E. Lewis，Jr（编辑），Carger Press，New York,（1989），其整体内容通过引用并入本文）。
偶联可以通过结合两种分子的任何化学反应来完成，只要抗体和其他部分保留其各自活性。该键合可以包括许多化学机制，例如共价结合、亲和力结合、嵌入、配位结合和络合。然而，在一些实施方案中，优选结合是共价结合。共价结合可以通过现有侧链的直接缩合或通过掺入外部桥接分子来实现。许多二价或多价连接试剂用于使蛋白质分子例如本发明的抗体与其他分子偶联。例如，代表性偶联剂可以包括有机化合物例如硫酯、碳化二亚胺、琥珀酰亚胺酯、二异氰酸酯、戊二醛、重氮苯和六亚甲基二胺。该列表不预期是本领域已知的多个偶联剂类别的详尽，而是更常见偶联剂的示例。（参见Killen和Lindstrom，Jour. Immun. 133:1335-2549（1984）；Jansen等人，Immunological Reviews 62:185-216（1982）；和Vitetta等人，Science 238:1098（1987）。
合适的接头在文献中得到描述。（参见例如Ramakrishnan，S.等人，Cancer Res. 44:201-208（1984），其描述MBS（M-马来酰亚胺苯甲酰基-N-羟基琥珀酰亚胺酯）的使用）。还参见美国专利号5,030,719，其描述通过寡肽接头与抗体偶联的卤代乙酰基酰肼衍生物的使用。特别合适的接头包括：（i）SMPT（4-琥珀酰亚胺基氧羰基-α-甲基-α-（2-吡啶基-二硫代）甲苯（Pierce Chem. Co.，目录（21558G）；（ii）SPDP（琥珀酰亚胺基-6[3-（2-吡啶基二硫代）丙酰胺基]己酸酯（Pierce Chem. Co.，目录#21651G）；和（iii）磺基-LC-SPDP（磺基琥珀酰亚胺基6[3-（2-吡啶基二硫代）丙酰胺]己酸酯（Pierce Chem. Co. 目录#2165-G。
上文描述的接头含有具有不同属性的组分，因此导致具有不同物理化学特性的缀合物。例如，接头SMPT含有立体阻碍的二硫键，并且可以形成稳定性增加的缀合物。二硫键一般而言比其他键更不稳定，因为二硫键在体外被切割，导致更少缀合物可获得。
试剂EDC（1-乙基-3-（3-二甲基氨基丙基）碳化二亚胺盐酸盐用于产生以羧酸开始的甲酰胺和伯胺或仲胺。因此，EDC可以用于连接抗体中的赖氨酸残基与接头或毒素中的羧酸，或连接抗体中的天冬氨酸或谷氨酸残基与接头或毒素中的胺。利用EDC的此类缀合反应可以通过添加NHS（N-羟基琥珀酰亚胺）或磺基-NHS（N-羟基-3-氧基磺酰基琥珀酰亚胺）得到增强。NHS或磺基-NHS对此类缀合反应的添加可以增强缀合反应的速率、完全性、选择性和/或重现性。
在一些实施方案中，接头是可切割的。在一些实施方案中，接头是不可切割的。在一些实施方案中，存在两个或更多个接头。两个或更多个接头均为相同的例如可切割或不可切割的，或两个或更多个接头是不同的，例如至少一个可切割并且至少一个不可切割。
本发明利用用于将试剂连接至AB的几种方法：（a）连接至AB的碳水化合物部分，或（b）连接至AB的硫氢基，或（c）连接至AB的氨基，或（d）连接至AB的羧酸酯基团。根据本发明，AB可以通过中间接头共价连接至试剂，所述中间接头具有至少两个反应基团，一个与AB反应并且一个与试剂反应。可以包括任何相容的有机化合物的接头可以这样选择，使得与AB（或试剂）的反应不会不利地影响AB反应性和选择性。此外，接头与试剂的连接可能不破坏试剂的活性。与氧化抗体或氧化抗体片段反应的合适接头包括含有选自下述的胺的那些：伯胺、仲胺、肼、酰肼、羟胺、苯肼、氨基脲和氨基硫脲基团。此类反应性官能团可以作为接头结构的部分存在，或可以通过不含此类基团的接头的合适化学修饰而引入。
根据本发明，用于连接至还原的AB的合适接头包括具有能够与还原的抗体或片段的硫氢基反应的某些反应基团的那些。此类反应基团包括但不限于：反应性卤代烷基（包括例如卤代乙酰基）、对汞苯甲酸基团和能够具有迈克尔型加成反应的基团（包括例如马来酰亚胺以及由Mitra和Lawton，1979，J. Amer. Chem. Soc. 101：3097-3110描述的类型的基团）。
根据本发明，用于连接至即未氧化也未还原的Ab的合适接头包括具有能够与Ab中的未经修饰的赖氨酸残基中存在的伯氨基反应的某些官能团的那些。此类反应基团包括但不限于NHS羧酸酯或碳酸酯、磺基-NHS羧酸酯或碳酸酯、4-硝基苯基羧酸酯或碳酸酯、五氟苯基羧酸酯或碳酸酯、酰基咪唑、异氰酸酯和异硫氰酸酯。
根据本发明，用于连接至即未氧化也未还原的Ab的合适接头包括具有能够与Ab中的天冬氨酸或谷氨酸残基中存在的羧酸基团反应的某些官能团的那些，所述Ab已用合适试剂活化。合适的活化试剂包括EDC，添加或不添加NHS或磺基-NHS，以及用于碳化二亚胺形成的其他脱水剂。在这些情况下，合适接头中存在的官能团将包括伯胺和仲胺、肼、羟胺和酰肼。
试剂可以在接头连接至AB前或后连接至接头。在某些应用中，可能期望首先产生AB-接头中间体，其中接头不含相关试剂。取决于具体应用，特异性试剂随后可以共价连接至接头。在其他实施方案中，AB首先连接至MM、CM和相关接头，并且随后连接至用于缀合目的的接头。
分支接头：在特异性实施方案中，利用具有用于连接试剂的多个位点的分支接头。对于多位点接头，与AB的单一共价连接导致能够在多个位点处结合试剂的AB-接头中间体。位点可以是醛或硫氢基或试剂可以与之连接的任何化学位点。
可替代地，更高的比活性（或更高的试剂与AB比）可以通过在AB的多个位点处连接单一位点接头来实现。该多个位点可以通过两种方法中的任一引入AB内。第一种，可以生成在相同AB中的多个醛基和/或硫氢基。第二种，可以将 “分支接头”连接至AB的醛或硫氢基，所述“分支接头”具有用于随后连接至接头的多个功能位点。分支接头或多位点接头的功能位点可以是醛或硫氢基，或者可以是接头可以与之连接的任何化学位点。再更高的比活性可以通过组合这两种方法获得，即在AB的几个位点处连接多位点接头。
可切割接头：对通过补体系统的酶切割敏感的肽接头可以用于本发明的一个实施方案中，所述酶例如但不限于尿激酶、组织型纤溶酶原激活物、胰蛋白酶、纤溶酶或另一种具有蛋白酶解活性的酶。根据本发明的一种方法，试剂经由对通过补体切割敏感的接头连接。抗体选自可以活化补体的类别。抗体-试剂缀合物因此活化补体级联且在靶部位处释放试剂。根据本发明的另一种方法，试剂经由对通过酶切割敏感的接头连接，所述酶具有蛋白酶解活性例如尿激酶、组织型纤溶酶原激活物、纤溶酶或胰蛋白酶。这些可切割接头用于缀合的可活化抗体中，所述缀合的可活化抗体包括细胞外毒素，例如表30中所示的任何细胞外毒素作为非限制性实例。
可切割接头序列的非限制性实例在表31中提供。
另外，试剂可以经由二硫键（例如半胱氨酸分子上的二硫键）连接至AB。因为许多肿瘤天然释放高水平的谷胱甘肽（还原剂），所以这可以还原二硫键，伴随试剂在递送部位处的后续释放。在某些特异性实施方案中，修饰CM的还原剂还修饰缀合的可活化抗体的接头。
间隔物和可切割元件：在另外一个实施方案中，可能必需以这样的方式构建接头，以便优化试剂和可活化抗体的AB之间的间隔。这可以通过使用具有下述一般结构的接头来完成：
其中
W为--NH--CH2--或--CH2--；
Q为氨基酸、肽；和
n为0至20的整数。
在另外其他实施方案中，接头可以包含间隔物元件和可切割元件。间隔物元件作用于使可切割元件定位远离AB的核心，使得可切割元件对于负责切割的酶更可接近。上文描述的某些分支接头可以充当间隔物元件。
本说明书自始至终，应当理解接头与试剂（或间隔物元件与可切割元件，或可切割元件与试剂）的连接无需具有特定连接或反应模式。任何提供具有合适稳定性和生物相容性产物的反应均是可接受的。
血清补体和接头的选择：根据本发明的一种方法，当需要试剂的释放时，使用其为可以活化补体的抗体类别的AB。所得到的缀合物保留结合抗原且活化补体级联的两种能力。因此，根据本发明的该实施方案，试剂连接至可切割接头或可切割元件的一端，并且接头基团的另一端连接至AB上的特异性位点。例如，如果试剂具有羟基或氨基，则它可以分别经由酯或酰胺键连接至肽、氨基酸或其他适当选择接头的羧基末端。例如，此类试剂可以经由碳化二亚胺反应连接至接头肽。如果试剂含有干扰与接头连接的官能团，则这些干扰官能团可以在连接前封闭且在产物缀合物或中间体制备后解封闭。接头的相对或氨基末端随后直接使用或在进一步修饰后使用，用于与能够活化补体的AB结合。
接头（或接头的间隔物元件）可以具有任何所需长度，其一端可以共价连接至可活化抗体的AB上的特异性位点。接头或间隔物元件的另一端可以连接至氨基酸或肽接头。
因此，当在补体的存在下，这些缀合物与抗原结合时，使试剂连接至接头的酰胺或酯键将被切割，导致以其活性形式的试剂释放。当施用于主体时，这些缀合物在靶部位处完成试剂的递送和释放，并且对于如表30中呈现的药物试剂、抗生素、抗代谢药、抗增殖剂等等（但不限于那些）的体内递送特别有效。
无需补体活化而释放的接头：在靶向递送的另外一个应用中，无需补体活化的试剂释放是期望的，因为补体级联的活化将最终裂解靶细胞。因此，当试剂的递送和释放应无需杀死靶细胞而完成时，该方法是有用的。这是细胞介质对靶细胞的递送期望时的目标，所述细胞介质例如激素、酶、皮质类固醇、神经递质、基因或酶。这些缀合物可以通过经由接头使试剂连接至AB进行制备，所述AB不能活化补体，所述接头对通过血清蛋白酶的切割轻度敏感。当该缀合物施用于个体时，抗原-抗体复合物将快速形成，而试剂的切割将缓慢发生，因此导致化合物在靶部位处的释放。
生物化学交联剂：在其他实施方案中，可活化抗体可以使用某些生物化学交联剂与一种或多种治疗试剂缀合。交联剂形成分子桥，所述分子桥使两种不同分子的官能团系在一起。为了以逐步方式连接两种不同蛋白质，可以使用异双功能交联剂，这消除不需要的均聚物形成。
可通过溶酶体蛋白酶切割的肽基接头也是有用的，例如Val-Cit、Val-Ala或其他二肽。另外，可以使用在溶酶体的低pH环境中可切割的酸不稳定接头，例如：双唾液酰基醚。其他合适的接头包括组织蛋白酶不稳定底物，特别是在酸性pH下显示最佳功能的那些。
示例性异双功能交联剂在表32中提及。
不可切割的接头或直接连接：在本发明的另外其他实施方案中，缀合物可以这样设计，使得试剂递送至靶但不释放。这可以通过直接或经由不可切割的接头使试剂连接至AB来完成。
这些不可切割的接头可以包括氨基酸、肽、D-氨基酸或其他有机化合物，其可以修饰为包括官能团，所述官能团随后可以用于通过本文描述的方法与AB连接。此类有机接头的通式可以是
其中
W为--NH--CH2--或--CH2--；
Q为氨基酸、肽；和
n为0至20的整数。
不可切割的缀合物：可替代地，化合物可以连接至不活化补体的AB。当使用不能补体活化的AB时，该连接可以使用对通过活化补体的切割敏感的接头或使用对通过活化补体的切割不敏感的接头来完成。
本文公开的抗体还可以配制为免疫脂质体。含有抗体的脂质体通过本领域已知的方法进行制备，例如Epstein等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，82：3688（1985）；Hwang等人，Proc. Natl Acad. Sci. USA，77：4030（1980）；以及美国专利号4,485,045和4,544,545中所述。循环时间增强的脂质体公开于美国专利号5,013,556中。
特别有用的脂质体可以通过反相蒸发法生成，其中脂质体组合物包含磷脂酰胆碱、胆固醇和PEG衍生的磷脂酰乙醇胺（PEG-PE）。脂质体通过限定孔径的滤器挤出，以获得具有所需直径的脂质体。本发明抗体的Fab’片段可以如Martin等人，J. Biol. Chem.，257：286-288（1982）中所述，经由二硫化物交换反应与脂质体缀合。
可活化抗 Jagged 抗体
本文提供的可活化抗体和可活化抗体组合物含有至少特异性结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或其抗体片段（公开内容自始至终统称为AB），其中所述AB通过掩蔽部分（MM）进行修饰。
与未用MM修饰的AB与靶的特异性结合或亲本AB与靶的特异性结合相比较，当AB用MM进行修饰，并且在Jagged 1和/或Jagged 2的存在下，AB与其靶的特异性结合降低或抑制。
用MM修饰的AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的Kd比未用MM修饰的AB或亲本AB针对靶的Kd大至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，用MM修饰的AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的结合亲和力比未用MM修饰的AB或亲本AB针对靶的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。
MM针对AB的解离常数（Kd）一般大于AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的Kd。MM针对AB的Kd可以比AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的Kd大至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000或甚至10,000,000倍。相反，MM针对AB的结合亲和力一般低于AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的结合亲和力。MM针对AB的结合亲和力可以比AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000或甚至10,000,000倍。
与未用MM修饰的AB与靶的特异性结合或亲本AB与靶的特异性结合相比较，当AB用MM进行修饰，并且在靶即Jagged 1和Jagged 2的存在下，AB与其靶的特异性结合降低或抑制。当在体内或体外测定中测量时，当与未用MM修饰的AB或亲本AB与靶即Jagged 1和Jagged 2的结合相比较时，用MM修饰时AB结合靶的能力可以降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%且甚至100%，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更久。
MM抑制AB与靶即Jagged 1和Jagged 2的结合。MM结合AB的抗原结合结构域且抑制AB与Jagged 1和Jagged 2的结合。MM可以立体抑制AB与靶即Jagged 1和Jagged 2的结合。MM可以变构抑制AB与其靶的结合。在这些实施方案中，当在体内或体外测定中测量时，与未用MM修饰的AB、亲本AB或未与MM偶联的AB与靶的结合相比较，当AB用MM修饰或与MM偶联，并且在靶即Jagged 1和Jagged 2的存在下时，不存在AB与靶的结合或基本上不存在AB与靶的结合，或不多于AB与靶的结合的0.001%、0.01%、0.1%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%或50%，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更久。
当AB与MM偶联或通过MM修饰时，MM‘掩蔽’或降低或以其他方式抑制AB与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合。当AB与MM偶联或通过MM修饰时，此类偶联或修饰可以实现降低或抑制AB特异性结合其靶的能力的结构变化。
与MM偶联或用MM修饰的AB可以由下式（以从氨基（N）末端区到羧基（C）末端区的次序）表示：
其中MM是掩蔽部分，AB是抗体或其抗体片段，并且L是接头。在许多实施方案中，可能期望将一个或多个接头例如柔性接头插入组合物内，以便提供柔性。
在某些实施方案中，MM不是AB的天然结合配偶体。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不含同源性或基本上不含同源性。在其他实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%相似。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%相同。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于25%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于20%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于10%的同一性。
在一些实施方案中，可活化抗体包括通过MM修饰并且还包括一个或多个可切割部分（CM）的AB。此类可活化抗体显示出与AB的靶即Jagged 1和Jagged 2的可活化/可变换结合。可活化抗体一般包括通过掩蔽部分（MM）和可修饰或可切割部分（CM）修饰或与掩蔽部分（MM）和可修饰或可切割部分（CM）偶联的抗体或抗体片段（AB）。在一些实施方案中，CM含有充当目的蛋白酶底物的氨基酸序列。
可活化抗体的元件这样排列，使得MM和CM这样放置，使得在切割（或相对活性）状态和在靶的存在下，AB结合靶即Jagged 1和Jagged 2，而在未切割（或相对失活）状态，在靶的存在下，AB与其靶即Jagged 1和Jagged 2的特异性结合降低或抑制。由于AB特异性结合其靶的能力被MM抑制或掩蔽，AB与其靶的特异性结合可以降低。
用MM和CM修饰的AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的Kd比未用MM和CM修饰的AB或亲本AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的Kd大至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，用MM和CM修饰的AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的结合亲和力比未用MM和CM修饰的AB或亲本AB针对靶即Jagged 1和Jagged 2的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。
与未用MM和CM修饰的AB或亲本AB与靶的特异性结合相比较，当AB用MM和CM进行修饰，并且在靶的存在下但不存在修饰试剂（例如蛋白酶）的情况下，AB与其靶即Jagged 1和Jagged 2的特异性结合降低或抑制。当在体内或体外测定中测量时，当与亲本AB或未用MM和CM修饰的AB与其靶的结合相比较时，用MM和CM修饰时AB结合靶的能力可以降低至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%且甚至100%，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更久。
如本文使用的，术语切割状态指在通过蛋白酶修饰CM后的可活化抗体状况。如本文使用的，术语未切割状态指在不存在通过蛋白酶切割CM的情况下的可活化抗体状况。如上所述，术语“可活化抗体”在本文中用于指处于其未切割（天然）状态以及其切割状态两者的可活化抗体。对于普通技术人员显而易见的是，在一些实施方案中，由于通过蛋白酶的CM切割，切割的可活化抗体可以缺乏MM，导致至少MM（例如，其中MM不通过共价键（例如半胱氨酸残基之间的二硫键）连接至可活化抗体）的释放。
可活化或可变换意指当处于抑制、掩蔽或未切割状态（即，第一构象）时，可活化抗体显示出与靶即Jagged 1和/或Jagged 2的第一结合水平，并且处于未抑制、未掩蔽和/或切割状态（即，第二构象），显示出与靶即Jagged 1和/或Jagged 2的第二结合水平，其中所述第二靶结合水平大于所述第一结合水平。一般而言，靶对可活化抗体的AB的接近在能够切割CM的切割试剂的存在下大于在不存在此类切割试剂的情况下。因此，当可活化抗体处于未切割状态时，AB被抑制靶结合，并且可以被掩蔽靶结合（即，第一构象是这样的，使得AB不能结合靶），并且处于切割状态，AB不被抑制或不被掩蔽靶结合。
可活化抗体的CM和AB这样选择，使得AB代表Jagged 1和Jagged 2的结合部分，并且CM代表与Jagged 1和Jagged 2共定位于主体中的治疗部位或诊断部位的蛋白酶的底物。当例如能够切割CM中的位点的蛋白酶在治疗部位或诊断部位的含靶组织中以比非治疗部位的组织（例如健康组织）中相对更高的水平存在时，本文公开的可活化抗体特别有用。
在一些实施方案中，可活化抗体提供降低的毒性和/或不良副作用，如果AB不被掩蔽或以其他方式抑制结合Jagged 1和Jagged 2，则所述毒性和/或不良副作用可以以其他方式产生于在非治疗部位处的AB结合。
一般而言，可活化抗体可以通过下述进行设计：选择目的AB，且构建可活化抗体的剩余部分，使得当构象约束时，MM提供AB的掩蔽或AB与其靶的结合降低。可以考虑到结构设计准则，以提供该功能特点。
提供了可活化抗体，其显示出在抑制相对于未抑制构象中，靶结合的所需动态范围的可变换表型。动态范围一般指（a）在第一组条件下检测到的最大参数水平与（b）在第二组条件下检测到的该参数的最小值的比。例如，在可活化抗体的背景下，动态范围指（a）在能够切割可活化抗体的CM的蛋白酶的存在下，检测到的靶蛋白即Jagged 1和Jagged 2与可活化抗体的最大结合水平与（b）在不存在蛋白酶的情况下，检测到的靶蛋白即Jagged 1和Jagged 2与可活化抗体的最低结合水平的比。可活化抗体的动态范围可以计算为可活化抗体切割试剂（例如酶）处理的平衡解离常数与可活化抗体切割试剂处理的平衡解离常数的比。可活化抗体的动态范围越大，可活化抗体的可变换表型越好。具有相对更高的动态范围值（例如大于1）的可活化抗体显示出更期望的变换表型，使得与在不存在切割试剂的情况下相比较，在能够切割可活化抗体的CM的切割试剂（例如酶）的存在下，通过可活化抗体的靶蛋白结合以更大程度发生（例如，占优势地发生）。
可活化抗体可以以多种结构构型提供。示例性可活化抗体的式在下文提供。特别考虑AB、MM和CM的N至C末端次序可以在可活化抗体内反转。还特别考虑CM和MM可以在氨基酸序列中重叠，例如使得CM包含在MM内。
例如，可活化抗体可以由下式（以从氨基（N）末端区到羧基（C）末端区的次序）表示：
其中MM是掩蔽部分，CM是可切割部分，并且AB是抗体或其片段。应当指出尽管MM和CM在上式中作为不同组分指示，但在本文公开的所有示例性实施方案（包括结构式）中，考虑MM和CM的氨基酸序列可以重叠，例如使得CM完全或部分包含在MM内。另外，上式提供了另外的氨基酸序列，其可以置于可活化抗体元件的N末端或C末端。
在某些实施方案中，MM不是AB的天然结合配偶体。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不含同源性或基本上不含同源性。在其他实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%相似。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体不多于5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或80%相同。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于25%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于20%的同一性。在一些实施方案中，MM与AB的任何天然结合配偶体具有不多于10%的同一性。
在许多实施方案中，可能期望将一个或多个接头例如柔性接头插入可活化抗体构建体内，以便提供在MM-CM连接、CM-AB连接或两者中的一个或多个处的柔性。例如，AB、MM和/或CM可能不含足够数目的残基（例如Gly、Ser、Asp、Asn，尤其是Gly和Ser，特别是Gly），以提供所需柔性。像这样，此类可活化抗体构建体的可变换表型可以获益于一个或多个氨基酸的引入，以提供柔性接头。另外，如下所述，当可活化抗体作为构象约束构建体提供时，柔性接头可以可操作地插入，以促进未切割的可活化抗体中的环状结构的形成和维持。
例如，在某些实施方案中，可活化抗体包含下式之一（其中下式代表以N至C末端方向或C至N末端方向的氨基酸序列）：
其中MM、CM和AB如上定义；其中L1和L2各自独立地且任选地存在或不存在，是包括至少1个柔性氨基酸（例如Gly）的相同或不同柔性接头。另外，上式提供了另外的氨基酸序列，其可以置于可活化抗体元件的N末端或C末端。实例包括但不限于靶向部分（例如靶组织中存在的细胞受体的配体）和血清半衰期延长部分（例如结合血清蛋白质例如免疫球蛋白（例如IgG）或血清白蛋白（例如人血清白蛋白（HAS）的多肽）。
在一些实施方案中，可活化抗体的可切割部分（CM）包括可以充当蛋白酶通常为细胞外蛋白酶的底物的氨基酸序列。CM可以基于蛋白酶加以选择，所述蛋白酶与可活化抗体的AB的所需靶共定位于组织中。其中目的靶与蛋白酶共定位的多种不同条件是已知的，其中蛋白酶的底物是本领域已知的。在癌症的实例中，靶组织可以是癌性组织，特别是实体瘤的癌性组织。在文献中存在许多癌症例如实体瘤中具有已知底物的蛋白酶水平增加的报道。参见例如La Rocca等人，（2004）British J. of Cancer 90（7）：1414-1421。疾病的非限制性实例包括：所有类型的癌症（乳腺癌、肺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、黑素瘤、头颈癌、胰腺癌等）、类风湿性关节炎、克罗恩氏病（Crohn's disuse）、SLE、心血管损伤、缺血等。例如，适应症包括白血病，包括T细胞急性成淋巴细胞白血病（T-ALL），成淋巴细胞疾病包括多发性骨髓瘤，以及实体瘤包括肺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌，包括三阴性乳腺癌。例如，适应症包括骨疾病或不论原发性肿瘤起源的癌症转移；乳腺癌，包括作为非限制性实例的ER/PR+乳腺癌、Her2+乳腺癌、三阴性乳腺癌；结肠直肠癌；胃癌；成胶质细胞瘤；头颈癌；肺癌，例如作为非限制性实例的非小细胞肺癌；多发性骨髓瘤；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；肉瘤；肾癌，例如作为非限制性实例的肾细胞癌；和/或皮肤癌，例如作为非限制性实例的鳞状细胞癌、基底细胞癌、黑素瘤。除癌症之外，Jagged依赖性notch信号传递对于上皮和成纤维细胞分化为肌成纤维细胞是关键的，所述肌成纤维细胞是在纤维化疾病发生中起关键作用的细胞。Jagged依赖性notch信号传递的抑制和因此肌成纤维细胞出现的抑制，将是肾、肝、肺和皮肤的纤维化疾病的有效治疗。例如，适应症包括纤维化病症，例如特发性肺纤维化（IPF）；肾纤维化疾病、肝纤维化疾病、腹膜透析诱导性纤维化和/或硬皮病。其他合适的适应症包括例如病理状态例如听力丧失。
CM通过酶以约0.001-1500 x 104 M-1S-1或者至少0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.5、1、2.5、5、7.5、10、15、20、25、50、75、100、125、150、200、250、500、750、1000、1250或1500 x 104 M-1S-1的速率特异性切割。
对于通过酶的特异性切割，作出在酶和CM之间的接触。当包含与MM和CM偶联的AB的可活化抗体在靶和充分酶活性的存在下时，CM可以被切割。充分酶活性可以指酶与CM接触且实现切割的能力。可以容易地设想酶可以在CM的附近，但由于其他细胞因子或酶的蛋白质修饰而不能切割。
示例性底物包括但不限于可通过表33中的下述酶或蛋白酶中的一种或多种切割的底物：
。
例如，在一些实施方案中，底物可通过下述酶或蛋白酶中的一种或多种切割：uPA、豆荚蛋白、MT-SP1、ADAM17、BMP-1、TMPRSS3、TMPRSS4、MMP-9、MMP-12、MMP-13和/或MMP-14。在一些实施方案中，蛋白酶选自uPA、豆荚蛋白和MT-SP1。在一些实施方案中，蛋白酶是基质金属蛋白酶。
适用于本文描述的组合物中的接头一般是提供经修饰的AB或可活化抗体的柔性的接头，以促进AB与靶的结合的抑制。此类接头一般被称为柔性接头。合适的接头可以容易地选择，并且可以具有任何合适的不同长度，例如1个氨基酸（例如Gly）至20个氨基酸、2个氨基酸至15个氨基酸、3个氨基酸至12个氨基酸，包括4个氨基酸至10个氨基酸、5个氨基酸至9个氨基酸、6个氨基酸至8个氨基酸、或7个氨基酸至8个氨基酸，并且可以是长度1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸。
示例性柔性接头包括甘氨酸聚合物(G)n、甘氨酸-丝氨酸聚合物（包括例如(GS)n、(GSGGS)n（SEQ ID NO：123）和(GGGS)n（SEQ ID NO：124），其中n 为至少一的整数）、甘氨酸-丙氨酸聚合物、丙氨酸-丝氨酸聚合物以及本领域已知的其他柔性接头。甘氨酸和甘氨酸-丝氨酸聚合物是相对非结构化的，并且因此可能能够充当组分间的中性栓系。甘氨酸获取甚至比丙氨酸显著更多的空间，并且比具有更长侧链的残基限制少得多（参见Scheraga，Rev. Computational Chem. 11173-142（1992））。示例性柔性接头包括但不限于
等等。普通技术人员将认识到可活化抗体的设计可以包括全部或部分柔性的接头，使得接头可以包括柔性接头以及一个或多个位置，所述位置赋予柔性更少的结构，以提供所需可活化抗体结构。
除上文描述的元件之外，可活化抗体还可以含有另外的元件例如可活化抗体的氨基酸序列N或C末端。例如，可活化抗体可以包括靶向部分，以促进对目的细胞或组织的递送。可活化抗体可以缀合至试剂例如治疗试剂、抗肿瘤剂、毒素或其片段、可检测部分或诊断试剂。试剂的实例在本文中公开。
可活化抗体还可以包括与本发明的抗Jagged抗体结合的本文描述的任何缀合试剂、接头及其他组分，包括表30中列出的任何试剂和/或表31和/或表32中列出的任何接头作为非限制性实例。
具有非结合立体部分或非结合立体部分的结合配偶体的可活化抗 Jagged 抗体
本发明还提供了可活化抗Jagged抗体，其包括非结合立体部分（NB）或非结合立体部分的结合配偶体（BP），其中所述BP将NB召募或以其他方式吸引至可活化抗Jagged抗体。本文提供的可活化抗Jagged抗体包括例如可活化抗Jagged抗体，其包括非结合立体部分（NB）、可切割接头（CL）以及结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或抗体片段（AB）；可活化抗体，其包括非结合立体部分的结合配偶体（BP）、CL和AB；以及可活化抗Jagged抗体，其包括NB已召募至其的BP、CL以及结合Jagged 1和Jagged 2的AB。其中NB与可活化抗Jagged抗体的CL和AB共价连接或通过与BP（其与可活化抗Jagged抗体的CL和AB共价连接）相互作用结合的可活化抗体，在本文中被称为“含NB可活化抗Jagged抗体”。可活化或可变换意指当可活化抗体处于抑制、掩蔽或未切割状态（即，第一构象）时，可活化抗体显示出与靶即Jagged 1和/或Jagged 2的第一结合水平，并且当可活化抗体处于未抑制、未掩蔽和/或切割状态（即，第二构象，即活化的抗体）时，显示出与靶的第二结合水平，其中所述第二靶结合水平大于所述第一靶结合水平。与常规抗体治疗剂相比较，可活化抗体组合物可以显示出增加的生物利用度和更有利的生物分布。
在一些实施方案中，可活化抗体提供降低的毒性和/或不良副作用，如果抗Jagged AB不被掩蔽或以其他方式抑制与此类部位的结合，则所述毒性和/或不良副作用可以以其他方式产生于在非治疗部位和/或非诊断部位处的抗Jagged AB结合。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分（NB）；可切割接头（CL）；以及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体或抗体片段（AB），其中NB是不与AB特异性结合的多肽；CL是包括酶底物（S）的多肽；CL这样放置，使得在未切割状态，NB干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合；并且NB不抑制通过酶的CL切割。如本文和自始至终使用的，术语多肽指包括至少两个氨基酸残基的任何多肽，包括更大的多肽、全长蛋白质及其片段，并且术语多肽并不限于单链多肽，并且可以包括多单位例如多链多肽。在其中多肽具有更短长度例如总共小于50个氨基酸的情况下，术语肽和多肽在本文中可互换使用，并且在其中多肽具有更长长度例如50个或更多个氨基酸的情况下，术语多肽和蛋白质在本文中可互换使用。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分（NB）；可切割接头（CL）；以及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体或抗体片段（AB），其中（i）NB包括不与AB特异性结合的多肽；（ii）CL是包括酶底物（S）的长度最高达50个氨基酸的多肽；（iii）CL这样放置，使得在未切割状态，NB干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合；和（iv）NB不抑制通过酶的CL切割。例如，CL具有最高达15个氨基酸的长度、最高达20个氨基酸的长度、最高达25个氨基酸的长度、最高达30个氨基酸的长度、最高达35个氨基酸的长度、最高达40个氨基酸的长度、最高达45个氨基酸的长度、最高达50个氨基酸的长度、在10-50个氨基酸范围内的长度、在15-50个氨基酸范围内的长度、在20-50个氨基酸范围内的长度、在25-50个氨基酸范围内的长度、在30-50个氨基酸范围内的长度、在35-50个氨基酸范围内的长度、在40-50个氨基酸范围内的长度、在45-50个氨基酸范围内的长度、在10-40个氨基酸范围内的长度、在15-40个氨基酸范围内的长度、在20-40个氨基酸范围内的长度、在25-40个氨基酸范围内的长度、在30-40个氨基酸范围内的长度、在35-40个氨基酸范围内的长度、在10-30个氨基酸范围内的长度、在15-30个氨基酸范围内的长度、在20-30个氨基酸范围内的长度、在25-30个氨基酸范围内的长度、在10-20个氨基酸范围内的长度或在10-15个氨基酸范围内的长度。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分（NB）；可切割接头（CL）；以及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体或抗体片段（AB），其中（i）NB包括不与AB特异性结合的多肽；（ii）CL是包括酶底物（S）的多肽；（iii）CL这样放置，使得在未切割状态，NB干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，（iv）NB不抑制通过酶的CL切割；和（v）可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：NB-CL-AB或AB-CL-NB。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分（NB）；可切割接头（CL）；以及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体或抗体片段（AB），其中（i）NB包括不与AB特异性结合的多肽；（ii）CL是包括酶底物（S）的多肽；（iii）CL这样放置，使得在未切割状态，NB干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且其中与切割的AB结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力相比较，未切割的可活化抗体中的NB使AB结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力降低至少50%，例如至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%、至少100%；和（iv）NB不抑制通过酶的CL切割。例如使用如本文描述的测定或体外靶置换测定，例如例如PCT公开号WO 2009/025846和WO 2010/081173中所述的测定，确定AB结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力中的降低。
在一个实施方案中，可活化抗体包括非结合立体部分（NB）的结合配偶体（BP）；可切割接头（CL）；以及与Jagged 1和Jagged 2特异性结合的抗体或抗体片段（AB），其中BP是当暴露于其时与NB结合的多肽；NB不与AB特异性结合；CL是包括酶底物（S）的多肽；CL这样放置，使得在未切割状态在NB的存在下，NB干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合，并且BP不干扰AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合；并且NB和BP不抑制通过酶的CL切割。在该实施方案的一些实例中，可活化抗体的BP任选与NB结合。在一个实施方案中，NB通过可活化抗体的BP在体内召募。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗Jagged抗体配制为组合物。在这些实施方案的一些中，组合物还包括NB，其中NB与包括BP、CL和AB的可活化抗Jagged抗体共配制。在该实施方案的一些实例中，BP选自白蛋白结合肽、纤维蛋白原结合肽、纤连蛋白结合肽、血红蛋白结合肽、转铁蛋白结合肽、免疫球蛋白结构域结合肽和其他血清蛋白质结合肽。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，NB是可溶性球状蛋白质。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，NB是在血流中循环的蛋白质。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，NB选自白蛋白、纤维蛋白原、纤连蛋白、血红蛋白、转铁蛋白、免疫球蛋白结构域和其他血清蛋白质。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，CL是包括蛋白酶底物（S）的多肽。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，蛋白酶与Jagged 1和/或Jagged 2共定位于组织中，并且当可活化抗体暴露于蛋白酶时，蛋白酶切割可活化抗Jagged抗体中的CL。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，CL是长度最高达50个氨基酸的多肽。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，CL是包括底物（S）的多肽，所述底物具有最高达15个氨基酸的长度，例如长3个氨基酸、长4个氨基酸、长5个氨基酸、长6个氨基酸、长7个氨基酸、长8个氨基酸、长9个氨基酸、长10个氨基酸、长11个氨基酸、长12个氨基酸、长13个氨基酸、长14个氨基酸、或长15个氨基酸。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：NB-CL-AB、AB-CL-NB、BP-CL-AB或AB-CL-BP。在其中可活化抗Jagged抗体包括BP并且可活化抗体在相应NB的存在下的实施方案中，可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：NB:BP-CM-AB或AB-CM-BP:NB，其中“:”表示在NB和BP之间的相互作用，例如结合。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体包括抗体或其抗原结合片段，其特异性结合Jagged 1和Jagged 2，并且是单克隆抗体、结构域抗体、单链、Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scab、dAb、单结构域重链抗体和单结构域轻链抗体。在一些实施方案中，结合Jagged 1和Jagged 2的此类抗体或其免疫活性片段是小鼠、嵌合、人源化或全人单克隆抗体。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体包括选自表2中所示组合的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。在一些实施方案中，可活化抗体包括VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合，其与表2中所示的序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有选自4D11抗体、4B2抗体、4E7抗体、4E11抗体、6B7抗体和6F8抗体的至少一种抗体的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括含有VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3的组合的抗体，其中至少一种CDR序列选自包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括至少氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；包括至少氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；包括至少氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；包括至少氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；包括至少氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和包括至少氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
本发明的抗Jagged抗体包括这样的抗体，其含有包括与氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR1序列；包括与氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CD2序列；包括与氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VH CDR3序列；包括与氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR1序列；包括与氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR2序列；和包括与氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同的序列的VL CDR3序列。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体包括选自表4中列出的组合的可变重链区和可变轻链区组合。在一些实施方案中，可活化抗体包括可变重链区和可变轻链区组合，所述组合与表4中列出的组合至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多相同。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体还包括与AB缀合的试剂。在一些实施方案中，该试剂是治疗试剂。在一些实施方案中，该试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，该试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，该试剂经由接头与AB缀合。在一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，该试剂是选自表30中列出的试剂。在一些实施方案中，该试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是美登素类或美登素类衍生物。在一些实施方案中，该试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，该试剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是卡里奇霉素或其衍生物。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中，可检测部分是诊断试剂。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体还包括间隔物。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体还包括信号肽。在一些实施方案中，信号肽经由间隔物与可活化抗体缀合。在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，间隔物与可活化抗体的MM直接连接。
在任何这些可活化抗Jagged抗体实施方案的一些实例中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少5天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少4天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少3天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少2天。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少24小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少20小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少18小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少16小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少14小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少12小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少10小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少8小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少6小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少4小时。在一些实施方案中，当施用于生物时，可活化抗体的血清半衰期为至少3小时。
本发明还提供了编码任何这些可活化抗Jagged抗体的分离的核酸分子，以及包括这些分离的核酸序列的载体。本发明提供了通过在导致可活化抗体表达的条件下培养细胞来产生可活化抗体的方法，其中所述细胞包含此类核酸序列。在一些实施方案中，该细胞包含此类载体。
含NB可活化抗体针对靶的解离常数（Kd）大于当AB不与NB或NB:BP结合时AB针对靶的Kd。含NB可活化抗体针对靶的解离常数（Kd）大于亲本AB针对靶的Kd。例如，含NB可活化抗体针对靶的Kd比当AB不与NB或NB:BP结合时AB的Kd或亲本AB针对靶的Kd大至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。相反，含NB可活化抗体针对靶的结合亲和力低于当AB不与NB或NB:BP结合时AB的结合亲和力，或低于亲本AB针对靶的结合亲和力。例如，含NB可活化抗体针对靶的结合亲和力比当AB不与NB或NB:BP结合时AB的结合亲和力，或比亲本AB针对靶的结合亲和力低至少5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000或更多倍，或5-10、10-100、10-1,000、10-10,000、10-100,000、10-1,000,000、10-10,000,000、100-1,000、100-10,000、100-100,000、100-1,000,000、100-10,000,000、1,000-10,000、1,000-100,000、1,000-1,000,000、1000-10,000,000、10,000-100,000、10,000-1,000,000、10,000-10,000,000、100,000-1,000,000或100,000-10,000,000倍。
与当AB不与NB或NB:BP结合时AB的特异性结合相比较，当含NB可活化抗体在Jagged 1和/或Jagged 2的存在下时，AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合降低或抑制。与亲本AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合相比较，当含NB可活化抗体在Jagged 1和/或Jagged 2的存在下时，AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合降低或抑制。当在体外和/或体内测量时，当与未与NB或NB:BP结合的AB的结合或亲本AB与Jagged 1和Jagged 2的结合相比较时，含NB可活化抗体结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力降低例如至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或甚至100%，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更久。
与当AB不与NB或NB:BP结合时AB的特异性结合相比较，当含NB可活化抗体在Jagged 1和Jagged 2的存在下但不在存在修饰试剂（例如蛋白酶或其他酶）的情况下，AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合降低或抑制。与亲本AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合相比较，当含NB可活化抗体在Jagged 1和/或Jagged 2的存在下但不在存在修饰试剂（例如蛋白酶、其他酶、还原剂或光）的情况下，AB与Jagged 1和/或Jagged 2的特异性结合降低或抑制。当在体外和/或体内测量时，当与未与NB或NB:BP结合的AB的结合或亲本AB与Jagged 1和/或Jagged 2的结合相比较时，含NB可活化抗体结合Jagged 1和/或Jagged 2的能力降低例如至少50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或甚至100%，持续至少2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84或96小时，或5、10、15、30、45、60、90、120、150或180天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更久。
在任何这些可活化抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体包括与AB缀合的试剂，以产生可活化抗体缀合物。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，该试剂是治疗试剂。在一些实施方案中，该试剂是诊断试剂。在一些实施方案中，该试剂是可检测标记物。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，该试剂是抗肿瘤剂。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，该试剂是毒素或其片段。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，该试剂经由接头与AB缀合。在可活化抗体缀合物的一些实施方案中，接头是可切割接头。在一些实施方案中，该试剂是选自表30中列出的试剂。在一些实施方案中，该试剂是多拉司他汀。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是奥里斯他汀E或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是一甲基奥里斯他汀E（MMAE）。在一些实施方案中，该试剂是美登素类或美登素类衍生物。在一些实施方案中，该试剂是DM1或DM4。在一些实施方案中，该试剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中，该试剂是卡里奇霉素或其衍生物。
在任何这些可活化抗体实施方案的一些实例中，可活化抗体是双重靶结合可活化抗体。此类双重靶结合可活化抗体含有可以结合相同或不同靶的两种Ab。在特异性实施例中，双重靶向可活化抗体含有双特异性抗体或抗体片段。
双重靶结合可活化抗体这样设计，以便具有可通过切割试剂切割的CL，所述切割试剂与靶之一或两者共定位于靶组织中，所述靶能够与可活化抗体的AB结合。具有针对相同或不同靶的多于一种AB的双重靶结合可活化抗体可以这样设计，以便具有多于一种CL，其中第一CL可通过第一靶组织中的切割试剂切割，并且其中第二CL可通过第二靶组织中的切割试剂切割，其中靶中的一种或多种与可活化抗体的AB结合。在一个实施方案中，第一和第二靶组织例如在生物中的不同部位处在空间上分开。在一个实施方案中，第一和第二靶组织是在时间上分开的相同组织，例如在两个不同时间点的相同组织，例如第一时间点是组织为早期肿瘤时，并且第二时间点是组织为晚期肿瘤时。
本发明还提供了编码本文描述的可活化抗体的核酸分子。本发明还提供了包含这些核酸的载体。本文描述的可活化抗体通过在导致可活化抗体表达的条件下培养细胞来产生，其中所述细胞包括这些核酸分子或载体。
本发明还提供了制造可活化抗体的方法。在一个实施方案中，该方法包括步骤：（a）在导致可活化抗体表达的条件下培养包括编码可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包括（i）非结合立体部分（NB）；（ii）可切割接头（CL）；和（iii）与靶特异性结合的抗体或其抗原结合片段（AB），其中（1）NB不与AB特异性结合；（2）CL是包括酶底物（S）的多肽；（3）CL这样放置，使得在未切割状态，NB干扰AB与靶的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与靶的结合；和（4）NB不抑制通过酶的CL切割；和（b）回收可活化抗体。
在另一个实施方案中，该方法包括步骤：（a）在导致可活化抗体表达的条件下培养包括编码可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包括（i）非结合立体部分（NB）的结合配偶体（BP）；（ii）可切割接头（CL）；和（iii）与靶特异性结合的抗体或其抗原结合片段（AB），其中（1）NB不与AB特异性结合；（2）CL是包括酶底物（S）的多肽；（3）CL这样放置，使得在未切割状态，在NB的存在下，NB干扰AB与靶的结合，并且在切割状态，NB不干扰AB与靶的结合，并且BP不干扰AB与靶的结合；和（4）NB和BP不抑制通过酶的CL切割；和（b）回收可活化抗体。在该实施方案的一些实例中，可活化抗体的BP与NB结合。
抗 Jagged 抗体和可活化抗 Jagged 抗体的用途
应当理解依照本发明的治疗实体的施用将与合适载体、赋形剂及其他试剂一起施用，所述试剂掺入制剂内以提供改善的转移、递送、耐受性等等。许多适当制剂可以在所有药物化学家已知的处方集中发现：Remington's Pharmaceutical Sciences（第15版，Mack Publishing Company，Easton，PA（1975）），特别是其中通过Blaug，Seymour的第87章。这些制剂包括例如粉末、糊剂、软膏、凝胶剂、蜡、油、脂质、含脂质（阳离子或阴离子）囊泡（例如LipofectinTM）、DNA缀合物、无水吸收糊剂、水包油和油包水乳状液、乳剂碳蜡（多种分子量的聚乙二醇）、半固体凝胶和含有碳蜡的半固体混合物。任何前述混合物在依照本发明的治疗和疗法中均可以是适当的，条件是制剂中的活性成分不被制剂灭活且制剂与施用途径生理学相容且耐受。关于对药物化学家众所周知的制剂、赋形剂和载体相关的另外信息，还参见Baldrick P. “Pharmaceutical excipient development：the need for preclinical guidance.” Regul. Toxicol Pharmacol. 32（2）:210-8（2000），Wang W. “Lyophilization and development of solid protein pharmaceuticals.” Int. J. Pharm. 203（1-2）:1-60（2000），Charman WN “Lipids，lipophilic drugs，and oral drug delivery-some emerging concepts.” J Pharm Sci.89（8）:967-78（2000），Powell等人“Compendium of excipients for parenteral formulations” PDA J Pharm Sci Technol. 52:238-311（1998）以及其中的引用。
在一个实施方案中，本发明的抗体和/或可活化抗体，其包括本发明的单克隆抗体（例如全人单克隆抗体）和/或可活化抗体，可以用作治疗试剂。此类试剂一般用于诊断、预测、监控、治疗、减轻和/或预防主体中与Jagged 1和/或Jagged 2通过Notch受体的信号传递相关的疾病或病理状态。治疗方案通过使用标准方法鉴定主体来进行，所述主体例如患有（或处于发生其的风险中）病症例如癌症（包括白血病和实体瘤两者）或纤维化病症的人患者或其他哺乳动物。抗体和/或可活化抗体制剂，例如在一些实施方案中，对于其靶抗原具有高特异性和高亲和力的抗体和/或可活化抗体制剂，施用于主体并且一般由于其与靶的结合而具有作用。抗体和/或可活化抗体的施用可以取消或抑制或干扰靶的信号传递功能（例如Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递）。抗体和/或可活化抗体的施用可以取消或抑制或干扰靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）与它天然结合其的内源配体（例如Notch受体）的结合。例如，抗体和/或可活化抗体与靶结合，并且调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1和/或Jagged 2介导的通过Notch受体的信号传递。
一般地，疾病或病症的减轻或治疗涉及与疾病或病症相关的一种或多种症状或医学问题的变小。例如，在癌症的情况下，治疗有效量的药物可以完成下述之一或组合：减少癌细胞数目；减少肿瘤尺寸；抑制（即，减少至一定程度和/或停止）癌细胞浸润到周围器官内；抑制癌症转移；抑制肿瘤生长至一定程度；和/或使与癌症相关的症状中的一种或多种减轻至一定程度。在一些实施方案中，本发明的组合物可以用于预防主体中的疾病或病症的发作或复发，所述主体例如人或其他哺乳动物，例如非人灵长类动物、伴侣动物（例如猫、犬、马）、农场动物、工作动物或动物园动物。术语主体和患者在本文中可互换使用。
本发明的抗体和/或可活化抗体的治疗有效量一般指实现治疗目的所需的量。如上所述，这可以是抗体和/或可活化抗体与其靶抗原之间的结合相互作用，在某些情况下，所述结合相互作用干扰靶的功能。此外，施用所需的量取决于抗体和/或可活化抗体对于其特异性抗原的结合亲和力，并且还取决于施用的抗体和/或可活化抗体从它施用于其他主体的自由体积中耗尽的速率。作为非限制性实例，本发明的抗体和/或抗体片段和/或可活化抗体的治疗有效给药的通常范围可以是约0.1 mg/kg体重至约50 mg/kg体重。通常给药频率的范围可以例如为每天两次到每周一次。
治疗的有效性依照任何已知的诊断或治疗特定炎症相关病症的方法来确定。癌症或纤维化病症的一种或多种症状的减轻指示抗体和/或可活化抗体赋予临床利益。
筛选具有所需特异性的抗体和/或可活化抗体的方法包括但不限于酶联免疫吸附测定（ELISA）和本领域已知的其他免疫介导的技术。
在另一个实施方案中，针对Jagged 1和/或Jagged 2的抗体和/或可活化抗体用于本领域已知的涉及Jagged 1和/或Jagged 2定位和/或定量的方法（例如用于测量适当生理样品内的Jagged 1和/或Jagged 2水平，用于诊断方法，用于使蛋白质成像等等）。在给定实施方案中，对于Jagged 1和/或Jagged 2特异性的抗体和/或可活化抗体或其含有抗体衍生的抗原结合结构域的衍生物、片段、类似物或同源物，用作药理学活性化合物（下文被称为“治疗剂”）。
在另一个实施方案中，对于Jagged 1和/或Jagged 2特异性的抗体和/或可活化抗体通过标准技术用于分离Jagged 1和/或Jagged 2多肽，所述标准技术例如免疫亲和力、色谱法或免疫沉淀。针对Jagged 1和/或Jagged 2的抗体和/或可活化抗体（或其片段）在诊断上用于监控组织的蛋白质水平，作为临床测试操作的部分，例如确定给定治疗方案的功效。检测可以通过使抗体与可检测物质偶联（即，物理连接）得到促进。可检测物质的实例包括多种酶、辅基、荧光材料、发光材料、生物发光材料和放射性材料。合适酶的实例包括辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或乙酰胆碱酯酶；合适辅基复合物的实例包括链霉抗生物素蛋白/生物素和抗生物素蛋白/生物素；合适荧光材料的实例包括伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素、若丹明、二氯三嗪基胺荧光素、丹磺酰氯或藻红蛋白；发光材料的实例包括鲁米诺；生物发光材料的实例包括萤光素酶、萤光素和水母荧光素，并且合适放射性材料的实例包括125I、131I、35S或3H。
在另外一个实施方案中，根据本发明的抗体和/或可活化抗体可以用作检测样品中Jagged 1和/或Jagged 2（或其片段）的存在的试剂。在一些实施方案中，抗体包含可检测标记。抗体是多克隆的，或在一些实施方案中，是单克隆的。使用完整抗体或其片段（例如Fab、scFv或F（ ab ） 2）。就探针或抗体而言的术语“标记的”预期涵盖通过使可检测物质与探针或抗体偶联（即，物理连接）直接标记探针或抗体，以及通过与直接标记的另一种试剂的反应性间接标记探针或抗体。间接标记的实例包括使用荧光标记的二级抗体检测一级抗体，以及用生物素端标记抗体，使得它可以用荧光标记的链霉抗生物素蛋白进行检测。术语“生物样品”预期包括从主体中分离的组织、细胞和生物流体，以及存在于主体中的组织、细胞和流体。因此，在术语“生物样品”的使用内包括的是血液和血液级分或组分，包括血清、血浆或淋巴。即，本发明的检测方法可以用于在体外以及在体内检测生物样品中的蛋白质。例如，用于检测分析物蛋白质的体外技术包括酶联免疫吸附测定（ELISA）、蛋白质印迹、免疫沉淀和免疫荧光。用于进行免疫测定的操作例如在“ELISA：Theory and Practice：Methods in Molecular Biology”，第42卷，J. R. Crowther（编辑）Human Press，Totowa，NJ，1995；“Immunoassay”，E. Diamandis and T. Christopoulus，Academic Press，Inc.，San Diego，CA，1996；和“Practice and Theory of Enzyme Immunoassays”，P. Tijssen，Elsevier Science Publishers，Amsterdam，1985中描述。此外，用于检测分析物蛋白质的体内技术包括将标记的抗分析物蛋白质抗体引入主体内。例如，抗体可以用放射性标记物进行标记，所述放射性标记物在主体中的存在和位置可以通过标准成像技术进行检测。
本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体还用于多种诊断和预防制剂中。在一个实施方案中，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体施用于处于发生上述癌症或纤维化病症中的一种或多种的风险中的患者。患者或器官对上述病症中的一种或多种的易感性可以使用基因型、血清学或生物化学标记物进行确定。
在本发明的另一个实施方案中，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体施用于诊断有临床适应症的人个体，所述临床适应症与上述病症中的一种或多种相关。在诊断后，施用抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体，以缓和或逆转临床适应症的效应。
本发明的抗体和/或可活化抗体还用于检测患者样品中的Jagged 1和/或Jagged 2，并且相应地用作诊断剂。例如，本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体用于体外测定例如ELISA中，以检测患者样品中的Jagged 1和/或Jagged 2水平。
在一个实施方案中，本发明的抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体固定到固体支持物（例如微量滴定板的一个或多个孔）上。固定的抗体和/或可活化抗体充当可以存在于测试样品中的任何Jagged 1和/或Jagged 2的捕获抗体。在使固定抗体与患者样品接触前，将固体支持物清洗且用封闭剂例如乳蛋白质或白蛋白处理，以阻止分析物的非特异性吸附。
随后，用怀疑含有抗原的测试样品或含有标准量抗原的溶液处理孔。此类样品是例如来自怀疑具有循环抗原水平的主体的血清样品，所述循环抗原水平视为病理状态的诊断。在清洗掉测试样品或标准品后，用可检测标记的二级抗体处理固体支持物。标记的二级抗体充当检测抗体。测量可检测标记的水平，并且通过与由标准样品开发的标准曲线比较，来确定测试样品中的Jagged抗原浓度。
应当理解基于在体外诊断测定中使用本发明的抗Jagged抗体获得的结果，能够基于Jagged抗原的表达水平给主体中的疾病分期。对于给定疾病，血液样品得自诊断为处于疾病进展的不同阶段，和/或在疾病的治疗性处理的不同点的主体。使用提供关于进展或治疗每个阶段的统计学显著结果的样品群体，指定可以视为每个阶段特征性的抗原浓度范围。
抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体还可以用于诊断和/或成像方法中。在一些实施方案中，此类方法是体外方法。在一些实施方案中，此类方法是体内方法。在一些实施方案中，此类方法是原位方法。在一些实施方案中，此类方法是先体外后体内方法。例如，具有可酶促切割的CM的可活化抗Jagged抗体可以用于检测能够切割CM的酶的存在或不存在。此类可活化抗Jagged抗体可以用于诊断学中，其可以包括经由测量的在给定宿主生物的给定细胞或组织中的活化的抗Jagged抗体（即产生于可活化抗Jagged抗体切割的抗体）累积，在体内检测（例如定性或定量）酶活性（或者在一些实施方案中，增加的还原电位的环境例如可以提供二硫键还原的那种）。此类活化的抗Jagged抗体累积不仅指示该组织表达酶促活性（或取决于CM的性质，增加的还原电位），还指示该组织表达活化的抗体与之结合的靶。
例如，CM可以选择为在下述部位处发现的蛋白酶的蛋白酶底物：肿瘤部位、在生物学约束部位处（例如在腹水、器官等等中）的病毒或细菌感染部位等等。AB可以是结合靶抗原的AB。使用本领域技术人员熟悉的方法，可检测标记（例如荧光标记或放射性标记或放射性示踪剂）可以缀合至抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体的AB或其他区。合适的可检测标记在上文筛选方法的背景下讨论，并且另外的具体实例在下文提供。使用对于疾病状态的蛋白质或肽特异性的AB，连同其活性在目的疾病组织中升高的蛋白酶，相对于其中CM特异性酶不以可检测水平存在或以低于疾病组织的水平存在或为失活的（例如以酶原形式或与抑制剂复合）的组织，可活化抗Jagged抗体将显示出与疾病组织的结合速率增加。因为小蛋白质和肽通过肾过滤系统从血液中快速清除，并且因为对于CM特异性的酶不以可检测水平存在（或在非疾病组织中以更低水平存在或以失活构象存在），所以活化的抗Jagged抗体在疾病组织中的累积相对于非疾病组织增强。
在另一个实例中，可活化抗Jagged抗体可以用于检测样品中切割试剂的存在或不存在。例如，当可活化抗Jagged抗体含有对通过酶切割敏感的CM时，可活化抗Jagged抗体可以用于检测（定性或定量）样品中酶的存在。在另一个实例中，当可活化抗Jagged抗体含有对通过还原剂切割敏感的CM时，可活化抗Jagged抗体可以用于检测（定性或定量）样品中还原条件的存在。为了促进这些方法中的分析，可活化抗体可以是可检测标记的，并且可以与支持物（例如固体支持物，例如载玻片或珠）结合。可检测标记可以置于在切割后不释放的可活化抗Jagged抗体的部分上，例如可检测标记可以是猝灭的荧光标记或直到切割已发生才可检测的其他标记。测定可以通过例如下述进行：使固定的可检测标记的可活化抗Jagged抗体与怀疑含有酶和/或还原剂的样品接触足以使切割发生的时间，随后洗涤以去除过量样品和污染物。随后通过在与样品接触前可活化抗Jagged抗体的可检测信号变化，例如由于可活化抗体通过样品中的切割试剂的切割，可检测信号的存在和/或增加，来评价样品中切割试剂（例如酶或还原剂）的存在或不存在。
此类检测方法可以进行修改，以另外提供靶的存在或不存在的检测，当被切割时，所述靶能够结合可活化抗Jagged抗体的AB。因此，测定可以进行修改，以评价切割试剂的存在或不存在和目的靶的存在或不存在。切割试剂的存在或不存在可以通过如上所述的可活化抗Jagged抗体的可检测标记的存在和/或增加进行检测，并且靶的存在或不存在可以通过例如经由使用可检测标记的抗靶抗体检测靶-AB复合物进行检测。
可活化抗Jagged抗体还用于原位成像用于验证可活化抗体活化，例如通过蛋白酶切割和与特定靶的结合。原位成像是允许定位生物样品中的蛋白酶解活性和靶的技术，所述生物样品例如细胞培养物或组织切片。使用该技术，基于可检测标记（例如荧光标记）的存在，能够证实与给定靶的结合和蛋白酶解活性两者。
这些技术对衍生自疾病部位（例如肿瘤组织）或健康组织的任何冷冻细胞或组织有用。这些技术还对于新鲜细胞或组织样品有用。
在这些技术中，可活化抗Jagged抗体用可检测标记进行标记。可检测标记可以是荧光染料（例如荧光团、异硫氰酸荧光素（FITC）、若丹明异硫氰酸酯（TRITC）、Alexa Fluor®标记）、近红外（NIR）染料（例如Qdot®纳米晶体）、胶态金属、半抗原、放射性标记物、生物素和扩增试剂如链霉抗生物素蛋白或酶（例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶）。
已与标记的可活化抗Jagged抗体一起温育的样品中的标记检测指示样品含有靶，即Jagged 1和/或Jagged 2，并且含有对于可活化抗Jagged抗体的CM特异性的蛋白酶。在一些实施方案中，蛋白酶的存在可以使用广谱蛋白酶抑制剂例如本文描述的那些加以证实，和/或通过使用对于蛋白酶特异性的试剂例如抗体例如A11加以证实，所述A11对于蛋白酶matriptase（MT-SP1）是特异性的，并且抑制MT-SP1的蛋白酶解活性；参见例如于2010年11月11日公开的国际公开号WO 2010/129609。使用广谱蛋白酶抑制剂例如本文描述的那些和/或通过使用更选择性的抑制试剂的相同方法，可以用于鉴定对于可活化抗Jagged抗体的CM特异性的蛋白酶或蛋白酶类别。在一些实施方案中，靶的存在可以使用对于靶特异性的试剂，例如另一种抗Jagged 1和/或抗Jagged 2抗体加以证实，或可检测标记可以与未标记的Jagged 1和/或Jagged 2竞争。在一些实施方案中，可以使用未标记的可活化抗Jagged抗体，其中通过标记的二级抗体或更复杂的检测系统检测。
类似技术还用于体内成像，其中主体例如哺乳动物包括人中的荧光信号检测指示疾病部位含有靶，即Jagged 1和/或Jagged 2，并且含有对于可活化抗Jagged抗体的CM特异性的蛋白酶。
基于可活化抗Jagged抗体中的蛋白酶特异性CM，这些技术还用于试剂盒中和/或用作多种细胞、组织和生物中的蛋白酶活性检测、鉴定或表征的试剂。
本发明提供了在多种诊断和/或预防适应症中使用抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体的方法。例如，本发明提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂和目的靶的存在或不存在的方法：（i）使主体或样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中所述可活化抗Jagged抗体包含掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合目的靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割、非活化状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列，并且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；和（b）其中在未切割、非活化状态，MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且在切割、活化状态，MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合；和（ii）测量主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或样品中，并且其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或样品中。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂的存在或不存在的方法：（i）在目的Jagged靶例如Jagged 1和/或Jagged 2的存在下，使主体或样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中所述可活化抗Jagged抗体包含掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合目的靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割、非活化状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列，并且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；和（b）其中在未切割、非活化状态，MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且在切割、活化状态，MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合；和（ii）测量主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂存在于主体或样品中，并且其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂不存在和/或不充分存在于主体或样品中。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测主体或样品中切割试剂和目的Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少可活化抗Jagged抗体，其包含掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合目的靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割、非活化状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列，并且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；和（b）其中在未切割、非活化状态，MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且在切割、活化状态，MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合；和（ii）测量主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂存在于主体或样品中，并且其中在主体或样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂不存在和/或不充分存在于主体或样品中。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂的存在或不存在的方法：（i）使主体或样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中所述可活化抗Jagged抗体包含掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、特异性结合Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）的抗原结合结构域（AB）以及可检测标记，其中处于未切割、非活化状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列，并且不是AB的天然结合配偶体的修饰形式；其中在未切割、非活化状态，MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且在切割、活化状态，MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合；并且其中可检测标记置于在CM切割后释放的可活化抗Jagged抗体的部分上；和（ii）测量主体或样品中的可检测标记水平，其中在主体或样品中可检测标记的可检测水平指示切割试剂不存在和/或不充分存在于主体或样品中，并且其中在主体或样品中的可检测标记的无法检测水平指示切割试剂存在于主体或样品中。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测主体或样品中切割试剂和目的Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括用于接触主体或生物样品的至少本文描述的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体（例如治疗试剂与之缀合的可活化抗体），和用于检测主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体水平的工具，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或生物样品中，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的Jagged靶结合和/或蛋白酶切割。
本发明还提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂的存在或不存在的方法：（i）在Jagged靶的存在下，使主体或生物样品与可活化抗Jagged抗体接触，和（ii）测量主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂存在于主体或生物样品中，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂不存在和/或不以可检测水平充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的蛋白酶切割。此类可活化抗Jagged抗体包括掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割（即非活化）状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；和（b）其中处于未切割状态的可活化抗Jagged抗体的MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且处于切割（即活化）状态的可活化抗Jagged抗体的MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可检测标记连接至掩蔽部分。在一些实施方案中，可检测标记连接至对于蛋白酶切割位点N末端的可切割部分。在一些实施方案中，AB的单一抗原结合位点被掩蔽。在其中公开内容的抗体具有至少两个抗原结合位点的一些实施方案中，至少一个抗原结合位点被掩蔽，并且至少一个抗原结合位点不被掩蔽。在一些实施方案中，所有抗原结合位点被掩蔽。在一些实施方案中，测量步骤包括使用包含可检测标记的二级试剂。
本发明还提供了用于检测主体或样品中切割试剂和目的Jagged靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少本文描述的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体，用于在Jagged靶的存在下，使主体或生物样品与可活化抗Jagged抗体接触，且测量主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂存在于主体或生物样品中，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂不存在和/或不以可检测水平充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的蛋白酶切割。此类可活化抗Jagged抗体包括掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割（即非活化）状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；和（b）其中处于未切割状态的可活化抗Jagged抗体的MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且其中处于切割（即活化）状态的可活化抗Jagged抗体的MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可检测标记连接至掩蔽部分。在一些实施方案中，可检测标记连接至对于蛋白酶切割位点N末端的可切割部分。在一些实施方案中，AB的单一抗原结合位点被掩蔽。在其中公开内容的抗体具有至少两个抗原结合位点的一些实施方案中，至少一个抗原结合位点被掩蔽，并且至少一个抗原结合位点不被掩蔽。在一些实施方案中，所有抗原结合位点被掩蔽。在一些实施方案中，测量步骤包括使用包含可检测标记的二级试剂。
本发明还提供了用于检测主体或样品中切割试剂的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括用于接触主体或生物样品的至少本文描述的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体，和用于检测主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体水平的工具，其中可活化抗Jagged抗体包括可检测标记，其置于在CM切割后释放的可活化抗Jagged抗体的部分上，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂不存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的Jagged靶结合和/或蛋白酶切割，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的无法检测水平指示切割试剂以可检测水平存在于主体或生物样品中。
本发明提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂和Jagged靶的存在或不存在的方法：（i）使主体或生物样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中可活化抗Jagged抗体包括可检测标记，其置于在CM切割后释放的可活化抗Jagged抗体的部分上，和（ii）测量主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体水平，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的Jagged靶结合和/或蛋白酶切割，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平降低指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或生物样品中。可检测标记的水平降低是例如约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%的降低。此类可活化抗Jagged抗体包括掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割（即非活化）状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；和（b）其中处于未切割状态的可活化抗Jagged抗体的MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且处于切割（即活化）状态的可活化抗Jagged抗体的MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测主体或样品中切割试剂和目的Jagged靶的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括用于接触主体或生物样品的至少本文描述的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体，和用于检测主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体水平的工具，其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的Jagged靶结合和/或蛋白酶切割，并且其中在主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体的可检测水平降低指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或生物样品中。可检测标记的水平降低是例如约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%的降低。
本发明还提供了通过下述检测主体或样品中切割试剂的存在或不存在的方法：（i）使主体或生物样品与可活化抗Jagged抗体接触，其中可活化抗Jagged抗体包括可检测标记，其置于在CM切割后释放的可活化抗Jagged抗体的部分上；和（ii）测量主体或生物样品中的可检测标记水平，其中在主体或生物样品中可检测标记的可检测水平指示切割试剂不以可检测水平存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的蛋白酶切割，并且其中在主体或生物样品中可检测标记的可检测水平降低指示切割试剂存在于主体或生物样品中。可检测标记的水平降低是例如约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%的降低。此类可活化抗Jagged抗体包括掩蔽部分（MM）、通过切割试剂切割的可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged靶的抗原结合结构域或其片段（AB），其中处于未切割（即非活化）状态的可活化抗Jagged抗体包含如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM；（a）其中所述MM是抑制AB与Jagged靶结合的肽，并且其中所述MM不具有AB的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列；和（b）其中处于未切割状态的可活化抗Jagged抗体的MM干扰AB与Jagged靶的特异性结合，并且处于切割（即活化）状态的可活化抗Jagged抗体的MM不干扰AB与Jagged靶的特异性结合或与AB竞争与Jagged靶的特异性结合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
本发明还提供了用于检测主体或样品中目的切割试剂的存在或不存在的方法中的试剂盒，其中所述试剂盒包括用于接触主体或生物样品的至少本文描述的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体，和用于检测主体或生物样品中活化的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体水平的工具，其中可活化抗Jagged抗体包括可检测标记，其置于在CM切割后释放的可活化抗Jagged抗体的部分上，其中在主体或生物样品中可检测标记的可检测水平指示切割试剂、Jagged靶或切割试剂和Jagged靶两者不存在和/或不充分存在于主体或生物样品中，使得在主体或生物样品中无法检测到可活化抗Jagged抗体的Jagged靶结合和/或蛋白酶切割，并且其中在主体或生物样品中可检测标记的可检测水平降低指示切割试剂和Jagged靶存在于主体或生物样品中。可检测标记的水平降低是例如约5%、约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%和/或约100%的降低。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包括可检测标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可检测标记包括显像剂、造影剂、酶、荧光标记、生色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，显像剂包含放射性同位素。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，放射性同位素是铟或锝。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，造影剂包含碘、钆或氧化铁。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，荧光标记包含黄色荧光蛋白（YFP）、青色荧光蛋白（CFP）、绿色荧光蛋白（GFP）、经修饰的红色荧光蛋白（mRFP）、红色荧光蛋白tdimer2（RFP tdimer2）、HCRED或铕衍生物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，发光标记包含N-甲基吖啶鎓衍生物。在这些方法的一些实施方案中，标记包含Alexa Fluor®标记例如Alex Fluor® 680或Alexa Fluor® 750。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或者一种或多种半抗原。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，主体是哺乳动物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，主体是人。在一些实施方案中，主体是非人哺乳动物，例如非人灵长类动物、伴侣动物（例如猫、犬、马）、农场动物、工作动物或动物园动物。在一些实施方案中，主体是啮齿类动物。
在这些方法的一些实施方案中，方法是体内方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是原位方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是先体外后体内方法。在这些方法的一些实施方案中，方法是体外方法。
在一些实施方案中，原位成像和/或体内成像用于鉴定治疗哪些患者的方法中。例如，在原位成像中，可活化抗Jagged抗体用于筛选患者样品，以鉴定在适当位置例如肿瘤部位处具有一种或多种适当蛋白酶和一种或多种靶的那些患者。
在一些实施方案中，原位成像用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的可活化抗Jagged抗体治疗的患者群体。例如，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割待测试的可活化抗Jagged抗体（例如在疾病部位处累积活化抗体）的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。同样地，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割待使用这些方法测试的可活化抗体的CM中的底物）任一或两者测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。在一些实施方案中，就第一可活化抗Jagged抗体测试阴性的此类患者可以用包含不同CM的其他可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体）。
在一些实施方案中，体内成像用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的可活化抗Jagged抗体治疗的患者群体。例如，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割待测试的可活化抗Jagged抗体（例如在疾病部位处累积活化抗体）的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。同样地，测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。在一些实施方案中，就第一可活化抗Jagged抗体测试阴性的此类患者可以用包含不同CM的其他可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体）。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，方法或试剂盒用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的可活化抗Jagged抗体治疗的患者群体。例如，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割在这些方法中待测试的可活化抗Jagged抗体的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。同样地，对于靶（例如Jagged 1和Jagged 2）和蛋白酶（其切割待使用这些方法测试的可活化抗体的CM中的底物）两者测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。在一些实施方案中，此类患者可以用其他可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体）。在一些实施方案中，对于靶中任一（例如Jagged 1或Jagged 2）测试阴性的患者鉴定为用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。在一些实施方案中，对于靶中任一（例如Jagged 1或Jagged 2）测试阴性的患者鉴定为不是用包含此类CM的此类可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人。在一些实施方案中，此类患者可以用其他可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体）。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体是治疗试剂与之缀合的可活化抗Jagged抗体。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体不与试剂缀合。在一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记位于AB上。在一些实施方案中，测量主体或样品中的可活化抗Jagged抗体水平使用与活化抗体特异性结合的二级试剂来完成，其中所述试剂包含可检测标记。在一些实施方案中，二级试剂是包含可检测标记的抗体。
在一些实施方案中，方法或试剂盒用于鉴定或以其他方式细化适合于用公开内容的抗Jagged可活化抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体（例如治疗试剂与之缀合的可活化抗体）治疗的患者群体，随后为通过给有此需要的主体施用该可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体的治疗。例如，对于靶（例如Jagged 1和Jagged 2）和蛋白酶（其切割在这些方法中待测试的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体的可切割部分（CM）中的底物）两者测试阳性的患者鉴定为用包含此类CM的此类抗体和/或此类缀合的可活化抗Jagged抗体治疗的合适候选人，并且随后给患者施用治疗有效量的被测试的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体。同样地，对于靶（例如Jagged 1和/或Jagged 2）和蛋白酶（其切割待使用这些方法测试的可活化抗Jagged抗体的CM中的底物）中的任一或两者测试阴性的患者可以鉴定为另一种治疗形式的合适候选人。在一些实施方案中，此类患者可以用其他抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体进行测试，直至鉴定用于治疗的合适抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体（例如包含在疾病部位处通过患者切割的CM的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体）。在一些实施方案中，随后给患者施用治疗有效量的患者对于其测试阳性的可活化抗Jagged抗体和/或缀合的可活化抗Jagged抗体。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，MM是具有约4至40个氨基酸的长度的肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含接头肽，其中所述接头肽位于MM和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含接头肽，其中所述接头肽位于AB和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，可活化抗Jagged抗体包含第一接头肽（L1）和第二接头肽（L2），其中所述第一接头肽位于MM和CM之间，并且所述第二接头肽位于AB和CM之间。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2各自是长度约1至20个氨基酸的肽，并且其中L1和L2各自无需是相同接头。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2之一或两者包含甘氨酸-丝氨酸聚合物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含选自(GS)n、和的氨基酸序列，其中n为至少一的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含具有式（GGS）n的氨基酸序列，其中n为至少一的整数。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，L1和L2中的至少一个包含选自、、、、和的氨基酸序列。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含选自本文呈现的交叉反应性抗Jagged抗体序列的抗体或抗体片段序列。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，AB包含Fab片段、scFv或单链抗体（scAb）。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，切割试剂是与Jagged靶共定位于主体或样品中的蛋白酶，并且所述CM是充当蛋白酶底物的多肽，其中当可活化抗Jagged抗体暴露于蛋白酶时，所述蛋白酶切割可活化抗Jagged抗体中的CM。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM是长度最高达15个氨基酸的多肽。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的N末端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的C末端偶联。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，CM与AB的VL链的N末端偶联。
在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，切割试剂是酶，并且CM是酶的底物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，酶是本文公开的蛋白酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，蛋白酶是本文公开的蛋白酶之一。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中，蛋白酶选自uPA、豆荚蛋白、MT-SP1、ADAM17、BMP-1、TMPRSS3、TMPRSS4、MMP-9、MMP-12、MMP-13和MMP-14。在一些实施方案中，蛋白酶是组织蛋白酶。
抗 Jagged 抗体的治疗施用和制剂
应当理解依照本发明的治疗实体的施用将与合适载体、赋形剂及其他试剂一起施用，所述其他试剂掺入制剂内以提供改善的转移、递送、耐受性等等。许多适当制剂可以在所有药物化学家已知的处方集中发现：Remington's Pharmaceutical Sciences（第15版，Mack Publishing Company，Easton，PA（1975）），特别是其中通过Blaug，Seymour的第87章。这些制剂包括例如粉末、糊剂、软膏、凝胶剂、蜡、油、脂质、含脂质（阳离子或阴离子）囊泡（例如LipofectinTM）、DNA缀合物、无水吸收糊剂、水包油和油包水乳剂、乳剂碳蜡（多种分子量的聚乙二醇）、半固体凝胶和含有碳蜡的半固体混合物。任何前述混合物在依照本发明的治疗和疗法中均可以是适当的，条件是制剂中的活性成分不被制剂失活且制剂与施用途径生理学相容且耐受。关于对药物化学家众所周知的制剂、赋形剂和载体相关的另外信息，还参见Baldrick P. “Pharmaceutical excipient development：the need for preclinical guidance.” Regul. Toxicol Pharmacol. 32（2）:210-8（2000），Wang W. “Lyophilization and development of solid protein pharmaceuticals.” Int. J. Pharm. 203（1-2）:1-60（2000），Charman WN “Lipids，lipophilic drugs，and oral drug delivery-some emerging concepts.” J Pharm Sci.89（8）:967-78（2000），Powell等人“Compendium of excipients for parenteral formulations” PDA J Pharm Sci Technol. 52:238-311（1998）以及其中的引用。
在一些实施方案中，用于治疗癌症或纤维化病症的抗Jagged抗体、可活化抗Jagged抗体和抗Jagged抗体组合物与一种或多种另外的试剂或另外试剂的组合结合施用。合适的另外试剂包括目前用于预期应用的药剂和/或手术疗法。例如，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体可以与另外的化学治疗剂或抗肿瘤剂结合使用。例如，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂配制成单一治疗组合物，并且抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂同时施用。可替代地，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂彼此分开，例如各自配制成分开的治疗组合物，并且抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂同时施用，或抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂在治疗方案期间的不同时间施用。例如，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体在另外的试剂施用前施用，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体在另外的试剂施用后施用，或抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂以交替方式施用。如本文描述的，抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体和另外的试剂以单一剂量或多个剂量施用。
在一些实施方案中，另外的试剂与抗Jagged抗体和/或可活化抗Jagged抗体偶联或以其他方式连接。
合适的另外试剂根据预期应用的目的（即，杀死、预防细胞增殖、激素疗法或基因疗法）加以选择。此类试剂可以包括但不限于例如药物试剂、毒素、毒素片段、烷化剂、酶、抗生素、抗代谢物、抗增殖剂、激素、神经递质、DNA、RNA、siRNA、寡核苷酸、反义RNA、适体、诊断剂、不透射线染料、放射性同位素、荧光化合物、磁性标签、纳米颗粒、标记物化合物、凝集素、改变细胞膜通透性的化合物、光化学化合物、小分子、脂质体、胶束、基因治疗载体、病毒载体等等。最后，可以使用试剂的组合或不同类别试剂的组合。
本发明的抗体和/或可活化抗体（在本文中也称为“活性化合物”）及其衍生物、片段、类似物和同源物，可以掺入适合于施用的药物组合物内。制备此类组合物涉及的原则和考虑以及组分选择中的指导例如在Remington's Pharmaceutical Sciences：The Science And Practice Of Pharmacy第19版（Alfonso R. Gennaro,等人，编辑）Mack Pub. Co.，Easton，Pa. ：1995；Drug Absorption Enhancement ：Concepts，Possibilities，Limitations，And Trends，Harwood Academic Publishers，Langhorne，Pa.，1994；和Peptide And Protein Drug Delivery（Advances In Parenteral Sciences，第4卷），1991，M. Dekker，New York中提供。
此类组合物通常包含抗体和药学上可接受的载体。当可活化抗体包括AB结构域的片段时，可以使用与靶蛋白质的结合结构域特异性结合的AB的最小片段。例如，基于抗体的可变区序列，可以设计保留AB结合靶蛋白质序列的能力的肽分子。此类肽可以化学合成和/或通过重组DNA技术产生。（参见例如Marasco等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，90：7889-7893（1993））。
如本文使用的，术语“药学上可接受的载体”预期包括与药物施用相容的任何和所有溶剂、分散介质、涂层、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等等。合适的载体在Remington's Pharmaceutical Sciences的最新版本中描述，这是本领域的标准参考书，其通过引用并入本文。此类载体或稀释剂的合适实例包括但不限于水、盐水、林格氏溶液、右旋糖溶液和5%人血清白蛋白。还可以使用脂质体和非含水媒介物例如不挥发性油。此类介质和试剂用于药学活性物质的用途是本领域众所周知的。只要任何常规介质或试剂与活性化合物相容，就考虑它在组合物中的使用。
待用于体内施用的制剂必须是无菌的。这通过经由无菌滤膜过滤容易地完成。
本发明的药物组合物配制为与其预期施用途径相容。施用途径的实例包括肠胃外例如静脉内、真皮内、皮下、口服（例如吸入）、经皮（即，局部）、经粘膜和直肠施用。用于肠胃外、真皮内或皮下应用的溶液或悬浮液可以包括下述组分：无菌稀释剂例如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成溶剂；抗菌剂例如苄醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂例如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂例如乙二胺四乙酸（EDTA）；缓冲剂例如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐和调整张力的试剂例如氯化钠或右旋糖。pH可以用酸或碱例如盐酸或氢氧化钠进行调整。肠胃外制剂可以封入由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性使用的注射器或多剂量小瓶内。
适合于注射使用的药物组合物包括无菌水溶液（当水溶性时）或分散体和用于临时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉末。对于静脉内施用，合适载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM（BASF，Parsippany，N.J.）或磷酸盐缓冲盐水（PBS）。在所有情况下，组合物均必须是无菌的并且应流动至存在容易注射性的程度。它在制造和贮存条件下必须是稳定的，并且必须针对微生物例如细菌和真菌的污染作用进行防腐。载体可以是包含例如水、乙醇、多元醇（例如甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等等）及其合适混合物的溶剂或分散介质。适当流动性可以例如通过下述得到维持：使用涂层例如卵磷脂，在分散体的情况下维持所需粒径和使用表面活性剂。微生物作用的预防可以通过多种抗菌剂和抗真菌剂（例如对羟基苯甲酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等等）来实现。在许多情况下，在组合物中包括等渗剂将是合适的，所述等渗剂例如糖、多元醇例如甘露醇、山梨糖醇、氯化钠。可注射组合物的延长吸收可以通过在组合物中包括延迟吸收的试剂来实现，所述试剂例如单硬脂酸铝和明胶。
无菌可注射溶液可以通过下述进行制备：根据需要，将所需量的活性化合物与上文列举成分之一或组合一起掺入适当溶剂中，随后为过滤灭菌。一般地，通过将活性化合物掺入无菌媒介物内制备分散体，所述无菌媒介物含有基本分散介质和来自上文列举那些的所需其他成分。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下，制备方法是真空干燥和冷冻干燥，其获得来自其先前无菌过滤溶液的活性成分加上任何另外所需成分的粉末。
口服组合物一般包括惰性稀释剂或可食用载体。它们可以封入明胶胶囊中或压缩成片剂。为了口服治疗施用的目的，活性化合物可以与赋形剂一起掺入，并且以片剂、含片或胶囊的形式使用。口服组合物还可以使用流体载体进行制备用作漱口药，其中流体载体中的化合物口服应用且漱洗(swish)且吐出或吞咽。药学相容的结合试剂和/或佐剂材料可以作为组合物的部分被包括。片剂、丸剂、胶囊、含片等等可以含有任何下述成分或相似性质的化合物：粘合剂例如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶；赋形剂例如淀粉或乳糖，崩解剂例如海藻酸、Primogel或玉米淀粉；润滑剂例如硬脂酸镁或Sterotes；助流剂例如胶体二氧化硅；甜味剂例如蔗糖或糖精；或者调味剂例如薄荷、水杨酸甲酯或橙调味料。
对于通过吸入施用，化合物以来自增压容器或分配器或喷雾器的气溶胶喷雾形式递送，所述增压容器或分配器含有合适推进剂，例如气体例如二氧化碳。
全身施用还可以通过经粘膜或经皮方式。对于经粘膜或经皮施用，对待穿透的障碍适当的穿透剂用于制剂中。此类穿透剂是本领域一般已知的，并且对于经粘膜施用，包括例如去污剂、胆汁盐和夫西地酸衍生物。经粘膜施用可以通过使用鼻腔喷雾或栓剂来完成。对于经皮施用，将化学化合物配制成如本领域一般已知的软膏、药膏、凝胶或乳膏。
化合物还可以以用于直肠递送的栓剂（例如具有常规栓剂基质例如可可脂及其他甘油酯）或保留灌肠剂的形式制备。
在一个实施方案中，用保护化合物免于从机体中快速消除的载体制备活性化合物，例如持续/控制释放制剂，包括埋植剂和微胶囊化的递送系统。可以使用生物可降解、生物相容性聚合物，例如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备此类制剂的方法对于本领域技术人员将是显而易见的。
例如，活性成分可以诱陷在微胶囊、胶体药物递送系统（例如脂质体、白蛋白微球体、微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊）或粗乳液中，所述微胶囊例如分别通过凝聚技术或界面聚合法进行制备，例如羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚-（甲基丙烯酸甲酯）微胶囊。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适实例包括含有抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质，所述基质采取成形物品例如薄膜或微胶囊的形式。持续释放基质的实例包括聚酯、水凝胶（例如聚（2-羟乙基-甲基丙烯酸酯）或聚（乙烯醇））、聚交酯（美国专利号3,773,919）、L-谷氨酸和γ乙基-L-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯乙酸乙烯酯、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物例如LUPRON DEPOTTM（由乳酸-乙醇酸共聚物和乙酸亮丙瑞林构成的可注射微球体）和聚-D(-)- 3-羟基丁酸。虽然聚合物例如乙烯乙酸乙烯酯和乳酸-乙醇酸允许超过100天的分子释放，但某些水凝胶使蛋白质释放更短时间段。
材料还可以从Alza Corporation and Nova Pharmaceuticals，Inc商业获得。脂质体悬浮液（包括具有针对病毒抗原的单克隆抗体的靶向受感染细胞的脂质体）也可以用作药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法例如如美国专利号4,522,811中所述进行制备。
尤其有利的是将口服或肠胃外组合物以剂量单位形式配制用于容易施用和剂量的一致性。如本文使用的剂量单位形式指作为用于待治疗主体的单元剂量合适的物理上不连续的单位；每个单位含有与所需药学载体结合的计算为产生所需疗效的预定数量的活性化合物。本发明的剂量单位形式的规格通过下述指定且直接依赖于下述：活性化合物的独特特征和待实现的具体疗效，以及此类用于治疗个体的活性化合物配药领域固有的局限性。
药物组合物可以连同施用说明书一起包括在容器、包或分配器中。
制剂还可以含有待治疗的具体适应症所需的多于一种活性化合物，例如具有不会不利地影响彼此的互补活性的那些。可替代地或另外地，组合物可以包含增强其功能的试剂，例如细胞毒素剂、细胞因子、化学治疗剂或生长抑制试剂。此类分子适当地以对于预期目的有效的量存在于组合中。
在一个实施方案中，活性化合物在组合疗法中施用，即与用于治疗病理学状况或病症（例如自身免疫疾病症和炎性疾病）的其他试剂例如治疗试剂组合。在该背景下的术语“组合”意指试剂同时或顺次地基本上同时间给予。如果顺次给予，则在第二化合物施用开始时，两种化合物中的第一种在治疗部位处仍可以有效浓度检测到。
例如，组合疗法可以包括与一种或多种另外的治疗试剂共配制和/或共施用的本发明的一种或多种抗体，所述一种或多种另外的治疗试剂例如一种或多种细胞因子和生长因子抑制剂、免疫抑制剂、抗炎剂、代谢抑制剂、酶抑制剂和/或细胞毒素剂或细胞生长抑制剂，如下文更详细地描述的。此外，本文描述的一种或多种抗体可以与本文描述的治疗试剂中的两种或更多种组合使用。此类组合疗法可以有利地利用施用的治疗试剂的更低剂量，因此避免与多种单一疗法相关的可能毒性或并发症。
在其他实施方案中，本发明的一种或多种抗体可以与一种或多种抗炎药、免疫抑制剂或者代谢或酶促抑制剂共配制和/或共施用。可以与本文描述的抗体组合使用的药物或抑制剂的非限制性实例包括但不限于下述中的一种或多种：一种或多种非甾体抗炎药（NSAID）例如布洛芬、替尼达普、萘普生、美洛昔康、吡罗昔康、双氯芬酸和吲哚美辛；柳氮磺胺吡啶；皮质类固醇例如泼尼松龙；一种或多种细胞因子抑制性抗炎药（CSAID）；核苷酸生物合成抑制剂，例如嘌呤生物合成抑制剂、叶酸拮抗剂（例如氨甲蝶呤（N-[4-[[（2,4-二氨基-6-蝶啶基）甲基]甲氨基]苯甲酰基] -L-谷氨酸）；和嘧啶生物合成抑制剂，例如二氢乳清酸脱氢酶（DHODH）抑制剂。用于与本发明的抗体组合的合适治疗试剂包括NSAID、CSAID、（DHODH）抑制剂（例如来氟米特）和叶酸拮抗剂（例如氨甲蝶呤）。
另外抑制剂的实例包括下述中的一种或多种：皮质类固醇（口服、吸入和局部注射）；免疫抑制剂，例如环孢素、他克莫司（FK-506）；和mTOR抑制剂，例如西罗莫司（雷帕霉素 - RAPAMUNETM或雷帕霉素衍生物，例如可溶性雷帕霉素衍生物（例如雷帕霉素酯衍生物，例如CCI-779）；干扰通过促炎细胞因子例如TNFα或IL-1的信号传递的试剂（例如IRAK、NIK、IKK、p38或MAP激酶抑制剂）；COX2抑制剂，例如塞来考昔、罗非考昔及其变体；磷酸二酯酶抑制剂，例如R973401（磷酸二酯酶IV型抑制剂）；磷脂酶抑制剂，例如细胞溶质磷脂酶2（cPLA2）抑制剂（例如三氟甲基酮类似物）；血管内皮细胞生长因子或生长因子受体抑制剂，例如VEGF抑制剂和/或VEGF-R抑制剂；和血管发生抑制剂。与本发明的抗体组合使用的合适治疗试剂是免疫抑制剂，例如环孢素、他克莫司（FK-506）；mTOR抑制剂，例如西罗莫司（雷帕霉素）或雷帕霉素衍生物，例如可溶性雷帕霉素衍生物（例如雷帕霉素酯衍生物，例如CCI-779）；COX2抑制剂，例如塞来昔布及其变体；和磷脂酶抑制剂，例如细胞溶质磷脂酶2（cPLA2）抑制剂，例如三氟甲基酮类似物。
可以与本发明的抗体组合的治疗试剂的另外实例包括下述中的一种或多种：6-巯基嘌呤（6-MP）；硫唑嘌呤柳氮磺胺吡啶；美沙拉嗪；奥沙拉嗪；氯喹/羟氯喹（PLAQUENIL®）；青霉胺；金硫丁盐（aurothiornalate）（肌内和口服）；硫唑嘌呤；秋水仙碱（coichicine）；β-2肾上腺素受体激动剂（沙丁胺醇、特布他林、沙美特罗（salmeteral））；黄嘌呤（茶碱、氨茶碱（arninophylline））；色甘酸盐；奈多罗米；酮替芬；异丙托溴铵和氧托品；霉酚酸酯；腺苷激动剂；抗血栓药；补体抑制剂；和肾上腺素能药。
其他治疗剂的设计和生成
依照本发明且基于本文产生且表征的抗体就Jagged 1和/或Jagged 2而言的活性，超出抗体部分的其他治疗模态(modalities)的设计得到促进。此类模态包括但不限于高级抗体治疗剂例如双特异性抗体、免疫毒素和放射性标记的治疗剂、肽治疗剂的生成、基因疗法、特别是细胞内抗体、反义治疗剂和小分子。
例如，与双特异性抗体有关，可以生成双特异性抗体，其包含（i）两种抗体，一种具有针对Jagged 1和Jagged 2的特异性，并且另一种针对一起缀合的第二分子，（ii）单一抗体，其具有对于Jagged 1和Jagged 2特异性的一条链，和对第二分子特异性的第二链，或（iii）单链抗体，其具有针对Jagged 1和Jagged 2和第二分子的特异性。此类双特异性抗体使用众所周知的技术生成，例如与（i）和（ii）有关，参见例如Fanger等人Immunol Methods 4:72-81（1994）和Wright等人Crit，Reviews in Immunol. 12125-168（1992），以及与（iii）有关，参见例如Traunecker等人Int. J. Cancer（Suppl.）7:51-52（1992）。
与免疫毒素有关，抗体可以利用本领域众所周知的技术进行修饰以充当免疫毒素。参见例如Vitetta Immunol Today 14:252（1993）。还参见美国专利号5,194,594。与放射性标记的抗体的制备有关，此类经修饰的抗体还可以利用本领域众所周知的技术容易地制备。参见例如Junghans等人于 Cancer Chemotherapy and Biotherapy 655-686（第2版，Chafner和Longo，编辑，Lippincott Raven（1996））。还参见美国专利号4,681,581、4,735,210、5,101,827、5,102,990（RE 35,500）、5,648,471和5,697,902。免疫毒素和放射性标记的分子各自可能杀死表达Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的细胞。
与治疗肽的生成有关，通过利用与Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者相关的结构信息和针对其的抗体，例如本发明的抗体或肽文库的筛选，可以生成针对Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的治疗肽。肽治疗剂的设计和筛选与Houghten等人Biotechniques 13:412-421（1992），Houghten PNAS USA 82:5131-5135（1985），Pinalla等人Biotechniques 13:901-905（1992），Blake和Litzi-Davis BioConjugate Chem. 3:510-513（1992）结合加以讨论。还可以制备免疫毒素和放射性标记的分子，并且以相似方式，与上文与抗体结合讨论的肽部分结合。假定Jagged 1分子、Jagged 2分子和/或Jagged 1分子和Jagged 2分子（或形式，例如剪接变体或替代形式）两者在疾病过程中是功能活性的，还能够通过常规技术设计针对其的基因和反义治疗剂。此类模态可以用于调节Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的功能。与之结合，本发明的抗体促进与其相关的功能测定的设计和使用。反义治疗剂的设计和策略在国际专利申请号WO 94/29444中详细讨论。基因疗法的设计和策略是众所周知的。然而，特别地，涉及细胞内抗体的基因治疗剂技术的使用可以证明为特别有利的。参见例如Chen等人Human Gene Therapy 5:595-601（1994）和Marasco Gene Therapy 4:11-15（1997）。基因治疗剂的一般设计和与基因治疗剂相关的考虑也在国际专利申请号WO 97/38137中讨论。
由Jagged 1分子、Jagged 2分子和/或Jagged 1分子和Jagged 2分子两者的结构及其与依照本发明的其他分子例如本发明的抗体的相互作用及其他收集的知识可以用于合理设计另外的治疗模态。在这点上，合理药物设计技术例如X射线晶体学、计算机辅助（或帮助）分子建模（CAMM）、定量或定性结构-活性关系（QSAR）和相似技术可以用于聚焦药物开发能力。合理设计允许预测可以与分子或其特异性形式相互作用的蛋白质或合成结构，其可以用于修饰或调节Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的活性。此类结构可以化学合成或在生物系统中表达。该方法已在Capsey等人Genetically Engineered Human Therapeutic Drugs（Stockton Press，NY（1988））中综述。进一步地，组合文库可以设计且合成且用于筛选程序例如高流通量筛选努力中。
筛选方法
本发明提供了用于鉴定调节剂的方法（在本文中也称为“筛选测定”），所述调节剂即调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者与其固有受体的结合的候选或测试化合物或试剂（例如肽、拟肽、小分子或其他药物），或者调节、阻断、抑制、降低、拮抗、中和或以其他方式干扰Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递功能的候选或测试化合物或试剂。还提供的是鉴定用于治疗病症的化合物的方法，所述病症与Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递相关。本发明还包括在本文描述的筛选测定中鉴定的化合物。
在一个实施方案中，本发明提供了用于筛选调节Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递功能的候选或测试化合物的测定。本发明的测试化合物使用本领域已知的组合文库方法中的众多方法中的任一种获得，包括生物文库；空间可寻址平行固相或溶液相文库；需要去卷积的合成文库法；“一珠一化合物”文库法；和使用亲和色谱法选择的合成文库法。生物文库方法限制于肽文库，而其他方法可应用于肽、非肽寡聚物或化合物的小分子文库。（参见例如Lam，1997. Anticancer Drug Design 12：145）。
如本文使用的，“小分子”意指具有小于约5 kD和在一些实施方案中，小于约4 kD的分子量的组合物。小分子可以是例如核酸、肽、多肽、拟肽、碳水化合物、脂质或其他有机或无机分子。化学和/或生物混合物例如真菌、细菌或藻类提取物的文库是本领域已知的，并且可以用本发明的任何测定进行筛选。
用于合成分子文库的方法实例可以在本领域中找到，例如：DeWitt,等人，1993. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90：6909；Erb, 等人，1994. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91：11422；Zuckermann,等人，1994. J. Med. Chem. 37：2678；Cho, 等人，1993. Science 261：1303；Carrell, 等人，1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33：2059；Carell, 等人，1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33：2061；和Gallop, 等人，1994. J. Med. Chem. 37：1233。
化合物文库可以存在于溶液中（参见例如Houghten，1992. Biotechniques 13：412-421），或珠上（参见Lam，1991. Nature 354：82-84）、芯片上（参见Fodor，1993. Nature 364：555-556），细菌上（参见美国专利号5,223,409）、孢子上（参见美国专利5,233,409）、质粒上（参见Cull,等人，1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89：1865-1869）或噬菌体上（参见Scott和Smith，1990. Science 249：386-390；Devlin，1990. Science 249：404-406；Cwirla,等人，1990. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87：6378-6382；Felici，1991. J. Mol. Biol. 222：301-310；和美国专利号5,233,409.）。
在一个实施方案中，将候选化合物引入抗体-抗原复合物，且确定候选化合物是否破坏抗体-抗原复合物，其中该复合物的破坏指示候选化合物调节Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递功能。
在另一个实施方案中，提供Jagged 1和Jagged 2两者且暴露于至少一种单克隆抗体。检测抗体-抗原复合物的形成，并且将一种或多种候选化合物引入复合物。如果抗体-抗原复合物在一种或多种候选化合物引入后被破坏，则候选化合物用于治疗与Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递相关的病症。
在另一个实施方案中，提供本发明的可溶蛋白质且暴露于至少一种中和单克隆抗体。检测抗体-抗原复合物的形成，并且将一种或多种候选化合物引入复合物。如果抗体-抗原复合物在一种或多种候选化合物引入后被破坏，则候选化合物用于治疗与Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者的信号传递相关的病症。
确定测试化合物干扰或破坏抗体-抗原复合物的能力可以通过例如下述来完成：使测试化合物与放射性同位素或酶促标记偶联，使得测试化合物与抗原或其生物活性部分的结合可以通过检测复合物中的标记化合物来确定。例如，测试化合物可以用125I、35S、14C或3H直接或间接标记，并且放射性同位素通过射电辐射的直接计数或闪烁计数进行检测。可替代地，测试化合物可以用例如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或荧光素酶进行酶促标记，并且酶促标记通过确定适当底物至产物的转换进行检测。
在一个实施方案中，测定包括使抗体-抗原复合物与测试化合物接触，且确定测试化合物与抗原相互作用或以其他方式破坏现有的抗体-抗原复合物的能力。在该实施方案中，确定测试化合物与抗原相互作用和/或破坏抗体-抗原复合物的能力包括确定与抗体相比较，测试化合物优先结合抗原或其生物活性部分的能力。
在另一个实施方案中，测定包括使抗体-抗原复合物与测试化合物接触，且确定测试化合物调节抗体-抗原复合物的能力。确定测试化合物调节抗体-抗原复合物的能力可以例如通过在测试化合物的存在下，确定抗原与抗体结合或与抗体相互作用的能力来完成。
本文公开的筛选方法可以作为基于细胞的测定或无细胞测定执行。本发明的无细胞测定顺应使用可溶性Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者及其片段。
在多于一个实施方案中，可能期望将抗体或抗原固定，以促进在引入候选化合物后一者或两者的复合形式与未复合形式的分开，以及适应测定的自动化。在候选化合物的存在和不存在下，抗体-抗原复合物的观察可以在适合于含有反应物的任何容器中完成。此类容器的实例包括微量滴定板、试管和微量离心管。在一个实施方案中，可以提供融合蛋白，其添加允许蛋白质之一或两者与基质结合的结构域。例如，GST-抗体融合蛋白或GST-抗原融合蛋白可以吸附到谷胱甘肽琼脂糖珠（Sigma Chemical，St. Louis，MO）或谷胱甘肽衍生的微量滴定板上，其随后与测试化合物组合，并且使混合物在有助于复合物形成的条件下（例如在盐和pH的生理条件下）温育。在温育后，洗涤珠或微量滴定板，以去除任何未结合组分，在珠的情况下固定基质，直接或间接确定复合物。可替代地，复合物可以与基质解离，并且可以使用标准技术确定抗体-抗原复合物形成的水平。
将蛋白质固定到基质上的其他技术也可以用于本发明的筛选测定中。例如，抗体或抗原（例如Jagged 1、Jagged 2和/或Jagged 1和Jagged 2两者）可以利用生物素和链霉抗生物素蛋白的缀合进行固定。使用本领域众所周知的技术（例如生物素化试剂盒，Pierce Chemicals，Rockford，Ill.），可以由生物素-NHS（N-羟基-琥珀酰亚胺）制备生物素化的抗体或抗原分子，并且固定到链霉抗生物素蛋白包被的96孔板（Pierce Chemical）的孔中。可替代地，与目的抗体或抗原反应但不干扰目的抗体-抗原复合物形成的其他抗体可以衍生至板的孔，并且未结合的抗体或抗原通过抗体缀合诱陷到孔中。用于检测此类复合物的方法加上上文对于GST固定复合物描述的那些，包括使用与抗体或抗原反应的此类其他抗体的复合物的免疫检测。
本发明进一步涉及通过任何上述筛选测定鉴定的新型试剂及其用于如本文描述的治疗的用途。
本文引用的所有出版物和专利文件均通过引用并入本文，如同每个此类出版物或文件明确地且单独地表明通过引用并入本文一样。出版物和专利文件的引用不预期作为任何是有关现有技术的承认，它也不构成关于其的内容或日期的任何承认。本发明目前已通过书面说明书进行描述，本领域技术人员将认识到本发明可以以多个实施方案进行实践，并且前述说明书和下文实施例用于举例说明的目的而不是随后权利要求的限制。
实施例
实施例 1 ：结合人 Jagged 1 的实施方案的人 ScFv 的选择
该实施例证实结合Jagged 1的实施方案的ScFv（单链可变片段）可以选自具有多样化CDR序列的ScFv的噬菌体展示文库，并且此类结合可以被Notch 1抑制。
ScFv选自在M13噬菌体上展示的全人ScFv文库；ScFv噬菌体选择在与Creative Biolabs，Shirley，NY）的合同下进行。包含与人IgG1的Fc部分融合的人Jagged 1的细胞外结构域（ECD）的融合蛋白（R&D Systems，Minneapolis，MN，目录# 1277-JG-050）用作在M13噬菌体上展示的ScFv的三轮选择中的抗原，所述ScFv结合人Jagged 1。所有选择均在Jagged 1的天然构象所需的CA2 ++和阻止人Fc结合的人IgG1的存在下完成。在第一轮中，结合的噬菌体通过胰蛋白酶消化释放，并且在后续轮中，噬菌体通过人Notch 1-Fc融合蛋白（R&D Systems；目录# 3637-TK-050）竞争洗脱。分离结合人Jagged1的五（5）种独特的ScFv。表1列出了5种ScFv及其各自的核酸序列和氨基酸序列的SEQ ID NO。
抗Jagged ScFv各自的核酸和氨基酸序列显示于下文：
基于ELISA的Jagged 13 ScFv-噬菌体和Jagged 32 ScFv-噬菌体与人Jagged 1的结合显示被人Notch 1抑制。简言之，将人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）吸附至96孔ELISA板的孔。在人notch 1-Fc的存在或不存在，将噬菌体应用于板且允许结合。结合的噬菌体用抗M13-HRP缀合物（GE Healthcare，Piscataway，NY）显现，并且用生色底物四甲基联苯胺（TMB）（Thermo Scientific，Rockford，IL）显色。
实施例 2 ：实施方案的全人 Jagged IgG 抗体的产生和测试
该实施例证实结合人Jagged 1的Jagged ScFv-噬菌体可以转换成全人IgG抗体，其结合人Jagged 1和人Jagged 2以及小鼠Jagged 1。人Notch 1可以抑制此类结合。
使用类似于PCT公开号WO 2010/081173同上所述那些的技术，来完成包含Jagged 13和Jagged 32的可变结构域的全人IgG的产生。将编码Jagged 13 ScFv-噬菌体和Jagged 32 ScFv-噬菌体的Jagged 13和32可变结构域的DNA克隆到表达载体内，用于表达全人IgG。使用引物CX1197和引物CX1198，由ScFv模板扩增轻链（Lc）可变结构域。载体（LcpOP（由pCDNA3修饰，Invitrogen，Carlsbad，CA））和扩增的DNA用BsiWI和EcoRI切割过夜，通过连接组合且转化到大肠杆菌MC1061细胞内。使用引物CX1199和引物CX1202，由ScFv模板扩增重链（Hc）可变结构域。使用引物CX1184和引物CX1185，由HcpPOP（由pCDNA3修饰，Invitrogen）扩增编码白细胞介素2（IL2）信号序列的DNA，并且对Hc可变结构域退火。载体（HcpOP（由 pCDNA3修饰，Invitrogen））和IL2-Hc-可变结构域用HindIII和NheI切割过夜，通过连接组合且转化到大肠杆菌MC1061细胞内。全人IgG（即Jagged 13 IgG和Jagged 32 IgG，在本文中也分别被称为抗Jagged 13（或抗Jag 13）和抗Jagged 32（或抗Jag 32））由瞬时转染的HEK-293细胞表达，并且通过蛋白A色谱法从培养上清液中纯化。
如图1中所示，ELISA-结合实验揭示抗Jagged 13 IgG和抗Jagged 32 IgG结合人和小鼠Jagged 1和人Jagged 2，具有超过30 nM的亲和力：将人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）、人Jagged 2-Fc（R&D Systems；目录# 1726-JG-050）或大鼠Jagged 1-Fc（R&D Systems；目录# 599-JG-100）吸附至96孔ELISA板的孔。将纯化的抗Jagged 13和抗Jagged 32抗体应用于板且允许结合。结合的抗体用抗人IgG-HRP缀合物，Fab特异性,（Sigma，St Louis，MO；目录# A0293-1ML）显现，并且用生色底物TMB显色。
如图2中所示，ELISA结合实验证实通过抗Jagged 13和抗Jagged 32结合的Jagged 1结合被人Notch 1抑制：对于竞争实验，将Notch 1-Fc（R&D Systems；同上）吸附至96孔ELISA板的孔。将生物素化的人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）以渐增浓度的抗Jagged 13和抗Jagged 32抗体应用于板，且允许结合。结合的Jagged 1用链霉抗生物素蛋白-HRP（Thermo Scientific）显现，并且用生色底物TMB显色。抗Jagged MAB-12771（R&D Systems；目录# MAB12771）用作抑制的阳性对照，并且贝伐珠单抗用作阴性对照。术语“旧”和“新”指不同抗体生产批次。抗体32/13具有抗Jagged 32轻链和抗13重链。抗体32/32具有抗Jagged 32轻和重链。
实施例 3 . 　实施方案的抗 Jagged 抗体的亲和力成熟
该实施例证实具有改善的结合动力学和Jagged结合特异性的实施方案的抗体的分离。
抗Jagged抗体从具有由抗Jagged 32修饰的CDR的文库中分离。此类文库如表2中所示进行设计。使用Dut/Ung诱变（参见例如Kunkel TA，1985，Proc Natl Acad Sci 82，488-492），构建基于抗Jagged 32的序列的六个抗体文库。残基通过在每个指示核苷酸处的软随机化改变，保留70%的原始核苷酸和其他三种可能核苷酸各10%（表2中的上标1），或通过总体随机化改变（表2中的上标2）。另外，在文库3和6内，将另外的残基加入重链的CD3中。将文库转染到大肠杆菌菌株TG1内，并且在用M13KO7（Invitrogen）重叠感染后制备噬菌体。
对于每个文库伴随渐增的严格性执行三轮选择。对于第三轮，将人Jagged 1（R&D Systems；同上）以5微克/ ml（µg/mL）吸附至免疫管（Nunc，Denmark）。噬菌体用在Tris缓冲盐水（TBS；40 mM Tris，129 mM NaCl，pH 7.4）中的100 µg/mL合并人IgG（huIgG或hIgG）和2%脱脂奶粉（NFDM）封闭，并且随后加入经包被的管中用于结合。在结合后，将管充分洗涤，包括四次37℃洗涤，各30分钟。在洗涤后，剩余的结合噬菌体用100 mM三乙醇胺（TEA）（Sigma，St. Louis，MO）洗脱且通过大肠杆菌TG1扩增。合并文库1、2和5，以形成文库125，并且合并文库3、4和6，以形成文库346；对每个文库实施另外一轮选择，在本文中也分别被称为文库125的第四轮选择和文库346的第四轮选择，如对于第三轮所述。
上标1指定通过在每个指示核苷酸处的软随机化改变的残基，保留70%的原始核苷酸和其他三种可能核苷酸各10%，而上标2指定通过总体随机化改变的残基。
实施例 4. 　亲和力成熟的抗 Jagged 抗体的结合特征
该实施例证实从亲和力成熟过程中分离的实施方案的亲和力成熟的抗Jagged抗体的结合特征。
来自文库125的第四轮选择和文库346的第四轮选择各自的四十八（48）个克隆生长且用M13KO7感染，以生成噬菌体。通过噬菌体ELISA就其结合人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）、大鼠Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）和人Jagged 2-Fc（R&D Systems；同上）的能力分析每个噬菌体。将Jagged配体吸附至96孔ELISA板的孔，每种配体在一块分开的板上。将噬菌体应用于每块板的相关孔且允许结合。结合的噬菌体用抗M13-HRP缀合物显现，并且用生色底物TMB显色。各个分离物显示出分散的结合特异性；这些特异性显示于表3中。还显示的是这些分离物各自的SEQ ID NO。
表3中的克隆各自的氨基酸序列显示于下文：
实施例 5 . 　实施方案的亲和力成熟的抗 Jagged 1 和抗 Jagged 2 抗体的分离和测试
该实施例描述使用CDR改组，来分离显示出对于Jagged 1和/或Jagged 2增强的结合亲和力的实施方案的抗体。
通过组合来自文库125第四轮选择的轻链和来自文库346第四轮选择的重链构建第七个文库。该H/L文库通过另外两轮加以选择。在第一轮中，将文库分开两份：一份就与人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）的结合进行选择，并且第二份就与人Jagged 2-Fc（R&D Systems，同上）的结合进行选择。在第二轮中，来自第1轮的人Jagged 1选择的噬菌体在分开的结合反应中就与人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）或人Jagged 2-Fc（R&D Systems，同上）的结合进行选择，获得分别指定为Jagged 1/1和Jagged 1/2的两个合并物。类似地，来自第一轮的人Jagged 2选择的噬菌体在分开的结合反应中就与人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）或人Jagged 2（R&D Systems；同上）的结合进行选择，获得分别指定为Jagged 2/1和Jagged 2/2的两个合并物。
从四个合并物各自中选择九十五（95）种各个分离物。噬菌体由每种分离物衍生且测定与人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）或人Jagged 2-Fc（R&D Systems；同上）的结合。将Jagged配体吸附至96孔ELISA板的孔，每种配体在一块分开的板上。将噬菌体应用于每块板的相关孔且允许结合。结合的噬菌体用抗M13-HRP缀合物显现，并且用生色底物TMB显色。基于ELISA的结果和DNA序列，选择6个独特克隆用于进一步研究。表4列出了由6个克隆编码的抗体以及关于其各自轻链和重链的核酸序列和氨基酸序列的SEQ ID NO。
在链改组后的表4中的最终克隆各自的氨基酸序列显示于下文：
文库配置有对于Fab的His标签羧基和对于His标签的琥珀（amber）终止密码子羧基，使得当编码六种亲和力成熟抗体的噬菌粒在非琥珀抑制基因株中时，噬菌粒指导C末端His标签化的Fab的表达，其可以从大肠杆菌的周质空间中纯化。为了测量六种成熟分离物的亲和力，以及抗Jagged 13和抗Jagged 32 Fab的亲和力，将Fab由大肠杆菌DH12b表达且纯化。
使用Octet（ForteBio，Menlo Park，CA）测量各个 Fab的离开速率。抗人Fc Octet尖端（ForteBio，目录# 18-5060）用生物胞素和100 µg/mL BSA封闭，且随后装载有25微摩尔（25 µM）Jagged配体，即人Jagged 1-Fc（R&D Systems；同上）、人Jagged2-Fc（R&D Systems；同上）或鼠Jagged 2-Fc（R&D Systems，同上）。在洗涤后，使装载的尖端暴露于25 µM Fab直至结合已达到平衡。随后将尖端移出至不含Fab的新鲜溶液，并且测量Fab的解离速率。表5中列出的解离常数显示与ScFv抗体Jagged 13和Jagged 32相比较，亲和力成熟抗体的解离速率已减少10至100倍。
实施例 6 . 　实施方案的抗 Jagged 抗体的产生
该实施例证实实施方案的抗Jagged抗体的表达和纯化。
载体以下述方式进行制备：IL2信号序列编码区作为KasI/NcoI片段从pINFUSE-hIgG1-Fc2（InvivoGen，San Diego，CA）移动到用KasI/NcoI消化的pFUSE2-CLIg-hk（InvivoGen），产生质粒pFIL2-CL-hk。IL2信号序列编码区还作为KasI/EcoRI片段以三向连接(three-way ligation)从pINFUSE-hIgG1-Fc2移动到用KasI/EcoRI消化的pFUSE-CHIg-hG1（InvivoGen）（大和中等片段），产生质粒pFIL-CHIg-hG1。
使用引物CX1170和CX1168扩增来自pFIL2-CL-hk载体的轻链编码区，并且使用输注克隆系统（HD EcoDry，Clontech，Mountain View，CA），使用NheI和NotI位点克隆到pOP Neo载体内，在该过程中使NotI位点突变。使用引物CX1197和CX1198，由分离的4D11编码序列PCR扩增4D11可变轻链编码区，并且克隆到EcoRI和BsiWI限制位点内。引物在表6中提供。4D11轻链核酸序列由SEQ ID NO:73表示，并且氨基酸序列由SEQ ID NO:74表示。
来自pFIL-CHIg-hG1载体的重链编码区如下克隆到pOP Hygr载体（pCDNA3的修饰，Invitrogen）内：扩增两个重叠片段，第一个为来自pOP Hygr载体的5’非编码区，使用引物CX1184和CX1185，并且第二个为来自pFIL-CHIg-hG1的编码区，使用引物CX1172和CX1169。随后将这两种PCR产物组合，用于使用引物CX1184和CX1169的最终扩增，且使用HindIII和NotI限制位点克隆到pOP Hygr载体内。4D11可变重链编码区以类似方式进行克隆，使用相同的第一DNA片段，并且第二片段使用引物CX1199和CX1202由分离的4D11编码序列扩增。两种片段使用引物CX1184和CX1202进行扩增，并且克隆到HindIII和NheI限制位点内。引物在表6中提供。4D11轻链核酸序列由SEQ ID NO:75表示，并且氨基酸序列由SEQ ID NO:76表示。
全人IgG由瞬时转染的HEK-293细胞表达，并且通过蛋白A色谱法从培养上清液中纯化。
实施例 7 . 　实施方案的抗 Jagged 抗体减少小鼠中的 BxPC-3 肿瘤
在该实施例中，就降低BxPC-3异种移植肿瘤生长的能力分析抗Jagged 4D11。
人胰腺癌细胞系BxPC-3得自中国科学院上海生命科学院细胞库（Cell　Bank　of　Shanghai　Institute　for　Biological　Sciences，Chinese　Academy　of　Sciences）。通过将BxPC-3细胞皮下注射到Balb/c裸鼠的右侧腹内，发生BxPC-3异种移植物。在达到500-700 mm3后，收获肿瘤用于体外细胞培养和连续传代。使体内适应的BxPC-3细胞（异种移植物衍生的细胞）在补充有10%胎牛血清的RPMI-1640中在37℃下在空气中的5% CO2大气下生长。肿瘤细胞照常规每周传代培养两次。细胞在对数生长期过程中收获，以适当细胞浓度重悬浮于生理PBS中，且保持在冰上用于肿瘤诱导。
每只小鼠以在0.1 ml PBS中的5X106 BxPC-3细胞在右侧腹处皮下接种，用于肿瘤发生。当平均肿瘤大小达到大约150 mm3时，开始处理。使用测径器每周两次在两个尺度中测量肿瘤大小，并且使用下式以mm3表示体积：V = 0.5 a x b 2，其中a和b分别为肿瘤的长和短直径。
小鼠如表7中所示分组且给药。
标绘肿瘤体积相对于初始剂量后天数的图3证实抗Jagged AD11抗体抑制BxPC-3异种移植肿瘤的生长。图4指示通过组1和2中的动物的重量减轻。遵循制造商的方案，使用Quantikine小鼠TSLP免疫测定（R&D Systems），测量小鼠胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）的血清浓度。小鼠TSLP的血清水平对于来自每组的各只小鼠进行定量，并且求平均值以生成图5。
使用类似于上文所述那种的方法，使用表8中所示的组和剂量，抗Jagged 4D11还就以剂量依赖性方式降低BxPC-3异种移植肿瘤生长的能力进行测试。
标绘肿瘤体积相对于初始剂量后天数的图6证实抗Jagged AD11抗体抑制BxPC-3异种移植肿瘤的生长。图7指示通过动物的重量减轻。
在第二项研究中，抗Jagged 4D11还就与第二抗癌剂组合降低BxPC-3异种移植肿瘤生长的能力进行测试。在该项研究中，抗Jagged 4D11单独或与吉西他滨组合施用，所述吉西他滨是胰腺癌中的目前护理标准化学疗法，使用类似于上文描述那种的方法，并且使用图23中所示的剂量。在这些研究中，抗体毒性由重量减轻和死亡率是显而易见的。这些研究证实抗Jagged 4D11和吉西他滨的组合抑制BxPC-3异种移植肿瘤的生长。如图23中可见，抗Jagged抗体和吉西他滨的组合在BXPC3胰腺异种移植物模型中产生叠加效应。
实施例 8 . 　实施方案的抗 Jagged 抗体抑制人骨髓共培养物中的 RPMI 8226 生长
该实施例证实抗Jagged 4D11抑制人骨髓共培养物中的RPMI 8226生长。
在多发性骨髓瘤中，骨髓瘤细胞和骨髓的基质细胞之间的相互作用对于骨髓瘤细胞的存活和增殖以及伴随的溶骨性疾病的发生是重要的。Notch受体和配体在多发性骨髓瘤中是上调的。抗Jagged 4D11抑制多发性骨髓瘤细胞系RPMI 8226增殖的能力在RPMI 8226和人骨髓抽吸物的共培养物中在体外进行测量。人骨髓购自AllCells，LLC（Emeryville，CA）。根据制造商的说明书（Invitrogen，Carlsbad，CA），用CFSE标记RPMI 8226细胞。简言之，使骨髓在RPMI-1640、10% FBS中稀释2倍，并且将2 mL铺板到6孔组织培养皿的孔内。将在1 ml RPMI1640、10% FBS中的50,000个CFSE标记的RPMI 8226细胞铺板到含有骨髓的孔内。加入测试物品即抗Jagged 4D11、抗EGFR（抗体c225，西妥昔单抗 UCSF Pharmacy，由Bristol-Myers Squibb，NY，NY制造且销售）或γ分泌酶抑制剂BMS299897（Sigma，St. Louis，MO），并且使培养物在37℃和5% CO2下温育五天。在温育后，使红血细胞裂解，并且通过离心收集活细胞。通过FACS测量细胞的荧光强度。
结果显示于图8中。在不存在任何处理的情况下或在抗EGFR的存在下，测量指示增殖的荧光降低。相反，BMS299897（GSI）和抗Jagged 4D11两者均抑制CFSE标记的RPMI 8226的增殖。
实施例 9 . 　实施方案的抗 Jagged 抗体在体外抑制纤维化发生
该实施例证实抗Jagged 4D11在体外抑制纤维化发生。
大鼠成纤维细胞细胞系NRK-49F（ATCC，Manassas，VA）通过细胞间接触的丧失、升高的胶原产生和沉积以及灶发生，而响应人转化生长因子β1（TGFβ1）。NRK-F49细胞以50,000个细胞/孔铺平板到6孔组织培养皿中，并且在RPMI-1640、10%胎牛血清（FBS）中培养过夜，以允许贴壁和单层形成。去除培养基，并且用RPMI-1640、1%热灭活的FBS将细胞洗涤两次，并且在RPMI-1640、1%热灭活的FBS中培养过夜。在过夜温育后，将抗Jagged 4D11、TGFβ1或TGFβ1和抗Jagged 4D11的组合加入培养中的细胞。将细胞培养5天，并且观察对TGFβ1的应答。
结果在图9中示出。小图A显示当在100 nM抗Jagged 4D11的存在下培养时，NRK-F49的培养物保留特征性单层。小图B显示在10 ng/mL TGFβ1的存在下培养的NRK-F49的特征性灶形成。小图C显示TGFβ1刺激的纤维化灶形成在用10 ng/mL TGFβ1处理的培养物中完全被100 nM抗Jagged 4D11抑制。
实施例 10 . 　可活化抗 Jagged 抗体掩蔽部分
该实施例描述降低可活化抗Jagged抗体与其靶结合的掩蔽部分（MM）的鉴定。
抗Jagged 4D11抗体和Fab用于筛选总体多样性为2x1010的随机X15肽文库，其中X为任何氨基酸，使用类似于2010年7月15日公开的PCT国际公开号WO 2010/081173中所述那种的方法。筛选由一轮MACS和两轮FACS分选组成。初始MACS用蛋白A Dynabeads（Invitrogen）和浓度为250 nM的抗Jagged 4D11抗体完成。对于MACS，就结合筛选大约1x1011细胞且收集6x106细胞。链霉抗生物素蛋白-PE用作初始FACS的荧光探针，并且抗生物素-PE（Miltenyi）用于第二FACS。生物素化的抗Jagged 4D11抗体在第一轮和第二轮FACS中分别以100 nM和10 nM的浓度使用。来自第二轮FACS的阳性群体经验证为被重组Jagged蛋白质抑制与抗Jagged 4D11抗体和Fab结合。通过序列分析鉴定各个肽克隆，并且随后验证其结合抗Jagged 4D11抗体和Fab的能力，如图10中所示。
抗Jagged掩蔽部分的序列在表9中列出。
实施例 11 . 　抗 Jagged 掩蔽部分的亲和力成熟
该实施例描述抗Jagged掩蔽部分的亲和力成熟。
通过使用软随机化方法，使抗Jagged结合肽JS4874、JS4896、JS4899和JS4906亲和力成熟。用表10中所示的核苷酸比率构建eCPX细胞展示文库，例如PCT国际公开号WO 2009/014726中所述的那种。构建四个文库：4874SR、4896SR、4899SR和4906SR。每个文库的最终多样性为大约5 x 109。
分开筛选每个亲和力成熟文库。用提供文库的大于100X过采样的细胞数目执行初始MACS轮。所有标记均在4℃下在不断轻轻搅动下执行。细胞用25 nM 抗Jagged Fab（文库4896SR）或50 nM 抗Jagged抗体（文库4874SR、4899SR和4906SR）进行标记，且随后与大约500 µg链霉抗生物素蛋白或蛋白A标记的磁珠（Dynabeads Invitrogen）结合。珠随后用含有0.5% BSA的PBS充分洗涤。从初始MACS轮中从每个文库中回收大约2 x 106至2 x 107细胞。
所有FACS轮的细菌细胞用生物素化的抗Jagged Fab进行标记。使用的二级荧光标记是抗生物素-PE（Miltenyi）或链霉抗生物素蛋白-PE（Invitrogen），取决于观察到的单独二级标记的背景结合。对于所有FACS轮，分选最亮的2%的阳性细胞。对于文库4896SR，用于FACS第1轮（F1）和FACS第2轮（F2）的细胞分别用2 nM和1 nM Fab进行标记。对于文库4874SR、4899SR和4906SR，用于F1的细胞用100 nM Fab进行标记。对于4874SR文库，用于F2的细胞用1 nM Fab进行标记，而文库4899SR和4906SR的细胞用10 nM Fab进行标记。来自每个文库的FACS第2轮的序列显示于表11至14中。
亲本掩蔽部分肽JS4896的结合与选自4896SR文库（克隆JS5340、JS5342、JS5347和JS5358）的掩蔽部分肽的结合相比较。含有所示克隆的细胞在FACS上以3个不同浓度的生物素化的抗Jagged Fab进行分析，即1 nM、10 nM、100 nM。链霉抗生物素蛋白-PE用作二级荧光标记。使用类似于PCT WO 2007/027935中所述那些的技术，通过用yPet-MONA标记定量肽表达。结果显示于图11中。
实施例 12 . 　可活化抗 Jagged 抗体
该实施例描述公开内容的可活化抗Jagged抗体的实例。
根据类似于PCT公开号WO 2009/025846和WO 2010/081173中所述那些的方法，产生公开内容的可活化抗Jagged抗体，其包含Jagged掩蔽部分、可切割部分和抗Jagged抗体。所得的可活化抗体的质量控制指示大多数包含至少95%单体。公开内容的几种可活化抗Jagged抗体的氨基酸和核酸序列在下文提供。
下文显示几种可活化抗Jagged抗体的轻链（Lc）的核酸和氨基酸序列，所述可活化抗Jagged抗体包含掩蔽部分JS5342（在本文中也称为MM 5342或5342）、可以通过至少一种蛋白酶切割的CM和AB 4D11的轻链。
下文显示掩蔽抗体的轻链的核酸和氨基酸序列，所述掩蔽抗体包含掩蔽部分5342、可切割接头和AB 4D11的轻链。
下文提供包括MM 5342和CM的几种多肽的核酸和氨基酸序列，使用诸如本文描述那些的方法，可以将MM 5342和CM连接至公开内容的抗Jagged抗体，以产生公开内容的可活化抗Jagged抗体。
用于产生这些多肽的组织蛋白酶E（Cath E）、MMP-14和panMMP底物（CM）已在文献中报道：Cruz-Monserrate Z等人，2011，Gut，doi:10.1136/gutjnl-2011-300544；Abeer J等人，2011，Chem. Biol. 18，392-401；Zhu L等人，2011，Theranostics 1，18-27。
此类含MM和CM多肽可以与之连接的抗体实例包括抗Jagged抗体4D11或其变体。被称为4D11 Hc QΔH的4D11变体重链的氨基酸和核酸序列在下文提供：
实施例 13 . 　可活化抗 Jagged 抗体的体外表征
该实施例描述公开内容的掩蔽部分降低包含此类掩蔽部分的可活化抗Jagged抗体与Jagged靶结合的能力。该实施例还描述此类可活化抗体的蛋白酶解活化。
在如本文描述的体外结合测定中，比较可活化抗体5342-1203-4D11、5342-1204-4D11、5342-1214-4D11和5342-PLGL-4D11以及掩蔽抗体5342-NSub-4D11与人Jagged 1靶结合的能力和抗Jagged抗体4D11与相同靶结合的能力。MM 5342抑制此类靶结合的能力在图12和表15中得到证实。
可活化抗Jagged抗体5342-1203-4D11、5342-1204-4D11、5342-1214-4D11和5342-PLGL-4D11以及掩蔽抗体5342-NSub-4D11就其被蛋白酶切割的能力进行评价。简言之，250 ng可活化抗体通过1uM uPA或387 nM MMP-2在37℃下在适当缓冲液（对于uPA：在HBSS中的0.1M Tris pH 8.0；对于MMP-2：TCNB（50mM Tris、150mM NaCl、0.05% Brij、10mM CaCl2，pH 9.5））中消化24小时。消化的材料随后通过SDS-PAGE和蛋白质印迹进行分析，使用山羊抗人IgG Fab’2 HRP作为检测试剂。图13证实蛋白酶解消化获得迁移率类似于亲本（即抗体4D11）轻链迁移率的蛋白质，指示各自的可活化抗体分别由uPA或MMP-2蛋白酶切割。
实施例 14 . 　可活化抗 Jagged 抗体的体内表征
该实施例描述公开内容的可活化抗Jagged抗体在小鼠BxPC3肿瘤模型中的体内功效和安全性。
可活化抗Jagged抗体5342-1203-4D11、5342-1204-4D11、5342-1214-4D11和5342-PLGL-4D11以及掩蔽抗体5342-NSub-4D11就其降低植入小鼠内的BxPC3异种移植肿瘤生长的能力进行测试，使用类似于本文所述那种的方法。还测试的是与通过抗Jagged抗体4D11引起的重量减轻相比较，这些可活化和掩蔽抗体在此类肿瘤模型中降低重量减轻的能力。组、剂量、给药途径和给药时间表在表16中示出。功效结果（肿瘤大小中的减少）显示于图14中。安全性结果（重量减轻中的降低）显示于图15中。小鼠胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）的血清浓度显示于图16A中。
标绘肿瘤体积相对于初始剂量后天数的图14证实可活化抗Jagged抗体抑制小鼠中的BxPC-3异种移植肿瘤生长，如抗Jagged抗体4D11（亲本抗体）一样。
图15比较施用可活化抗Jagged抗体、掩蔽抗体或亲本抗体的小鼠的重量减轻。虽然用亲本抗体4D11给药的动物显示显著重量减轻，但用可活化抗Jagged抗体给药的动物未显示显著重量减轻。
如本文描述的测量小鼠胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）的血清浓度。小鼠TSLP的血清水平在每个剂量前和来自每组的最后剂量后10天对于各只小鼠进行定量，并且求平均值，以生成图16A。图16B描述抗Jagged抗体4D11和可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11的TSLP血清浓度的时间过程。与施用可活化抗Jagged抗体的组中的血清小鼠TSLP水平相比较，血清小鼠TSLP在亲本抗Jagged抗体4D11组中升高。
实施例 15 . 　可活化抗 Jagged 抗体的药物代谢动力学数据
该实施例比较抗Jagged亲本和可活化抗体在施用此类抗体的小鼠血清中的药物代谢动力学。
评估施用抗Jagged抗体4D11或可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11的非荷瘤雌性Balb/c裸鼠中的单一剂量药物代谢动力学。小鼠如表17中概述的给药。五只小鼠的同龄组(Cohort)在0.5、3、8、24、72、168和240小时循环采血(bled in rotation)。血浆样品使用抗hFc捕获就hIgG含量进行分析，伴随用抗hIgG Fab’2 HRP缀合物的后续检测。
图17比较在腹膜内施用可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11（在本文中也称为5342-1204）或抗Jagged抗体4D11后，在小鼠血清中随着时间过去的平均人IgG水平。静脉内施用抗Jagged抗体4D11的小鼠显示随着时间过去与腹膜内施用相同抗体的小鼠相似的人IgG水平。
表18提供直到第7天的初步非区室分析(preliminary noncompartmental analysis)。数据使用Phoenix WinNonlin版本6.3，稀疏采样(sparse sampling)方式进行分析。
实施例 16 . 　抗 Jagged 掩蔽部分的另外成熟
该实施例描述公开内容的另外抗Jagged掩蔽部分的产生。
为了进一步使掩蔽部分肽家族JS4896（在本文中也称为MM 4896或4896）亲和力成熟，来自上文描述的SR文库筛选的序列用于设计四个定向亲和力成熟文库。用表19中所示的核苷酸序列构建eCPX细胞展示文库，例如PCT国际公开号WO 2009/014726中所述的那种。每个文库的最终多样性为大约5 x 109细胞。
文库 1517/1519 和 1518/1521
每个亲和力成熟文库分开地但以相同方式进行筛选。用提供文库的大于100X过采样的细胞数目执行初始MACS轮。所有标记均在4℃下在不断轻轻搅动下执行。细胞用由生物素标记的25 nM Fab 4D11进行标记。使用链霉抗生物素蛋白标记的磁珠（Dynabeads Invitrogen）捕获与Fab结合的细胞。珠随后用含有0.5% BSA的PBS充分洗涤。从初始MACS轮中从每个文库中回收大约1 x 106细胞。
所有FACS轮的细菌细胞用DyLight-488标记的抗Jagged Fab 4D11（即抗Jagged IgG抗体4D11的Fab）进行标记。对于所有FACS轮，分选最亮的0.1%至0.2%的阳性细胞。用于FACS第1轮（F1）和FACS第2轮（F2）的细胞分别用1 nM和100 pM Fab 4D11进行标记。对于FACS第3和4轮，细胞用1 nM DyLight标记的抗Jagged Fab 4D11进行标记，重悬浮于500 µl PBS中且在分选前在37℃下温育5至10分钟。测序在FACS第4轮中分选的克隆，且结果显示于表20和21中。
各个克隆通过FACS就Fab结合进行评估。实例显示于图18中。来自定向文库(directed libraries)（MM 5872、5877、5885和5887）的表达掩蔽部分的克隆比来自SR文库分选的表达MM 5342的单个克隆更好地结合Fab 4D11。
文库 1559 和 1561
亲和力成熟文库1559和1561分开地但以相同方式进行筛选。如上但用由生物素标记的50 nM Fab 4D11执行初始MACS轮。从初始MACS轮中从每个文库中回收大约1 x 106细胞。
所有FACS轮的细菌细胞用DyLight-488标记的抗Jagged Fab 4D11进行标记。对于所有FACS轮，分选最亮的0.2%的阳性细胞。用于FACS第1轮（F1）和FACS第2轮（F2）的细胞用1 nM Fab 4D11进行标记。对于FACS第3和4轮，细胞用1 nM DyLight标记的抗Jagged Fab 4D11进行标记，重悬浮于500 µl PBS中且在分选前在37℃下温育5至10分钟。测序在FACS第4轮中分选的克隆，且结果显示于表22和23中。
实施例 17 . 　另外的可活化抗 Jagged 抗体
该实施例描述公开内容的可活化抗Jagged抗体的另外实例。
下文提供包括掩蔽部分JS5894（在本文中也称为MM 5894或5894）和CM的几种多肽的核酸和氨基酸序列，使用诸如本文描述那些的方法，可以将掩蔽部分JS5894和CM连接至公开内容的抗Jagged抗体，以产生公开内容的可活化抗Jagged抗体。
下文提供包括掩蔽部分JS 5894和不可切割接头的多肽的核酸和氨基酸序列，使用诸如本文描述那些的方法，可以将掩蔽部分JS 5894和不可切割接头连接至抗Jagged抗体，以形成掩蔽抗体。
此类含MM和CM多肽可以与之连接的抗体实例包括抗Jagged抗体4D11或其变体，例如上文描述的4D11 QΔH变体。
实施例 18 . 　可活化抗 Jagged 抗体的原位成像
本实施例描述公开内容的可活化抗Jagged抗体的活化和结合的原位成像的使用。结果指示公开内容的可活化抗Jagged抗体可以通过由组织表达的蛋白酶活化且结合在该组织上的Jagged靶。
可活化抗体的原位成像代表表征细胞和组织中的蛋白酶活性的独特方法。该技术允许验证在表达能够切割可活化抗体的蛋白酶的细胞和组织的组织切片中的可活化抗体活化和与靶结合。此类原位方法的示意图在图19中呈现。
如下进行在与由活化抗体识别的靶共定位的部位处，通过能够切割可活化抗体的细胞或组织的可活化抗Jagged抗体的活化和结合的原位成像（在本文中也称为原位成像）：将冷冻的组织切片放到玻璃载玻片上。将含有标记的可活化抗Jagged抗体（例如用荧光标签标记）的溶液应用于组织，并且例如在室温（约22-24℃）下在50 mM Tris-HCl缓冲液pH 7.4的温育缓冲液中温育1小时，所述缓冲液含有150 mM NaCl、100 μM ZnCl2、5 mM CaCl2和0.05% Tween 20；可活化抗体浓度为约1 μg/ml。组织随后充分洗涤，以去除未结合的材料，且测量可检测标记。例如，当使用荧光标签时，将组织提交至荧光显微镜。在组织上的活化抗体的检测指示该组织表达切割可活化抗体的蛋白酶，并且还表达活化抗体与之结合的Jagged靶。
使用原位成像评估可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11被活化且结合BxPC3异种移植肿瘤组织的能力。可活化抗体用Alexa Fluor® 680（Invitrogen）进行标记，以产生标记的可活化抗体5342-1204-4D11-AF680和5342-PLGL-4D11-AF680，在本文中也分别称为1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680。还测试的是标记的抗Jagged抗体亲本抗体4D11-AF680。如上所述，4D11-AF680、1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680各自与冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织样品一起温育。结果分别显示于图20，小图A、B和C上。红色荧光组织图像证实4D11抗体和分别的可活化抗体通过组织衍生的蛋白酶解切割活化的4D 11抗体与Jagged的结合。小图D、E和F代表在4D11-AF680、1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680与冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织一起温育后获得的荧光图像，所述冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织用1:100稀释的广谱蛋白酶抑制剂混合物III组（目录号539134，EMD Millipore）和50 mM EDTA预处理。小图E和F中的红色荧光降低指示在小图B和C中可见的可活化抗体1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680的结合通过经由组织衍生的蛋白酶切割可活化抗体来实现；蛋白酶抑制剂混合物抑制此类蛋白酶解。蓝色染色表示DAPI核染色。通过用未标记的抗Jagged亲本抗体4D11预处理此类组织，或通过用Jagged 1、Jagged 2或其组合预处理此类组织，来抑制抗Jagged亲本抗体4D11或可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11与冷冻的BxPC3异种移植肿瘤组织的结合。
还通过人胰腺癌组织的原位成像评估可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11的活化。4D11-AF680 4D11）、1204-4D11-AF680（1204）和PLGL-4D11-AF680（PLGL）各自与从患有胰腺癌的人患者中分离的冷冻的组织样品一起温育。结果分别显示于图21，第1列，第1、2和3行中的小图上。第2、3和4列中的小图分别代表在4D11-AF680、1204-4D11-AF680和PLGL-4D11-AF680与冷冻的胰腺癌患者组织一起温育后获得的荧光图像，所述冷冻的胰腺癌患者组织用10 µg/ml抗体A11（A11是与也称为matriptase的MT-SP1蛋白酶的活性位点特异性结合的抗体）（图21，第2列）、50 µM广谱MMP抑制剂Galardin（Calbiochem，Millipore）（图21，第3列）、或1:100稀释的广谱蛋白酶抑制剂混合物III组（目录号539134，EMD Millipore）和50 mM广谱MMP抑制剂Galardin（Calbiochem，Millipore）（图21，第4列）预处理。蓝色染色表示DAPI核染色。结果提示胰腺组织样品产生活性matriptase和金属蛋白酶，其存在实现各自的可活化抗体可切割部分的切割，从而释放掩蔽部分且允许活化抗体与组织上的Jagged靶的稳定结合。
实施例 19 . 　抗 Jagged 抗体的体内成像
本实施例描述公开内容的抗Jagged抗体的体内成像。
抗Jagged抗体4D11用Alexa Fluor® 750进行标记，并且使用Thermo Scientific Zeba Spin脱盐柱由未缀合的染料纯化。一组三只荷有BxPC3-luc人胰腺癌肿瘤的小鼠腹膜内（i.p.）施用单一10-mg/kg剂量的Alexa Fluor® 750标记的4D11抗体（n=3），其中肿瘤体积为大约400-600 mm3。小鼠用异氟醚麻醉，并且使用Caliper IVIS SpectrumCT成像系统（Caliper，Perkin Elmer，Hopkinton MA），在注射前以及在注射后24小时、48小时和72小时就750 nm近红外（NIR）荧光进行成像。小鼠在最后一个成像时间点后实施安乐死。图22A提供了在BxPC3肿瘤异种移植物小鼠模型中，注射后48小时的标记的4D11抗体荧光信号的表示。
使体内成像数据标准化且使用Living Image® 4.1软件进行分析。对于定量比较，在肿瘤（T）和正常组织（N）上描绘兴趣区（ROI）。对于每个区域测量定量为平均辐射效率（光子×cm-2×s-1）的荧光信号。计算肿瘤ROI与正常组织ROI相比较的信号比（T/N），以提供肿瘤相对于正常组织中的抗Jagged抗体4D11累积率的量度。图22B提供了显示抗体4D11剂量组的平均辐射效率的平均T/N比±SD的图。
实施例 20. 　可活化抗 Jagged 抗体的原位成像
本实施例描述使用原位成像就可活化抗Jagged抗体的活化和结合筛选胰腺癌异种移植肿瘤组织和人胰腺癌组织。结果指示公开内容的可活化抗Jagged抗体可以通过由此类组织表达的蛋白酶活化且结合在该组织上的Jagged靶。
通过冷冻组织分别用1 μg/ml和5 μg/ml浓度的标记的抗Jagged抗体4D11和抗matriptase A11抗体的1小时处理， BxPC3肿瘤样品和人胰腺癌组织样品就Jagged和MT-SP1表达进行概况分析。结果分别显示于表24，第2和3列中。
另外，使用原位成像评估可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11和5342-PLGL-4D11被活化且结合BxPC3异种移植物和人胰腺癌组织的能力。可活化抗体如上（实施例18）所述用Alexa Fluor® 680（Invitrogen）进行标记。根据上文（实施例18）描述的原位成像方案，这些标记的可活化抗体，即5342-1204-4D11-AF680（在本文中也称为1204-4D11-AF680）和5342-PLGL-4D11-AF680（在本文中也称为PLGL-4D11-AF680），与冷冻的BxPC3异种移植物组织或从四个患者中分离的人胰腺癌组织样品一起温育。表24概括了证实BxPC3肿瘤和胰腺癌患者的组织样品活化且结合活化的可活化抗Jagged抗体的能力的结果。在表24中，测量与组织样品结合的抗Jagged抗体4D11 或抗matriptase抗体A11量（第2和3列）的IHC染色从0到3+评分：0，无染色；1+，弱染色；2+，中等染色；和3+，强染色。原位成像染色（第4和5列）评分基于与4D11抗体染色的比较，并且如下定义：0，无染色；1+，与亲本抗体相比较的弱染色；2+，与亲本抗体相比较的中等染色；和3+，与亲本抗体类似的染色。BxPC3结果也显示于图20中。
实施例 21. 　与试剂缀合的可活化抗体的体外表征
本实施例描述公开内容的可活化抗体-试剂缀合物抑制培养中的BxPC3细胞增殖的能力。
使可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11、抗Jagged抗体4D11和Rituxan各自缀合至一甲基奥里斯他汀E（MMAE）、合成的抗有丝分裂微管蛋白聚合抑制剂，以生成可活化抗体-试剂缀合物5342-1204-4D11-MMAE和抗体-试剂缀合物4D11-MMAE和Rituxan-MMAE。
确定下述化合物抑制细胞培养中的BxPC3细胞增殖的能力：可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物5342-1204-4D11-MMAE；通过uPA活化的可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物5342-1204-4D11-MMAE；可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11；通过uPA活化的可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11；抗Jagged抗体4D11；抗Jagged抗体-试剂缀合物4D11-MMAE；Rituxan；和Rituxan-MMAE。可活化抗体和可活化抗体-试剂缀合物的活化通过在37℃下用在Tris pH 8.5中的活性位点滴定的uPA（500nM）消化过夜来实现；活化通过CE分析（LabChip GXII）进行测量。uPA活化的可活化抗体和uPA活化的可活化抗体-试剂缀合物使用蛋白A进行纯化，并且随后在研究前贮存于4℃下。
人胰腺癌细胞系BxPC-3得自ATCC。BxPC-3在完全培养基（补充有10%胎牛血清的RPMI-1640）中在37℃下在空气中的5% CO2大气下生长。BxPC-3细胞在对数生长期过程中收获，重悬浮于完全培养基中，且以5000个细胞/孔的密度铺板到96孔白壁烟囱板（white wall chimney plate）中。在过夜温育后，10点1:3连续稀释，以10ug/ml开始且以0终止的每种化合物重复加入培养中的细胞。将细胞培养3天，并且使用CellTiterGlo（Promega）遵循制造商的方案和光度计（Tecan）测量细胞生存。使用Prism GraphPad分析数据。结果显示于图24中。
实施例 22. 　可活化抗体 - 试剂缀合物的体内功效和安全性
该实施例描述公开内容的可活化抗体-试剂缀合物在体内降低BxPC3异种移植肿瘤生长的能力。
可活化抗Jagged抗体和可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物就其降低BxPC3异种移植肿瘤生长的能力进行测试，使用类似于上文所述那种的方法，使用表25中所示的化合物、组和剂量。
标绘肿瘤体积相对于初始剂量后天数的图25证实抗Jagged抗体4D11-MMAE和可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11-MMAE两者均比其未缀合的对应物更有效地抑制BxPC-3异种移植肿瘤生长。
图26显示不同组的重量减轻。虽然用抗Jagged抗体4D11 或抗Jagged抗体-MMAE给药的动物显示显著重量减轻，但用可活化抗Jagged抗体5342-1204-4D11或可活化抗Jagged抗体-试剂缀合物5342-1204-4D11-MMAE给药的动物未显示显著重量减轻。
实施例 23. 　在 BxPC3 肿瘤模型中与吉西他滨组合的抗 Jagged 抗体和可活化抗体的体内功效和安全性
抗Jagged可活化抗体就其降低BxPC3异种移植肿瘤生长的能力进行测试，使用类似于上文所述那种的方法，使用表26中所示的抗体、可活化抗体、组和剂量。
标绘肿瘤体积相对于肿瘤接种后天数的图29证实与吉西他滨组合的抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11抑制BxPC-3异种移植肿瘤的生长。第一剂量在第30天时给予。图30指示单独吉西他滨的组和施用与吉西他滨组合的抗体的组的重量减轻。虽然用更高剂量的抗体和吉西他滨给药的动物显示显著重量减轻，但用可活化抗体和吉西他滨给药的动物未显示相对于单独吉西他滨的那种的重量减轻。当与吉西他滨组合时给予时，以20 mg/kg的抗体不被耐受，导致该组在第49天时由于体重减轻而处死。然而，与吉西他滨组合的以20 mg/kg的可活化抗体是耐受的，并且显示与吉西他滨组合的以6.7和20 mg/kg的抗体那种等价的功效。如上所述测量小鼠胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）的血清浓度。小鼠TSLP（mTSLP）的血清水平在第二剂量前对于各只小鼠进行定量。仅与吉西他滨组合的20 mg/kg抗体组显示升高的血清mTSLP，如图31中所示。
实施例 24. 　抗 Jagged 抗体在前列腺和乳房肿瘤模型中的体内功效
抗Jagged 4D11抗体的功效在前列腺和乳房癌的自身（autocthonous）肿瘤模型中进行评估。这些模型模拟人状况，因为产生的肿瘤经历肿瘤发生的不同时期，并且重要的是，允许使用免疫活性小鼠。
前列腺癌模型。TRAMPS小鼠品系是广泛使用的前列腺癌模型（Greenberg NM等人，1995，Proc Natl Acad Sci U S A. 92，3439-3443）。初始损伤是前列腺上皮内增生（PIN），其在约12周龄时进展至高度分化腺癌。分化不良腺癌在24周龄TRAMP动物中出现。在18-24周龄时，将TRAMP小鼠分成各6只小鼠的两组，对照和治疗。抗Jagged抗体4D11和IVIg对照等分试样各自对分别组IP给药，以20 mg/Kg的q7DX5。最终剂量后七天，将动物处死，并且肿瘤负荷测量为泌尿生殖道的重量，并且与对照野生型C57/Bl6小鼠相比较。图32指示抗Jagged抗体4D11有效限制TRAMP小鼠中的前列腺肿瘤生长。
乳腺癌模型。HER2/neu转基因品系在20周龄时在多产雌性中发生乳房肿瘤，并且100%在25周龄时呈现肺转移（Siegel PM等人，1999，The EMBO Journal 18，2149-2164）。对于测试乳腺癌疗法的实验，使HER2/neu雄性小鼠与FVB野生型雌性育种，并且将其后代基因分型，以选择HER2/neu雌性。在20周龄时，将HER2/neu雌性分成两组，对照和治疗。抗Jagged抗体4D11和IVIg对照等分试样各自IP给药，以20 mg/Kg的q7DX5。图33指示抗Jagged抗体4D11有力抑制Her2/neu转基因小鼠中的自发性肿瘤生长。
实施例 25. 　标记的或非标记的抗 Jagged 可活化抗体的原位成像伴随通过二级抗体的检测
本实施例描述标记或非标记的抗Jagged可活化抗体的原位成像的使用，其中使用二级抗体检测切割和结合，所述二级抗体与可活化抗体的AB部分特异性结合。结果指示评估非标记的可活化抗体的活化和结合的能力。
如下进行在TRAMP前列腺癌肿瘤组织上的Alexa680标记的抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11的活化和结合的原位成像：将冷冻的组织切片放到玻璃载玻片上。将含有Alexa680标记的抗Jagged可活化抗体的溶液应用于组织，并且例如在室温（约22-24℃）下在50 mM Tris-HCl缓冲液pH 7.4的温育缓冲液中温育1小时，所述缓冲液含有150 mM NaCl、100 μM ZnCl2、5 mM CaCl2和0.05% Tween 20；可活化抗体浓度为约4 μg/ml。此类温育的条件可以通过例如下述进行调整，以有助于组织切片中的切割试剂：改变溶液的pH（例如在约pH 7至约pH 8.5的范围内）、温育的温度（例如在约20℃至约40℃的范围内，例如室温或37℃）、温育时间（例如，在约15分钟至约150分钟的范围内）、和/或可活化抗体浓度（例如在约0.05 µg/ml至约10 µg/ml的范围内）。组织随后充分洗涤，以去除未结合的材料。使用在680 nm处的成像和用AlexaFluor 488标记的二级抗人IgG抗体检测在组织上的活化抗体的存在。该检测的条件可以对检测试剂和检测模态（例如荧光标记的）进行调整。例如，当使用荧光标签时，将组织提交至荧光显微镜。如图34中所示，抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11证实在Alexa 680（抗Jagged可活化抗体的标记）和FITC通道（抗人IgG抗体的标记）两者处的相同染色，指示能够用非标记的可活化抗体和二级试剂进行原位成像，所述二级试剂与可活化抗体特异性结合，例如标记的抗体。如图34，下行中所示，通过用1:100稀释的广谱抑制剂混合物III组（BSPI）（539134，EMD Millipore，Billerica，MA）和50 mM广谱MMP抑制剂Galardin（Calbiochem，Millipore）预处理组织，抑制在两个通道中所示的荧光信号。
实施例 26. 　非标记的抗 Jagged 可活化抗体的原位成像
本实施例描述非标记的抗Jagged可活化抗体的原位成像的使用。使用二级抗体检测切割和结合，所述二级抗体与可活化抗体的AB部分特异性结合。
如下进行在TRAMP前列腺癌肿瘤组织上的非标记的抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11的活化和结合的原位成像：将冷冻的组织切片放到玻璃载玻片上。将含有非标记的抗Jagged可活化抗体的溶液应用于组织，并且例如在室温（约22-24℃）下在50 mM Tris-HCl缓冲液pH 7.4的温育缓冲液中温育1小时，所述缓冲液含有150 mM NaCl、100 μM ZnCl2、5 mM CaCl2和0.05% Tween 20；可活化抗体浓度为约4 μg/ml。此类温育的条件可以通过例如下述进行调整，以有助于组织切片中的切割试剂：改变溶液的pH（例如在约pH 7至约pH 8.5的范围内）、温育的温度（例如在约20℃至约40℃的范围内，例如室温或37℃）、温育时间（例如，在约15分钟至约150分钟的范围内）、和/或可活化抗体浓度（例如在约0.05 µg/ml至约10 µg/ml的范围内）。组织随后充分洗涤，以去除未结合的材料。使用由AlexaFluor 488标记的二级抗人IgG抗体检测在组织上的活化抗体的存在。该检测的条件可以对检测试剂和检测模态（例如荧光标记的）进行调整。例如，当使用荧光标签时，将组织提交至荧光显微镜。如图35中所示，抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11证实具有与亲本抗Jagged抗体相当的强度和模式的染色（分别为第1和2列）。如图35，第3列中所示，通过用1:100稀释的广谱抑制剂混合物III组（BSPI）（539134，EMD Millipore，Billerica，MA）和50 µM广谱MMP抑制剂Galardin（Calbiochem，Millipore）预处理组织，抑制抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11的荧光信号。数据证实使用非标记的（即未标记的）可活化抗体和二级试剂进行原位成像的可行性，所述二级试剂包含可检测标记且特异性结合可活化抗体的AB。
使用原位成像，人三阴性乳腺癌（TNBC）和胰腺癌组织样品就抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11被活化且结合人肿瘤的能力进行概况分析。可活化抗体如上所述用Alexa Fluor® 680（Invitrogen）进行标记。根据本文描述的原位成像方案，所得的可活化抗体5342-1204-4D11-AF680与冷冻的患者组织样品一起温育。关于TNBC和胰腺癌患者的组织样品活化且结合抗Jagged可活化抗体的能力的结果概括于表27和表28中。测量与组织样品结合的抗Jagged（4D11）抗体量的IHC染色从-到3+评分：-，无染色；1+（即“+”），弱染色；2+（即“++”），中等染色；和3+（即“+++”），强染色。抗Jagged可活化抗体染色的原位成像基于与抗Jagged抗体染色的比较进行定量。表27示出通过4D11结合检测的Jagged 1和/或Jagged 2的表达水平和三阴性乳腺癌（TNBC）组织活化且结合抗EGFR可活化抗体的能力。表28示出通过4D11结合检测的Jagged 1和/或Jagged 2的表达水平和胰腺癌组织活化且结合抗EGFR可活化抗体的能力。
实施例 27. 　抗 Jagged 可活化抗体的蛋白酶活化和结合
该实施例证实抗Jagged抗体5342-1204-4D11在体外被活化的能力。
通过在PBS中组合最终浓度分别为58.5 uM和570 nM的可活化抗体和活性位点滴定的MT-SP1来活化抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11。使混合物在37℃下温育20小时。在蛋白A纯化前，取出等分试样且通过SDS-PAGE分析，以证实5342-1204-4D11的蛋白酶解消化已完成。
为了去除MT-SP1和切割的掩蔽部分，使用标准蛋白A色谱法纯化活化的5342-1204-4D11。简言之，用PBS平衡1 mL Hi-Trap蛋白A柱（GE Healthcare life sciences）。使消化的蛋白质与柱结合且用PBS充分洗涤。使用 1 M甘氨酸，pH 3.0洗脱结合的蛋白质且用0.1 M Tris，pH 8.0中和，并且随后过夜透析到PBS内。
用酶联免疫吸附测定（ELISA）测量抗Jagged抗体4D11、抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11和抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11与重组人Jagged 1-Fc的结合。简言之，将重组hJag1-Fc（R&D Systems）以在HANKS缓冲液中1 µg/ml的浓度在4℃下过夜吸附至96孔ELISA板的孔。所有后续步骤在室温下完成。将板用HANKS、0.05% Tween、4.0%脱脂奶粉封闭1小时。将4D11抗体和活化的抗体5342-1204-4D11以100、30、10、3、1、0.3、0.1和0.03 nM加入板中，并且将可活化抗体5342-1204-4D11以1000、300、100、30、10、3、1、0.3 nM加入板中且温育1小时。所有测量均一式三份完成。在板用HANKS、0.05%Tween洗涤5x后，将抗人FAB-山羊-HRP二级（Sigma）以在HANKS、0.05% Tween、4.0%脱脂奶粉中1:5000的浓度加入板中，并且温育1小时，如前洗涤5x，并且随后使用1-STEP-TMB1 ELISA溶液（Thermo Scientific）显色。使用TECAN板阅读器测量在450 nm处的吸光度。图36显示活化抗体5342-1204-4D11结合Jagged 1的能力与4D11抗体与Jagged 1的结合无法区分。
实施例 28. 　抗 Jagged 可活化抗体在 H292 肿瘤模型中的体内功效和安全性
使用下述方法，抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11就降低H292异种移植肿瘤生长的能力进行测试。6-8周龄的雌性nu/nu小鼠用在无血清培养基与基质胶（1:1）中的5x106 H292细胞皮下植入。每隔一天测量肿瘤，直至当平均肿瘤大小达到150-200 mm3时，具有在靶范围内（~100-250 mm3）的肿瘤的48-60只小鼠可以随机化到相等平均肿瘤体积的组内。（n=8-10/组）。使用表29中所示的剂量处理动物。
显示肿瘤体积的图37证实抗Jagged可活化抗体5342-1204-4D11抑制H292异种移植肿瘤的生长。如上所述测量小鼠胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）的血清浓度。小鼠TSLP（mTSLP）的血清水平对于处死后的各只小鼠进行定量；结果显示于图38中。与IVIg处理组相比较，可活化抗体5342-1204-4D11未显示TSLP中的升高，而在以6.7和20 mg/kg的抗体中的动物显示增加的TSLP。
在处死后，从用20 mg/kg IVIg、抗体4D11或可活化抗体5342-1204-4D11处理的动物的腹部获取皮肤。将皮肤福尔马林固定，石蜡包埋且H&E染色。如图39描述，在抗体处理的组中观察到角化过度，而可活化抗体处理的组显示有限的角化过度或无角化过度。箭头指向显示显著角化过度的毛囊。
其他实施方案
虽然本发明已与其详细描述结合进行描述，但前述说明书预期举例说明而不是限制本发明的范围，所述本发明的范围受所附权利要求的范围限定。其他方面、优点和修改在下述权利要求的范围内。

Claims (48)

1.一种分离的全人单克隆抗体，其结合Jagged 1和Jagged 2。
2.权利要求1的抗体，其中所述抗体包含含有氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；含有氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；含有氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；含有氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；含有氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和含有氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
3.权利要求1的抗体，其中所述抗体包含选自表2中所示组合的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。
4.权利要求3的抗体，其中所述抗体包含来自表4中列出的组合的可变重链区和可变轻链区的组合。
5.权利要求1的抗体，其中所述抗体结合Jagged 1和Jagged 2，并且阻止Jagged 1或Jagged 2中的一种或多种结合Notch受体。
6.权利要求1的抗体，其中所述抗体是IgG同种型。
7.权利要求6的抗体，其中所述抗体是IgG1同种型。
8.权利要求1的抗体，其包含与所述抗体缀合的试剂。
9.权利要求8的抗体，其中所述试剂是治疗试剂、抗肿瘤剂、毒素或其片段、可检测部分或诊断试剂。
10.权利要求8的抗体，其中所述试剂经由接头与所述抗体缀合。
11.权利要求10的抗体，其中所述接头是可切割接头。
12.一种药物组合物，其包含前述权利要求中任一项的抗体和载体。
13.一种可活化抗体，其在活化状态结合Jagged 1和Jagged 2，所述可活化抗体包含：
抗体或其抗原结合片段（AB），其与Jagged 1和Jagged 2特异性结合；
掩蔽部分（MM），当所述可活化抗体处于未切割状态时，所述掩蔽部分（MM）抑制AB与Jagged 1和Jagged 2的结合；和
与所述AB偶联的可切割部分（CM），其中所述CM是充当蛋白酶底物的多肽。
14.权利要求13的可活化抗体，其中所述MM对于与所述AB的结合具有的平衡解离常数大于所述AB与Jagged 1和Jagged 2的平衡解离常数。
15.权利要求13的可活化抗体，其中当所述可活化抗体处于切割状态时，所述MM不干扰所述AB与Jagged 1和Jagged 2的结合或不与所述AB竞争与Jagged 1和Jagged 2的结合。
16.权利要求13的可活化抗体，其中蛋白酶与Jagged 1和/或Jagged 2共定位于组织中，并且当所述可活化抗体暴露于所述蛋白酶时，所述蛋白酶切割所述可活化抗体中的CM。
17.权利要求13的可活化抗体，其中所述可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM。
18.权利要求13的可活化抗体，其中所述可活化抗体包含在所述MM和所述CM之间的连接肽。
19.权利要求13的可活化抗体，其中所述可活化抗体包含在所述CM和所述AB之间的连接肽。
20.权利要求13的可活化抗体，其中所述可活化抗体包含第一连接肽（LP1）和第二连接肽（LP2），并且其中所述可活化抗体在未切割状态具有如下从N末端到C末端的结构排列：MM-LP1-CM-LP2-AB或AB-LP2-CM-LP1-MM。
21.权利要求20的可活化抗体，其中所述两个连接肽无需彼此相同。
22.权利要求20的可活化抗体，其中LP1和LP2各自是长度约1至20个氨基酸的肽。
23.权利要求13的可活化抗体，其中所述MM是长度约2至40个氨基酸的多肽。
24.权利要求13的可活化抗体，其中所述MM多肽序列不同于Jagged 1和Jagged 2的多肽序列，并且其中所述MM多肽序列与所述AB的任何天然结合配偶体具有不多于50%的同一性。
25.权利要求13的可活化抗体，其中所述CM是长度最高达15个氨基酸的多肽。
26.权利要求13的可活化抗体，其中所述其抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、scFv、scAb、dAb、单结构域重链抗体和单结构域轻链抗体。
27.权利要求13的可活化抗体，其中所述CM是选自uPA、豆荚蛋白、MT-SP1、ADAM17、BMP-1、TMPRSS3、TMPRSS4、MMP-9、MMP-12、MMP-13和MMP-14的酶的底物。
28.权利要求13的可活化抗体，其包含与所述AB缀合的试剂。
29.权利要求28的可活化抗体，其中所述试剂是治疗试剂、抗肿瘤剂、毒素或其片段、可检测部分或诊断试剂。
30.权利要求28的可活化抗体，其中所述试剂经由接头与所述AB缀合。
31.权利要求30的可活化抗体，其中所述接头是可切割接头。
32.权利要求13的可活化抗体，其中所述MM包含选自表9、表11、表12、表13、表14、表19、表20、表21、表22或表23中所示序列的序列。
33.权利要求13的可活化抗体，其中结合Jagged 1和Jagged 2的所述抗体或其抗原结合片段包含含有氨基酸序列SYAMS（SEQ ID NO：200）的VH CDR1序列；含有氨基酸序列SIDPEGRQTYYADSVKG（SEQ ID NO：208）的VH CD2序列；含有氨基酸序列DIGGRSAFDY（SEQ ID NO：209）的VH CDR3序列；含有氨基酸序列RASQSISSY（SEQ ID NO：210）的VL CDR1序列；含有氨基酸序列AASSLQS（SEQ ID NO：211）的VL CDR2序列；和含有氨基酸序列QQTVVAPPL（SEQ ID NO：212）的VL CDR3序列。
34.权利要求13的可活化抗体，其中结合Jagged 1和Jagged 2的所述抗体或其抗原结合片段包含选自表2中所示组合的VH CDR1序列、VH CDR2序列、VH CDR3序列、VL CDR1序列、VL CDR2序列和VL CDR3序列的组合。
35.权利要求13的可活化抗体，其中结合Jagged 1和Jagged 2的所述抗体或其抗原结合片段包含来自表4中列出的组合的可变重链区和可变轻链区的组合。
36.权利要求13的可活化抗体，其包含选自SEQ ID NO：74、132、134、136、138、140、142、144、146、180、182、184、186、188、190、192、194和196的轻链氨基酸序列，以及选自SEQ ID NO：76和148的重链氨基酸序列。
37.一种分离的核酸分子，其编码权利要求1的抗体或权利要求13的可活化抗体。
38.一种载体，其包含权利要求37的分离的核酸分子。
39.一种通过在导致抗体或可活化抗体表达的条件下培养细胞来产生所述抗体或可活化抗体的方法，其中所述细胞包含权利要求37的核酸分子。
40.一种制备在活化状态结合Jagged 1和Jagged 2的可活化抗体的方法，所述方法包括：
（a）在导致所述可活化抗体表达的条件下培养包含编码所述可活化抗体的核酸构建体的细胞，其中所述可活化抗体包含掩蔽部分（MM）、可切割部分（CM）、以及特异性结合Jagged 1和Jagged 2的抗体或其抗原结合片段（AB），
和
（b）回收所述可活化抗体。
41.权利要求40的方法，其中所述CM是充当蛋白酶底物的多肽。
42.权利要求40的方法，其中所述CM这样放置到所述可活化抗体中，使得在未切割状态，所述MM干扰所述AB与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合，并且在切割状态，所述MM不干扰所述AB与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合或不与所述AB竞争与Jagged 1和Jagged 2的特异性结合。
43.一种减轻主体中与癌症相关的临床适应症的症状的方法，所述方法包括给有此需要的主体施用权利要求1的抗体或权利要求13的可活化抗体，其量足以减轻与癌症相关的所述临床适应症的症状。
44.一种降低血管发生的方法，其包括给有此需要的主体施用权利要求1的抗体或权利要求13的可活化抗体，其量足以降低血管发生。
45.一种降低Jagged 1和/或Jagged 2信号传递的方法，其包括给有此需要的主体施用权利要求1的抗体或权利要求13的可活化抗体，其量足以降低Jagged 1和/或Jagged 2信号传递。
46.权利要求43至45中任一项的方法，其中所述主体是人。
47.一种减轻纤维化病症的症状的方法，其中所述方法包括给有此需要的主体施用权利要求1的抗体或权利要求13的可活化抗体，其量足以减轻所述主体中的纤维化病症的症状。
48.权利要求47的方法，其中所述主体是人。
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